紅藻是我們?nèi)粘Ｉ钪幸活惙浅Ｖ匾暮Ｑ笊镔Y源。為探究紅藻rbcL基因密碼子的偏愛性,確定該類基因的最優(yōu)密碼子,本研究通過使用CodonW 1.4.4、CUSP和SPSS 20.0軟件對20條紅藻rbcL基因進(jìn)行了多元統(tǒng)計(jì)和密碼子偏愛性分析,最終獲得了紅藻rbcL基因三個(gè)位置的GC堿基含量、ENC值和RSCU值。結(jié)果顯示,紅藻rbcL基因AT堿基含量高于GC堿基,ENC值為41.89,說明紅藻rbcL基因密碼子偏愛于A/T堿基結(jié)尾。ENC繪圖分析,PR2-plot分析和中性繪圖分析表明自然選擇是影響rbcL基因密碼子偏愛性的主要因素。通過與擬南芥等五個(gè)物種的密碼子使用頻率比較,發(fā)現(xiàn)紅藻rbcL基因和它們均有較大的差異性。最后篩選得到了UUU、UUA、AUU等18個(gè)最優(yōu)密碼子,均偏向于以A/U堿基結(jié)尾。研究結(jié)果對紅藻資源的開發(fā)利用和rbcL基因的表達(dá)研究具有重要意義。 

【文章來源】：分子植物育種. 2020,18(01)北大核心CSCD

【文章頁數(shù)】：9 頁

【部分圖文】：

中性繪圖分析

根據(jù)紅藻rbcL基因的ENC值(縱坐標(biāo))和GC3S(橫坐標(biāo))關(guān)系圖可知(圖1),20條紅藻rbcL基因的ENC值的分布范圍大致為30～60，只有Melanthalia intermedia(ENC值為57.72)分布在曲線上，其余的紅藻均位于曲線下方，表明紅藻的rbcL基因密碼子偏愛性的影響因素中，隨機(jī)突變影響較弱，自然選擇影響較強(qiáng)。1.3 PR2-plot分析

PR2-plot分析

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]蘿卜ICE1密碼子使用偏性分析[J]. 孫繼峰,韓太利,徐立功,宋銀行,楊曉東,周峰,袁中科,譚金霞.  核農(nóng)學(xué)報(bào). 2018(03)
[2]蓼科大黃屬植物CHS基因密碼子偏愛性分析[J]. 馬盛超,余鑫梅,姚慧鵬.  分子植物育種. 2017(06)
[3]寨卡病毒基因組密碼子偏愛性分析[J]. 趙建嵐,羅洪,胡莎莎,吳琦,姚慧鵬.  基因組學(xué)與應(yīng)用生物學(xué). 2017(02)
[4]中東呼吸綜合征冠狀病毒結(jié)構(gòu)蛋白與附屬蛋白編碼基因密碼子偏愛性分析[J]. 趙建嵐,胡莎莎,羅洪,吳琦,姚慧鵬.  病毒學(xué)報(bào). 2016(04)
[5]甜蕎葉綠體基因密碼子偏愛性分析[J]. 羅洪,胡莎莎,吳琦,姚慧鵬.  基因組學(xué)與應(yīng)用生物學(xué). 2015(11)
[6]埃博拉病毒包膜糖蛋白的密碼子偏愛性分析[J]. 趙玉嬌,黃新偉,李多,邱麗娟,孫強(qiáng)明.  醫(yī)學(xué)研究雜志. 2015(03)
[7]草菇密碼子偏好性分析[J]. 蔣瑋,呂貝貝,何建華,王金斌,吳瀟,武國干,鮑大鵬,陳明杰,張勁松,譚琦,唐雪明.  生物工程學(xué)報(bào). 2014(09)
[8]中國沿海9種紅藻hsp70基因序列及系統(tǒng)進(jìn)化分析[J]. 楊銳,王淑剛,陳娟娟,徐麗寧,王亞軍,孫雪.  海洋學(xué)報(bào)(中文版). 2013(04)
[9]WSSV3個(gè)編碼蛋白的基因密碼子偏愛性分析[J]. 劉慶慧,黃倢,韓文君.  海洋水產(chǎn)研究. 2005(04)
[10]人類基因同義密碼子偏好的特征以及與基因GC含量的關(guān)系[J]. 石秀凡,黃京飛,柳樹群,劉次全.  生物化學(xué)與生物物理進(jìn)展. 2002(03)



本文編號：3108324