【摘要】：噬菌體是地球上最為豐富的生命形式,也是多樣性最豐富的天然基因庫。越來越多的研究證明,噬菌體在環(huán)境食物網(wǎng)過程、生物地理化學循環(huán)、基因轉(zhuǎn)移、原核生物的結(jié)構(gòu)和多樣性等方面具有重要的功能。本研究以納帕海高原濕地水樣中分離得到的、能夠侵染熒光假單胞菌的低溫噬菌體VSW-3為實驗材料,開展了噬菌體生物學特性、全基因組測序和解析、以及噬菌體比較基因組學分析方面的研究。首先開展了噬菌體VSW-3生物學特性方面的研究。透射電鏡形態(tài)觀察表明VSW-3屬于短尾噬菌體科;可在4℃感染并裂解宿主,是典型的低溫噬菌體;VSW-3最佳感染pH是7.0,最佳感染復數(shù)是1.0;潛伏期和裂解期分別為40 min和60 min;VSW-3對氯仿不敏感,但對Triton X-100和SDS十分敏感,因此推測該噬菌體不含有包膜;基因組酶切圖譜和衣殼蛋白SDS-PAGE分析表明,基因組大小在40 Kb左右,其主要衣殼蛋白大小約為38 KDa。全基因組測序結(jié)果表明低溫熒光假單胞菌噬菌體VSW-3大小為40,556 bp;G+C含量為57.4%�；蚪M長度與目前已測序的其他熒光假單胞菌噬菌體基因組大小相似。噬菌體VSW-3全基因組序列中找到46個可能編碼蛋白的基因,包含多種編碼功能蛋白基因,且噬菌體具有自己的DNA引物酶、解旋酶、DNA聚合酶和RNA聚合酶,可以利用自己的轉(zhuǎn)錄調(diào)控系統(tǒng)。比較基因組學分析表明VSW-3與假單胞菌噬菌體Bf7和Phi-2存在顯著的共線性關(guān)系。由系統(tǒng)發(fā)育樹可以看到146個假單胞噬菌體種屬聚成5個類群。熒光假單胞菌噬菌體VSW-3與73和vB Pass-Kakhheti25等聚在一個分支內(nèi),親緣關(guān)系較近,而與YMC11/07/P54 PAE BP親緣關(guān)系最遠。COG功能注釋發(fā)現(xiàn)噬菌體VSW-3的功能基因并不多,只是含有一些與復制轉(zhuǎn)錄修飾相關(guān)的基因。本研究首先從一株噬菌體生物學特性以及基因組解析著手,然后通過比較基因組學分析手段,從理論上預測噬菌體VSW-3的基因結(jié)構(gòu)以及功能,為后續(xù)開展噬菌體與宿主菌的相互作用研究提供了理論基礎。
【圖文】：

原體病毒科、竿形病毒科、滴狀病毒科、紡錘病毒科和脂毛病毒科；單鏈ＤＮＡ噬菌體中逡逑包括絲桿狀噬菌體科和微小噬菌體科；單鏈ＲＮＡ噻菌體包括光滑噬菌體科；雙鏈ＲＮＡ噬逡逑菌體科包括囊狀噬菌體科［４］（圖１．２）。逡逑頭殼邋“邋Ａ邐Ｄ，Ｅ逡逑邐（２２＊，，６７＊，６８＊邐Ｂ，Ｂ＊Ｆ邋ｉｌ（Ｗ，逡逑Ｔ４邐入口戈…邐Ｅ＊；Ｃ；）逡逑ａ邋ＩＩ邋｝邐３邐１ＭＺ｝逡逑頭X潁擼掊義希恚遙恚礤澹㈠危鰣義希掊澹誨危恚脲義銑の病澹蓿掊濉常村衛(wèi)ニ浚赍義希危埽桑蓿櫻峰危

本文編號：2553089