雙盾木屬（Dipelta）隸屬于忍冬科（Caprifoliaceae）,為我國(guó)特有屬,是北溫帶植物區(qū)系中古孑遺的木本屬之一。該屬分布于我國(guó)西南部,北至陜西、甘肅,東至湖北、湖南西部和廣西東部。屬下僅有3個(gè)種,分別是雙盾木（D.floribunda）、云南雙盾木（D.yunnanensis）和優(yōu)美雙盾木（D.elegans）。其中,云南雙盾木和優(yōu)美雙盾木為易危和瀕危物種。目前對(duì)雙盾木屬的研究大多基于基因片段的聯(lián)合分析,屬內(nèi)物種進(jìn)化關(guān)系缺乏完整的葉綠體基因組數(shù)據(jù)支持。優(yōu)美雙盾木作為最早分化的類群已被研究報(bào)道,而雙盾木與云南雙盾木的分化時(shí)間研究較少,需要更多的數(shù)據(jù)支撐。由于葉綠體基因片段獲得的信息有限,不利于屬內(nèi)物種變異、種間關(guān)系等多角度的研究,本研究利用高通量測(cè)序技術(shù)獲得雙盾木屬3個(gè)物種14個(gè)個(gè)體的葉綠體全基因組數(shù)據(jù)用于雙盾木屬的系統(tǒng)學(xué)分析。另外,本研究還注釋了所有個(gè)體的ITS序列和部分線粒體基因數(shù)據(jù)用于雙盾木屬內(nèi)物種系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系的對(duì)比分析,并利用葉綠體全基因組結(jié)合兩個(gè)化石點(diǎn)標(biāo)定對(duì)雙盾木屬內(nèi)物種的分化時(shí)間進(jìn)行估算。主要研究結(jié)果如下:（1）雙盾木屬14個(gè)葉綠體基因組呈現(xiàn)典型的四分體結(jié)構(gòu),總長(zhǎng)... 

【文章來源】：西北大學(xué)陜西省 211工程院校

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【學(xué)位級(jí)別】：碩士

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十四個(gè)雙盾木屬物種葉綠體基因組圖譜

第三章葉綠體基因組比較研究9圖1.十四個(gè)雙盾木屬物種葉綠體基因組圖譜附注1：圓環(huán)內(nèi)部基因?yàn)閬垥r(shí)針轉(zhuǎn)錄，外部基因?yàn)槟鏁r(shí)針轉(zhuǎn)錄。不同仌色代表不同的基因功能，環(huán)內(nèi)灰色部分的深淺表示GC含量的儈低。Figure1.ChloroplastgenomemapforfourteenDipeltaspecies.Geneslocatedoutsidetheouterrimaretranscribedinacounterclockwisedirection,genesinsidearetranscribedinaclockwisedirection.Thecoloredbarsindicatedifferentfunctionalgroups.ThedashedgrayareaintheinnercircleshowsthepercentageGCcontentsofthecorrespondinggenes.圖2.雙盾木屬植物的分布Figure2.GeographicaldistributionandsamplinglocationsofDipeltaspecies.

西北大學(xué)碩士學(xué)位論文14圖3十四個(gè)雙盾木屬個(gè)體葉綠體基因組重復(fù)序列分析附注3：左邊藍(lán)色圖表示5種重復(fù)類型的數(shù)量，右邊紅色圖表示5種重復(fù)類型長(zhǎng)度的分布仁率。Figure3.AnalysisofrepeatedsequencesinfourteenDipeltachloroplastgenomes.Thebluehistogramontheleftindicatesthenumberoffiverepeattypes.Theredhistogramontherightshowsthefrequencyofthefiverepeattypesbylength.我們?cè)?個(gè)雙盾木物種的14個(gè)葉綠體基因組中檢測(cè)出6種SSRs（單核苷酸、二核苷酸、三核苷酸、四核苷酸、五核苷酸和六核苷酸重復(fù)序列）。單核苷酸的數(shù)量占比最大（58%），六核苷酸的數(shù)量占比最�。�5%）（圖4C）。大量的SSR存在于基因間隔區(qū)（IGS），其數(shù)量是蛋白質(zhì)編碼區(qū)的兩倍（圖4B）。多數(shù)SSR分布于LSC區(qū)，少量分布于SSC區(qū)和IR區(qū)，具體分布于圖3D。有趣的是，五核苷酸只存在于雙盾木中（圖4A）。在重復(fù)單元中，單核苷酸A/T占最大比例，所有的二核苷酸重復(fù)都由A或T堿基組成（圖4E）。此外，ATATTA重復(fù)序列只存在于云南雙盾木（D.yunnanensis_YNDL，D.yunnanensis_YNKM）中，TATAC、TAT、AAT重復(fù)只出現(xiàn)在一些雙盾木個(gè)體中，優(yōu)美雙盾木中沒有檢測(cè)到單核苷酸C的重復(fù)（圖4E）。

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
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