尼古丁是煙草生產(chǎn)加工和燃吸過程中產(chǎn)生的一種有毒廢棄物，對環(huán)境和人體健康具有危害作用。尼古丁的微生物降解具有速度快、成本低、不會產(chǎn)生對環(huán)境有害的污染物等優(yōu)點，因此被越來越多的人所關注。本課題組篩選到的惡臭假單胞菌S16可以通過吡咯環(huán)途徑高效分解代謝尼古丁。Nfo（N-甲酰馬來酰胺酸去甲�；�，N-formylmaleamate deformylase）、Ami（馬來酰胺酸脫酰胺酶，maleamate amidase）、 Pp-Iso （馬來酸異構酶， Pseudomonas putida maleateisomerase）是S16中分別催化尼古丁降解途徑下游三步反應的酶：Nfo催化N-甲酰馬來酰胺酸脫去甲�；鶊F，生成馬來酰胺酸；Ami作為脫氨基酶，催化馬來酰胺酸脫去氨基生成馬來酸；馬來酸進一步被Pp-Iso異構化生成富馬酸，經(jīng)三羧酸循環(huán)系統(tǒng)代謝，最終生成無毒害作用的物質(zhì)。本研究的主要創(chuàng)新點如下：首先，我們解析了硒代甲硫氨酸取代的Nfo的S94A突變體的晶體結構、Ami與反應產(chǎn)物馬來酸的復合物的晶體結構、Pp-Iso與反應底物馬來酸的復合物的晶體結構。并通過分子對接，獲得了Nfo（S94A... 

【文章來源】：上海交通大學上海市 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校

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去甲基化途徑

21線衍射法晶體結構研究流程圖，灰色箭頭所指的是經(jīng)常需要重復的步驟[65]。選擇；步驟B，選擇最優(yōu)表達宿主。步驟C，晶體篩選；步驟D，晶體優(yōu)化；段，以得到更好的晶體；步驟F和F1，構建新的片段，以得到衍射良好的晶體或保護劑條件；步驟F3，重原子浸泡；步驟G，硒代蛋白的表達；步驟H，結化。

找到適合晶體生長的條件，對晶體進行X射線衍射分析。蛋白結晶的方法中最常用的是氣相擴散法，該方法又分為坐滴、懸滴和三明治法等（圖1.9）。因蛋白質(zhì)溶液和結晶試劑混合液中沉淀劑濃度較低，其中的水汽源源不斷地擴散，液滴中沉淀劑和蛋白的濃度不斷升高，最終蛋白晶體析出。目前越來越多的實驗室用自動化設備進行晶體的篩選，這不僅節(jié)約了人力和時間，也大大降低了晶體篩選過程中蛋白質(zhì)的消耗。圖 1.9 氣相擴散法在結晶中的幾種應用方式Figure 1.9 Application ways of vapor diffusion method in crystallization4. X 射線衍射大分子晶體結構學中一個比較大的難題是蛋白質(zhì)晶體的衍射比較弱而且對電離輻射敏感，容易造成晶體損傷。低溫衍射法對大分子結構的研究提供了極大的幫助，尤其是用同步輻射加速器進行數(shù)據(jù)的收集。對晶體進行低溫處理除了可以減少輻射損傷外，也方便晶體的儲藏和安全運輸[75]。除此之外，冷凍晶體還可以大大提高晶體的衍射質(zhì)量[76]。好的晶體衍射質(zhì)量包括許多方面，比如較少的熱振動、較強的信噪比、較低的異構化水平、最重要的是較高的分辨率。為了防止溫度驟降造成蛋白晶體中水分子的迅速凝結膨脹對晶體造成的損傷


本文編號：3500166