格氏乳桿菌（Lactobacillus gasseri）是腸道、生殖道重要菌種之一。因其具有優(yōu)良的益生特性,部分菌株已應(yīng)用于食品、醫(yī)藥等行業(yè),但有關(guān)格氏乳桿菌比較基因組方面的研究仍是空白。2018年通過全基因組序列分析和生物信息分析,將副格氏乳桿菌從格氏乳桿菌中劃分出來,成為一個(gè)新物種,但兩者在基因?qū)用娴墓残耘c差異仍不清楚。因此,全面的解析格氏乳桿菌和副格氏乳桿菌基因組,并對兩者進(jìn)行基因組比較,對明確兩者的異同以及優(yōu)良菌株選育和開發(fā)具有重要意義。本研究從人體糞便及生殖道樣品中篩選格氏乳桿菌,并對菌株基因組進(jìn)行測序。通過基因組分析研究菌株進(jìn)化關(guān)系區(qū)分物種,比較基因組、泛基因組了解菌株基因組組成并尋找差異基因。此外,對菌株的前噬菌體、毒力因子、耐藥基因進(jìn)行預(yù)測,并測定菌株對13種常見抗生素的耐藥性,以此評估菌株的安全性。主要結(jié)果如下:（1）從人體糞便和生殖道樣品篩選菌株并鑒定菌株物種,經(jīng)乳桿特異性引物GroEL測序鑒定,選取130株“格氏乳桿菌”,對菌株進(jìn)行基因組草圖測序得到序列,以ANI96%為閾值,初步將“格氏乳桿菌”分為兩個(gè)組,一組由105株菌組成,其ANI范圍在97.89%

【文章來源】：江南大學(xué)江蘇省 211工程院校 教育部直屬院校

【文章頁數(shù)】：72 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【部分圖文】：

“格氏乳桿菌”菌落形態(tài)（a）與菌形態(tài)（b）

13圖 3-2 130 菌株與格氏乳桿菌 ATCC33323、副格氏乳桿 JCM5343 的平均核苷酸同一性比對聚類熱圖Fig. 3-2 ANI values of isolated strains together with L. gasseri ATCC33323 and L. paragasseri JCM53433.1.3.2 格氏乳桿菌與副格氏乳桿菌的管家基因系統(tǒng)發(fā)育此外，管家基因系統(tǒng)發(fā)育樹也是鑒定區(qū)分物種的方法，其中 GroEL（分子伴侶）是一種比 16S rRNA 基因更強(qiáng)大的乳酸桿菌屬單基因系統(tǒng)發(fā)育標(biāo)記[96]。2011 年 Shevtsov

江南大學(xué)碩士畢業(yè)論文已經(jīng)報(bào)道 GroEL 能夠?qū)?68 株乳桿菌確鑒定到種水平。2015 年 Ranjan 也通過 PCR 擴(kuò)增GroEL 將干酪乳桿菌、副干酪乳桿菌和鼠李糖乳桿菌區(qū)分[97]。PheS（苯丙氨酰-tRNA 合酶α亞基）也是乳桿菌屬物種分類強(qiáng)有力的工具，并具有較高的鑒別能力是可靠鑒定[69]。根據(jù)報(bào)道 PheS 基因構(gòu)建將副格氏乳桿菌從格氏乳桿菌種區(qū)分出來[3]。本研究從 130 株菌種提取了兩個(gè)管家基因 PheS 和 GroEL 的核酸序列，并構(gòu)建管家基因進(jìn)化樹，結(jié)果顯示 105 株副格氏菌聚集在一個(gè)進(jìn)化分枝上（圖 3-4）剩余的 25 株格氏乳桿菌在另一個(gè)進(jìn)化分支上，這與基于直系同源基因的系統(tǒng)發(fā)進(jìn)化樹結(jié)果一致。因此，推測 PheS 基因和GroEL 基因的完整序列可作為鑒定格氏乳桿菌、副格氏乳桿菌的一種手段。

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本文編號：3063826