蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)預測是蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)研究的一個重要環(huán)節(jié),大量的新預測方法被提出的同時,也不斷有新的蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)預測服務器出現(xiàn)。試驗選取7種目前常用的蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)預測服務器:PSRSM、SPOT-1D、MUFOLD、Spider3、RaptorX,Psipred和Jpred4,對它們進行了使用方法的介紹和預測效果的評估。隨機選取了PDB在2018年8月至11月份發(fā)布的180條蛋白質(zhì)作為測試集,評估角度為:Q3、Sov、邊界識別率、內(nèi)部識別率、轉(zhuǎn)角C識別率,折疊E識別率和螺旋H識別率七種角度。上述服務器180條測試數(shù)據(jù)的Q3結(jié)果分別為:89.96%、88.18%、86.74%、85.77%、83.61%,79.72%和78.29%。結(jié)果表明PSRSM的預測結(jié)果最好。180條測試集中,以同源性30%,40%,70%分類的實驗結(jié)果中,PSRSM的Q3結(jié)果分別為:89.49%、90.53%、89.87%,均優(yōu)于其他服務器。實驗結(jié)果表明,蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)預測可從結(jié)合多種深度學習方法以及使用大數(shù)據(jù)訓練模型方向做進一步的研究。 

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【文章目錄】：
1 PSRSM-Server
2 其他方法介紹
    2.1 Spider3
    2.2 SPOT-1D
    2.3 RaptorX
    2.4 MUFOLD
    2.5 Psipred
    2.6 Jpred4
3 結(jié)果評估
    3.1 Q3
    3.2 Sov
    3.3 邊界識別率和內(nèi)部識別率
4 結(jié) 論


【參考文獻】：
期刊論文
[1]蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)在線服務器預測評估[J]. 朱樹平,劉毅慧.  生物信息學. 2019(01)



本文編號：3663275