為研究復(fù)制性衰老中表觀遺傳學(xué)的變化,以年輕代齡（PD26）和年老代齡（PD55）的人胚肺二倍體成纖維細(xì)胞（2BS）為材料,進(jìn)行ATAC-seq測(cè)序,并使用Bowtie2、FastQC、MACS、deepTools、phastCons、R語(yǔ)言、HOMER以及基因本體論（Gene Ontology, GO）對(duì)測(cè)序結(jié)果進(jìn)行深入分析和挖掘。結(jié)果顯示, 2BS細(xì)胞染色質(zhì)開(kāi)放區(qū)域的保守性較強(qiáng),其主要集中于啟動(dòng)子（promoter）區(qū)至轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)（transcription start site, TSS）,且年輕細(xì)胞與年老細(xì)胞的啟動(dòng)子區(qū)至轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)的開(kāi)放程度不同,細(xì)胞隨著衰老在啟動(dòng)子區(qū)至轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)的開(kāi)放程度逐漸下降。進(jìn)一步對(duì)年輕和年老細(xì)胞之間存在顯著差異的靶基因進(jìn)行GO分析發(fā)現(xiàn),這些差異基因主要與細(xì)胞進(jìn)程、代謝、生物性調(diào)節(jié)、結(jié)合功能、催化功能相關(guān)。本次研究發(fā)現(xiàn)衰老過(guò)程中染色質(zhì)開(kāi)放區(qū)減少、轉(zhuǎn)錄調(diào)控水平下降,提示復(fù)制性衰老與轉(zhuǎn)錄調(diào)控關(guān)系密切。 

【文章來(lái)源】：生命科學(xué)研究. 2020,24(02)CSCD

【文章頁(yè)數(shù)】：9 頁(yè)

【文章目錄】：
1 材料和方法
    1.1 材料
    1.2 Tn5酶切反應(yīng)
    1.3 ATAC-seq測(cè)序、質(zhì)量評(píng)估及原始數(shù)據(jù)過(guò)濾
    1.4 ATAC-seq的序列比對(duì)和結(jié)合位點(diǎn)(peak)掃描
    1.5 保守性分析
    1.6 回帖序列在基因附近的信號(hào)分布情況分析
    1.7 結(jié)合位點(diǎn)注釋分析
    1.8 差異結(jié)合位點(diǎn)分析
    1.9 差異結(jié)合位點(diǎn)注釋分析
    1.1 0 GO富集分析
2 結(jié)果
    2.1 測(cè)序質(zhì)量
        2.1.1 測(cè)序的錯(cuò)誤分布率
        2.1.2 堿基含量分布
    2.2 酶切片段長(zhǎng)度的分布
    2.3 結(jié)合位點(diǎn)統(tǒng)計(jì)
    2.4 結(jié)合位點(diǎn)保守性分析
    2.5 回帖序列(mapped reads)在基因附近的平均信號(hào)分析
    2.6 結(jié)合位點(diǎn)在全基因組功能區(qū)上的注釋
    2.7 差異結(jié)合位點(diǎn)統(tǒng)計(jì)
    2.8 差異結(jié)合位點(diǎn)在全基因組功能區(qū)上的注釋
    2.9 差異位點(diǎn)靶基因的GO分析
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