在翻譯過程中,三聯(lián)體密碼子指導(dǎo)氨基酸肽鏈的合成。長(zhǎng)期進(jìn)化過程中,有些氨基酸對(duì)應(yīng)多個(gè)三聯(lián)體密碼子,形成了密碼子兼并性。不同物種的基因組中,一些氨基酸偏好使用某種密碼子,形成密碼子使用的偏好性。突變和自然選擇壓力是影響密碼子使用偏好性的兩個(gè)主要因素。甘肅內(nèi)生真菌是一種重要的禾草內(nèi)生真菌,其主要侵染宿主醉馬草,一方面能提高宿主醉馬草對(duì)生物與非生物的抗性;另一方面產(chǎn)生的有毒生物堿類次生代謝產(chǎn)物毒害家畜。以甘肅內(nèi)生真菌核基因組為研究對(duì)象,通過分析該基因組的基本組成及密碼子使用模式,確定最優(yōu)密碼子。同時(shí)對(duì)各密碼子相關(guān)指標(biāo)與基因長(zhǎng)度、氨基酸的使用頻率等進(jìn)行相關(guān)性分析,明確影響基因組對(duì)密碼子使用偏好性的主要因素。結(jié)果顯示,GC3的分布范圍主要集中在40%～60%,62.7%的基因有效密碼子數(shù)使用頻率分布在0～0.1,95.4%的有效密碼子數(shù)低于期望值而且位于期望曲線的右下方,這意味著突變壓力是影響甘肅內(nèi)生真菌密碼子使用偏好性的因素之一。然而,中性分析結(jié)果顯示,GC12和GC3之間呈顯著正相關(guān)(r=0.110,P<0.01)、回歸線斜率為0.2729,表明突變對(duì)密碼子使用偏好性的影響僅為27.29...

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【文章目錄】：
1 材料與方法
    1.1 密碼子的使用和同義密碼子的偏好性
    1.2 ENC分析
    1.3 中性分析
    1.4 最優(yōu)密碼子的確定
    1.5 RSCU值的對(duì)應(yīng)性分析
    1.6 軟件使用
    1.7 數(shù)據(jù)分析
2 結(jié)果與分析
    2.1 甘肅內(nèi)生真菌基因組的基本組成
    2.2 甘肅內(nèi)生真菌基因組的中性分析
    2.3 甘肅內(nèi)生真菌有效密碼子數(shù)(ENC)和第3位同義密碼子(GC3s)之間的相關(guān)性分析
    2.4 甘肅內(nèi)生真菌基因組各密碼子指標(biāo)相關(guān)性分析
    2.5 甘肅內(nèi)生真菌基因組最優(yōu)密碼子的確定
3 討論與結(jié)論



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