為了解乳油木葉綠體基因組密碼子的使用模式,該研究以從乳油木葉綠體基因組中篩選得到53條長度大于300 bp且非重復的CDS (Coding DNA sequence)序列為材料,利用Codon W 1.4.2和在線軟件CUSP分析其密碼子偏好性。結(jié)果顯示,密碼子第3位GC含量為27.47%,ENC范圍在36.31～56.88,平均值為42.98。RSCU值大于1的密碼子有28個,其中27個以A或U為結(jié)尾。中性繪圖分析、ENC-plot分析和PR2-plot分析的結(jié)果顯示乳油木葉綠體基因密碼子偏好性主要受突變的影響。最優(yōu)密碼子為GGA、GAU、CAU和UUG。本研究結(jié)果為提高異源基因表達水平、改良乳油木重要經(jīng)濟性狀等提供參考依據(jù)。

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【部分圖文】：

圖1 中性繪圖分析

ENC-GC3關聯(lián)分析顯示(圖2)，部分基因沿著標準曲線或在標準曲線附近分布，這部分基因ENC的實際值與預期值相接近；而另一部分基因則落在標準曲線下方較遠的位置。為了更清楚地說明ENC預期值與實際值間的差異，通過統(tǒng)計ENC比值與頻數(shù)來對ENC的實際值與預期值接近的基因進行量化分析....

圖3 PR2-plot繪圖分析

PR2-plot繪圖分析(圖3)顯示位于圖中右下方的基因數(shù)量最多，說明在密碼子第3位堿基的使用頻率上，T>A,G>C；若乳油木葉綠體基因組密碼子完全受突變影響，則A=T,G=C，因此乳油木葉綠體基因組密碼子偏好性受突變和其他因素的共同作用。1.5最優(yōu)密碼子分析

圖2 ENC-GC3關聯(lián)分析

圖1中性繪圖分析1.4PR2-plot繪圖分析

本文編號：4024233