信使RNA（mRNA）攜帶著DNA的遺傳信息并傳遞遺傳信息到細(xì)胞中的不同區(qū)域。研究發(fā)現(xiàn)大量的mRNA在細(xì)胞中并非隨機(jī)分布而是聚集在特定的亞細(xì)胞區(qū)域。mRNA的亞細(xì)胞定位造成的mRNA和蛋白質(zhì)在細(xì)胞內(nèi)不均衡分布對(duì)細(xì)胞極性的形成、細(xì)胞運(yùn)動(dòng)的發(fā)生和細(xì)胞生長(zhǎng)發(fā)育發(fā)揮重要作用。因此,研究mRNA亞細(xì)胞定位對(duì)理解mRNA的功能以及細(xì)胞的時(shí)空調(diào)控機(jī)制至關(guān)重要。RNA原位熒光雜交技術(shù)和高通量的RNA亞細(xì)胞測(cè)序技術(shù)被廣泛應(yīng)用于檢測(cè)mRNA亞細(xì)胞水平的空間分布情況。隨著生物實(shí)驗(yàn)技術(shù)不斷優(yōu)化,目前原位雜交技術(shù)和測(cè)序技術(shù)可實(shí)現(xiàn)多種細(xì)胞環(huán)境下高分辨率RNA亞細(xì)胞圖譜的繪制,為研究mRNA亞細(xì)胞定位機(jī)制和揭示基因表達(dá)調(diào)控機(jī)制提供了可靠的信息資源。然而,生物實(shí)驗(yàn)技術(shù)操作繁瑣且費(fèi)用昂貴,因此迫切需要采用計(jì)算生物學(xué)方法開(kāi)發(fā)mRNA亞細(xì)胞定位預(yù)測(cè)模型實(shí)現(xiàn)mRNA亞細(xì)胞定位信息的快速獲取。本研究從RNALocate中獲取人類(lèi)mRNA的亞細(xì)胞定位數(shù)據(jù),從Gen Bank中獲取對(duì)應(yīng)mRNA的序列。假設(shè)數(shù)據(jù)中單標(biāo)簽的mRNA能提供更多的亞細(xì)胞定位信息,本研究?jī)H保留了單標(biāo)簽mRNA亞細(xì)胞定位數(shù)據(jù)構(gòu)建基準(zhǔn)數(shù)據(jù)集。研究采用核苷酸九聯(lián)體... 

【文章來(lái)源】：電子科技大學(xué)四川省 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校

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【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

利用機(jī)器學(xué)習(xí)分類(lèi)算法搭建人類(lèi)mRNA亞細(xì)胞定位預(yù)測(cè)模型的基本流程

電子科技大學(xué)碩士學(xué)位論文6圖2-1mRNA在細(xì)胞內(nèi)分布情況的示意圖表2-1mRNA亞細(xì)胞定位基準(zhǔn)訓(xùn)練數(shù)據(jù)集的詳細(xì)信息類(lèi)別亞細(xì)胞位置去除相似度大于80%的冗余序列前去除相似度大于80%的冗余序列后1,(%)細(xì)胞質(zhì)1992(39.6)1954(39.9)細(xì)胞質(zhì)基質(zhì)2,(%)核糖體1740(34.6)1666(34.0)3,(%)內(nèi)質(zhì)網(wǎng)937(18.6)924(18.9)4,(%)細(xì)胞核367(7.3)357(7.3)外泌體突觸線粒體合計(jì)50364901

SVM基本原理示意圖


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