本文選題：番茄 + RNA-Seq　； 參考：《浙江理工大學》2017年碩士論文

【摘要】：番茄生長周期短,果實營養(yǎng)豐富,富含多種維生素,是人們?nèi)粘Ｉ钪胁豢苫蛉钡囊环N蔬菜,另外番茄與擬南芥等模式生物的親緣關系比較遠,果實成熟周期短,因此番茄也被作為研究果實成熟的模式生物。隨著對番茄需求量的逐漸增加,培育優(yōu)良品種、提高產(chǎn)量已經(jīng)成為研究者們?nèi)找骊P注的問題。目前,對番茄的研究主要集中在栽培和野生番茄對耐鹽性、抗旱性、抗低溫性、果實營養(yǎng)成分的差異上�；谇叭藢煞N番茄差異性狀的研究,本文主要對栽培和野生番茄在轉(zhuǎn)錄組水平上進行研究。通過RNA-Seq技術(shù),對番茄的全轉(zhuǎn)錄組進行分析,主要工作內(nèi)容如下:首先,我們對番茄轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)進行質(zhì)量檢控,并進行后續(xù)的比對、組裝,組裝之后得到388666個轉(zhuǎn)錄本,并對轉(zhuǎn)錄本的長度分布情況進行了統(tǒng)計分析。另外,不同組織中轉(zhuǎn)錄本的表達量相差很大,表達量高的轉(zhuǎn)錄本主要集中在花、果實、根和營養(yǎng)組織中。其次,我們分析了栽培和野生番茄的差異表達基因。預測得到126個上調(diào)的差異表達基因和87個下調(diào)的差異表達基因。對差異表達基因進行GO功能注釋和Pathway分析,從而確定這些差異表達基因的功能和生物學途徑,其主要富集在光收集復合物、質(zhì)膜聚光復雜度、淀粉和蔗糖代謝、亞麻酸代謝,生物合成氨基酸等。另外,我們還對各個組織中的差異表達基因進行GO注釋,從而確定不同組織中差異表達基因的功能。最后,我們預測了554個差異表達長非編碼RNA和426個mRNA,并進行了統(tǒng)計分析。通過構(gòu)建長非編碼RNA和mRNA的共表達網(wǎng)絡,進一步篩選出與長非編碼RNA相關的mRNA,并對這些mRNA進行功能注釋,其功能主要集中在對生物的刺激做出反應、肽酶抑制劑的活動等,從而推測這些長非編碼RNA的調(diào)控功能。除此之外,我們還預測了番茄的新轉(zhuǎn)錄本,每個新轉(zhuǎn)錄本都包含至少一個外顯子和一個蛋白編碼區(qū)域,其具體功能還需要進一步研究。
[Abstract]:Tomato is an indispensable vegetable in people's daily life because of its short growth cycle, rich in nutrition and rich in multivitamins. In addition, tomato has a long relationship with model organisms such as Arabidopsis thaliana, and the fruit ripening cycle is short. Therefore, tomato is also used as a model organism to study fruit ripening. With the increasing demand for tomato, the cultivation of good varieties and the increase of yield have become increasingly concerned by researchers. At present, the research on tomato is mainly focused on the difference of salt tolerance, drought resistance, low temperature resistance and fruit nutrition between cultivated and wild tomato. Based on the previous studies on the differences between the two tomato species, the transcriptome level of cultivated and wild tomato was studied in this paper. The main work of this paper is as follows: firstly, we checked the quality of tomato transcriptome data and compared them with each other. After assembling, we got 388666 transcripts. The length distribution of transcripts was analyzed statistically. In addition, the expression of the transcripts in different tissues varied greatly, and the high expression transcripts were mainly concentrated in flowers, fruits, roots and nutritious tissues. Secondly, we analyzed the differentially expressed genes between cultivated and wild tomato. 126 up-regulated differentially expressed genes and 87 down-regulated differentially expressed genes were predicted. Go functional annotation and Pathway analysis were performed to determine the functional and biological pathways of these differentially expressed genes, which were mainly concentrated in light collection complex, plasma membrane aggregation complexity, starch and sucrose metabolism, and linolenic acid metabolism. Biosynthetic amino acids, etc. In addition, we annotated the differentially expressed genes in different tissues to determine the function of differentially expressed genes in different tissues. Finally, 554 differentially expressed RNA and 426 mRNAs were predicted and analyzed statistically. By constructing the coexpression network of long non-coding RNA and mRNA, the mRNAs related to long non-coding RNA were screened out, and the function of these mRNA was annotated. The functions of these mRNAs were mainly focused on the responses to biological stimuli, the activities of peptidase inhibitors and so on. Therefore, the regulatory functions of these long non-coding RNA were speculated. In addition, we predicted the new transcripts of tomato. Each new transcript contains at least one exon and one protein coding region, and its function needs further study.
【學位授予單位】：浙江理工大學
【學位級別】：碩士
【學位授予年份】：2017
【分類號】：Q943.2

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