本文關鍵詞：改進的RNA-Seq數(shù)據(jù)轉錄組表達分析研究，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

《數(shù)據(jù)采集與處理》 2015年05期

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改進的RNA-Seq數(shù)據(jù)轉錄組表達分析研究

     

【摘要】：基于高通量測序的RNA-Seq(RNA-sequencing)是用于轉錄組研究的一種新技術,針對該技術在轉錄組表達分析研究中存在的讀段多源映射和讀段非均勻分布等難點,提出一個改進的轉錄組表達研究方法 LDASeqII(Improvement of latent Dirichlet allocation for sequencing data)。模型利用剪接異構體結構信息對參數(shù)進行約束并進行外顯子讀段數(shù)目歸一化處理,解決了讀段非均勻分布下的多源映射問題。通過引入"偽外顯子"和"偽轉錄本"分別處理接合區(qū)讀段和噪聲讀段。將模型應用到真實數(shù)據(jù)集上,并與原LDASeq(Latent Dirichlet allocation for sequencing data)模型和目前流行的Cufflinks與RSEM(RNA-Seq by expectation maximization)方法進行對比。結果顯示,改進方法獲得了更為準確的轉錄本及基因表達水平計算結果。

【作者單位】： 南京航空航天大學計算機科學與技術學院;
【關鍵詞】：
【基金】： 中央高�；究蒲袠I(yè)務費專項(CXZZ11_0217)資助項目
【分類號】：Q78
【正文快照】：

引言RNA-Seq(RNA sequencing)是基于高通量測序技術對轉錄組進行研究的一種新方法,具有信噪比高、分辨率高和所需樣本少等優(yōu)勢,可以用來檢測和量化任何物種的轉錄片段[1-2],近年來在轉錄組研究中得到大量應用。RNA-Seq數(shù)據(jù)處理過程主要分為3個方面:(1)將讀段映射到參考基因組

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本文編號：231370