系統(tǒng)發(fā)生是通過(guò)追溯物種形成過(guò)程,分析物種之間的進(jìn)化關(guān)系。最初,物種進(jìn)化關(guān)系由系統(tǒng)發(fā)生樹(shù)表示。然而經(jīng)過(guò)深入研究發(fā)現(xiàn),物種進(jìn)化過(guò)程中常常出現(xiàn)網(wǎng)狀事件(如雜交、重組和水平基因轉(zhuǎn)移),導(dǎo)致部分物種擁有多個(gè)父輩群體。這時(shí)樹(shù)形結(jié)構(gòu)無(wú)法描述它們之間的進(jìn)化關(guān)系。系統(tǒng)發(fā)生網(wǎng)絡(luò)既可以表示網(wǎng)狀進(jìn)化關(guān)系,又可以表示多個(gè)系統(tǒng)樹(shù)之間的沖突進(jìn)化信息。而且系統(tǒng)發(fā)生樹(shù)可以看作是系統(tǒng)發(fā)生網(wǎng)絡(luò)的一種特殊形式。因此系統(tǒng)發(fā)生網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建對(duì)生物進(jìn)化研究具有重要的現(xiàn)實(shí)意義。本文研究了基于物種特征的系統(tǒng)發(fā)生網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建算法。主要內(nèi)容:⑴深入研究了系統(tǒng)發(fā)生樹(shù)這一特殊網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建算法。本文提出了基于距離矩陣構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)生樹(shù)的ENJ算法,它是鄰接法的一種改進(jìn)。鄰接法是目前有效構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)生樹(shù)算法之一,它運(yùn)算速度快,準(zhǔn)確率高,且適用于大數(shù)據(jù)集。但是它會(huì)出現(xiàn)結(jié)果進(jìn)化樹(shù)不唯一現(xiàn)象。ENJ算法可以有效合并三個(gè)鄰接節(jié)點(diǎn),解決了鄰接法產(chǎn)生多個(gè)結(jié)果樹(shù)的問(wèn)題。對(duì)比實(shí)驗(yàn)中,相比INJ算法,ENJ算法構(gòu)建的系統(tǒng)發(fā)生樹(shù)與原始樹(shù)的差異更小,能更好的表示原始樹(shù)的信息。⑵深入研究了一般系統(tǒng)發(fā)生網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建算法。本文提出了基于有根系統(tǒng)樹(shù)構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)生網(wǎng)絡(luò)的Frin算法,它是Cass算... 

【文章來(lái)源】：內(nèi)蒙古大學(xué)內(nèi)蒙古自治區(qū) 211工程院校

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【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
ABSTRACT
第一章 緒論
    1.1 研究背景與意義
    1.2 國(guó)內(nèi)外研究現(xiàn)狀
        1.2.1 系統(tǒng)發(fā)生樹(shù)構(gòu)建算法
        1.2.2 系統(tǒng)發(fā)生網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建算法
    1.3 內(nèi)容與結(jié)構(gòu)
    1.4 本章小結(jié)
第二章 背景知識(shí)介紹
    2.1 簇
        2.1.1 基本概念
        2.1.2 ST集
    2.2 系統(tǒng)發(fā)生樹(shù)
        2.2.1 基本概念
        2.2.2 系統(tǒng)發(fā)生樹(shù)的距離計(jì)算
    2.3 系統(tǒng)發(fā)生網(wǎng)絡(luò)
        2.3.1 基本概念
        2.3.2 系統(tǒng)發(fā)生網(wǎng)絡(luò)的距離計(jì)算
        2.3.3 簇集與系統(tǒng)發(fā)生網(wǎng)絡(luò)的關(guān)系
    2.4 本章小結(jié)
第三章 鄰接法及Cass算法
    3.1 鄰接法及其改進(jìn)算法
        3.1.1 鄰接法
        3.1.2 INJ算法
        3.1.3 鄰接法的特點(diǎn)
    3.2 Cass算法及其改進(jìn)算法
        3.2.1 Cass算法
        3.2.2 Lnetwork算法
        3.2.3 Cass算法的缺點(diǎn)
    3.3 本章小結(jié)
第四章 基于距離矩陣構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)生樹(shù)算法
    4.1 ENJ算法
    4.2 算法比較與分析
    4.3 實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)與討論
        4.3.1 數(shù)據(jù)來(lái)源
        4.3.2對(duì)比實(shí)驗(yàn)
    4.4 本章小結(jié)
第五章 基于有跟系統(tǒng)樹(shù)構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)生網(wǎng)絡(luò)算法
    5.1 Frin算法
    5.2 比較與分析
        5.2.1 算法比較
        5.2.2 算法分析
    5.3 實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)與討論
        5.3.1 數(shù)據(jù)來(lái)源
        5.3.2輸入數(shù)據(jù)順序影響實(shí)驗(yàn)
        5.3.3網(wǎng)絡(luò)復(fù)雜度對(duì)比實(shí)驗(yàn)
        5.3.4 禾本科植物上的應(yīng)用
    5.4 本章小結(jié)
第六章 總結(jié)與展望
    6.1 總結(jié)部分
    6.2 展望部分
參考文獻(xiàn)
攻讀碩士學(xué)位期間發(fā)表的學(xué)術(shù)論文
致謝



本文編號(hào)：2908229