蛋白質(zhì)是生命的物質(zhì)基礎(chǔ)。生物的一切生命活動(dòng)依靠一系列蛋白質(zhì)之間的相互作用而實(shí)現(xiàn)。蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)(PPI網(wǎng)絡(luò))是描述蛋白質(zhì)之間交互活動(dòng)的生物網(wǎng)絡(luò)。關(guān)鍵蛋白質(zhì)是PPI網(wǎng)絡(luò)中承擔(dān)重要功能的關(guān)鍵節(jié)點(diǎn)。因此,從網(wǎng)絡(luò)的角度偵測(cè)和識(shí)別關(guān)鍵蛋白質(zhì)是生物信息學(xué)的重要研究?jī)?nèi)容。目前基于網(wǎng)絡(luò)(圖結(jié)構(gòu))的關(guān)鍵蛋白質(zhì)識(shí)別研究主要集中于兩個(gè)方面:1)利用多種信息融合構(gòu)建更可靠的PPI網(wǎng)絡(luò);2)基于圖結(jié)構(gòu)的中心性度量方法或機(jī)器學(xué)習(xí)方法。但是,這些研究基本都是針對(duì)單層網(wǎng)絡(luò)展開(kāi)的,很少?gòu)亩鄬訒r(shí)序網(wǎng)絡(luò)的角度來(lái)構(gòu)建PPI網(wǎng)絡(luò),并研究其性質(zhì)。這正是本文的研究目的和任務(wù)。本文主要研究工作如下:(1)提出廣義3Sigma閾值方法3Sigma方法是根據(jù)基因表達(dá)水平數(shù)據(jù)判定蛋白質(zhì)活躍狀態(tài)的常用閾值方法,對(duì)活躍PPI網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建具有重要作用。該方法通過(guò)k值系數(shù)和F函數(shù)調(diào)節(jié)閾值對(duì)均值的偏離程度。為了進(jìn)一步提升構(gòu)建PPI網(wǎng)絡(luò)的數(shù)據(jù)質(zhì)量,本文在3Sigma方法的F函數(shù)中引入了標(biāo)準(zhǔn)差的指數(shù)參數(shù)h,通過(guò)調(diào)整參數(shù)h,可以有效調(diào)節(jié)不同離散程度的基因表達(dá)水平數(shù)據(jù)的閾值設(shè)置。稱(chēng)為廣義3Sigma方法。當(dāng)h=2,還原為3Sigma方法。實(shí)驗(yàn)表明,通過(guò)在P...

【文章頁(yè)數(shù)】：79 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
Abstract
第1章 緒論
    1.1 研究背景與意義
    1.2 國(guó)內(nèi)外研究現(xiàn)狀
    1.3 主要研究?jī)?nèi)容
    1.4 本文組織結(jié)構(gòu)
第2章 活躍PPI網(wǎng)絡(luò)
    2.1 實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)
        2.1.1 蛋白質(zhì)相互作用數(shù)據(jù)集
        2.1.2 基因表達(dá)水平數(shù)據(jù)集
        2.1.3 關(guān)鍵蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)集
    2.2 靜態(tài)PPI網(wǎng)絡(luò)
        2.2.1 圖模型
        2.2.2 靜態(tài)PPI網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建
    2.3 活躍PPI網(wǎng)絡(luò)
        2.3.1 3Sigma閾值方法
        2.3.2 活躍PPI網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建方法
        2.3.3 節(jié)點(diǎn)活躍性與邊活躍性
    2.4 關(guān)鍵蛋白質(zhì)識(shí)別
        2.4.1 中心性度量方法
        2.4.2 實(shí)驗(yàn)分析
    2.5 本章小結(jié)
第3章 廣義3Sigma方法
    3.1 廣義3Sigma方法
    3.2 網(wǎng)絡(luò)活躍性分析
    3.3 實(shí)驗(yàn)分析
        3.3.1 度中心性
        3.3.2 節(jié)點(diǎn)聚類(lèi)中心性
        3.3.3 局部平均連接中心性
    3.4 本章小結(jié)
第4章 多層活躍PPI網(wǎng)絡(luò)
    4.1 多層活躍PPI網(wǎng)絡(luò)
        4.1.1 活躍PPI網(wǎng)絡(luò)的局限性
        4.1.2 多層活躍PPI網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建
    4.2 時(shí)序網(wǎng)絡(luò)性質(zhì)
        4.2.1 各時(shí)序網(wǎng)絡(luò)活躍性
        4.2.2 層與層的相關(guān)性
    4.3 時(shí)序子網(wǎng)絡(luò)關(guān)鍵蛋白質(zhì)識(shí)別
        4.3.1 T=8時(shí)序網(wǎng)絡(luò)層
        4.3.2 T=1時(shí)序網(wǎng)絡(luò)層
        4.3.3 T=10時(shí)序網(wǎng)絡(luò)層
    4.4 本章小結(jié)
第5章 多層加權(quán)平均中心性方法
    5.1 多層加權(quán)平均中心性方法
    5.2 關(guān)鍵蛋白質(zhì)識(shí)別
        5.2.1 度中心性
        5.2.2 節(jié)點(diǎn)聚類(lèi)中心性
        5.2.3 局部平均連接中心性
        5.2.4 四種PPI網(wǎng)絡(luò)比較
    5.3 本章小結(jié)
第6章 總結(jié)與展望
    6.1 總結(jié)
    6.2 展望
參考文獻(xiàn)
攻讀碩士學(xué)位期間主要研究成果
    主持的科研項(xiàng)目
    發(fā)表的學(xué)術(shù)論文
致謝



本文編號(hào)：3772414