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探討植物單染色體測(cè)序中的假陽(yáng)性問(wèn)題

發(fā)布時(shí)間:2021-06-26 22:07
  單細(xì)胞測(cè)序技術(shù)目前雖已廣泛應(yīng)用于人類、動(dòng)物、微生物等物種的研究,但由于細(xì)胞壁的存在,使得該技術(shù)在植物上的應(yīng)用舉步維艱。如果能先分離出植物單條染色體,然后再應(yīng)用單細(xì)胞測(cè)序技術(shù)進(jìn)行擴(kuò)增和測(cè)序,則可以避免細(xì)胞壁的干擾,從而具有重要的應(yīng)用價(jià)值。雖然科研人員一直嘗試針對(duì)單條植物染色體進(jìn)行測(cè)序,但目前尚未見(jiàn)有成功的報(bào)道,也未見(jiàn)有文章對(duì)失敗的原因進(jìn)行討論。該研究以六倍體中國(guó)春小麥為材料,針對(duì)使用單細(xì)胞測(cè)序技術(shù)進(jìn)行單染色體擴(kuò)增過(guò)程中出現(xiàn)的假陽(yáng)性問(wèn)題進(jìn)行了探討,分析了單染色體擴(kuò)增失敗的主要原因,并通過(guò)高通量測(cè)序技術(shù)研究了外源污染的可能來(lái)源。結(jié)果表明:在對(duì)實(shí)驗(yàn)器具、耗材、環(huán)境污染嚴(yán)格防控的基礎(chǔ)上,人體接觸可能是造成污染的主要來(lái)源;同時(shí),推測(cè)單染色體之所以擴(kuò)增失敗可能是因?yàn)槿旧w自身超螺旋狀態(tài)造成引物難以結(jié)合和復(fù)制。該研究還針對(duì)存在的問(wèn)題提出了可行性建議,為將來(lái)成功進(jìn)行單染色體測(cè)序提供了有益的借鑒。 

【文章來(lái)源】:廣西植物. 2020,40(01)北大核心CSCD

【文章頁(yè)數(shù)】:8 頁(yè)

【文章目錄】:
1 材料與方法
    1.1 植物材料
    1.2 方法
        1.2.1 小麥中期染色體制備和單條染色體分離
        1.2.2 染色體MALBAC擴(kuò)增
        1.2.3 染色體MDA擴(kuò)增
        1.2.4 污染源排除實(shí)驗(yàn)
        1.2.5 SCoT分子標(biāo)記檢測(cè)
        1.2.6 Southern雜交鑒定
        1.2.7 高通量測(cè)序
2 結(jié)果與分析
    2.1 小麥中期染色體制備和顯微分離
    2.2 MALBAC和MDA方法對(duì)小麥染色體進(jìn)行擴(kuò)增出現(xiàn)假陽(yáng)性現(xiàn)象
    2.3 可能污染源的排除
    2.4 使用SCo T分子標(biāo)記對(duì)擴(kuò)增結(jié)果進(jìn)行初步驗(yàn)證
    2.5 使用Southern印跡對(duì)擴(kuò)增結(jié)果進(jìn)行驗(yàn)證
    2.6 高通量測(cè)序和序列比對(duì)驗(yàn)證污染類型及可能來(lái)源
3 討論


【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]病原微生物實(shí)驗(yàn)室實(shí)驗(yàn)操作產(chǎn)生氣溶膠風(fēng)險(xiǎn)定量研究[J]. 杜茜,王洪寶,劉克洋,張柯,楊文慧,胡凌飛,王潔,李娜,溫占波,李勁松.  軍事醫(yī)學(xué). 2015(12)
[2]柚(Citrus grandis Osbeck)單染色體LA-PCR-AFLP技術(shù)體系中外源污染的防控[J]. 王發(fā)明,王平,唐琦,柳燕貞,陳偉.  熱帶作物學(xué)報(bào). 2010(12)



本文編號(hào):3252181

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