piRNA是一類主要在生殖細(xì)胞中表達(dá)、長度介于24-32nt之間,能夠與Piwi家族蛋白結(jié)合發(fā)揮作用的非編碼RNA。piRNA在生殖系統(tǒng)基因組穩(wěn)定性、基因組甲基化、基因調(diào)控等方面有著重要作用。隨著測序技術(shù)的發(fā)展,piRNA在多個(gè)物種中被鑒定出來,產(chǎn)生了大量有待分析和整理的數(shù)據(jù)。但是現(xiàn)有的piRNA的數(shù)據(jù)庫存在著收集的序列數(shù)量和物種數(shù)量上較少、piRNA和mRNA/lncRNA關(guān)系以及piRNA和疾病的關(guān)系收集不足、基因組版本缺乏更新、在搜索和下載方面使用不便等諸多問題,且現(xiàn)存的數(shù)據(jù)庫無法反映近年來piRNA研究的成果,也無法滿足廣大研究人員對(duì)物種、序列、注釋等方面多樣化的需求。在此基礎(chǔ)上,我們對(duì)piRBase數(shù)據(jù)庫進(jìn)行了升級(jí)。本次對(duì)piRBase數(shù)據(jù)庫的升級(jí)更新,以“piRNA”為關(guān)鍵字搜索PuMed數(shù)據(jù)庫,篩選了自2014年數(shù)據(jù)庫第一版上線以來公開發(fā)表的piRNA相關(guān)數(shù)據(jù),從UCSC下載了新的基因組以及注釋信息,使用Bowtie、Bedtools等軟件對(duì)序列和注釋信息進(jìn)行整理。除了更新piRNA序列、piRNA相關(guān)的注釋信息以及對(duì)所有物種基因組版本進(jìn)行更新之外,本次數(shù)據(jù)庫還更新整合了... 

【文章來源】：鄭州大學(xué)河南省 211工程院校

【文章頁數(shù)】：69 頁

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

piRNA次級(jí)生成過程及參與乒乓循環(huán)的相關(guān)蛋白示意圖

PIWI蛋白結(jié)構(gòu)示意圖

人體當(dāng)中各轉(zhuǎn)座子比例

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]大黃魚高溫適應(yīng)的轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析[J]. 鄧素貞,韓兆方,陳小明,李慶昌,肖世俊,李佳凱,劉賢德.  水產(chǎn)學(xué)報(bào). 2018(11)
[2]基于piggyBac轉(zhuǎn)座子系統(tǒng)的西方蜜蜂Rubia基因轉(zhuǎn)移研究[J]. 柯俐,胡小芬,王子龍,曾志將,何旭江.  江西農(nóng)業(yè)大學(xué)學(xué)報(bào). 2018(05)
[3]LINE-1的低甲基化在癌癥中的研究進(jìn)展[J]. 李佳慈,李克秋,景亞青,李光.  重慶醫(yī)學(xué). 2018(19)
[4]綿羊高效轉(zhuǎn)基因通用型piggyBac轉(zhuǎn)座子載體構(gòu)建及功能驗(yàn)證[J]. 胡廣東,郝科興,黃濤,曾維斌,谷新利,王靜.  遺傳. 2018(08)
[5]腺病毒介導(dǎo)的“睡美人”轉(zhuǎn)座子與IL-10共表達(dá)對(duì)NOD小鼠Th17/Treg細(xì)胞平衡的影響[J]. 龐春艷,王慧,王志華,馮秀媛,王永福.  吉林大學(xué)學(xué)報(bào)(醫(yī)學(xué)版). 2018(02)
[6]睡美人轉(zhuǎn)座子在草魚CIK細(xì)胞中介導(dǎo)的高效基因整合[J]. 陳凱,薛亭,王藝舟,潘啟華,于淼,陳天圣.  水生生物學(xué)報(bào). 2018(02)
[7]Tol2轉(zhuǎn)座子介導(dǎo)斑馬魚rps26基因附近增強(qiáng)子捕獲及注解分析[J]. 桑亞通,沈丹,陳偉,產(chǎn)舒恒,顧浩,高波,宋成義.  生物工程學(xué)報(bào). 2018(03)
[8]9種硬骨魚類轉(zhuǎn)座組注釋[J]. 高波,沈丹,陳才,王賽賽,楊昆侖,陳偉,王偉,張麗,宋成義.  生物工程學(xué)報(bào). 2018(01)
[9]新型非編碼小RNA-piRNA在惡性血液病發(fā)病中的作用研究進(jìn)展[J]. 江妍霞,胥倩,陳國安.  中華實(shí)用診斷與治療雜志. 2017(12)
[10]基于煙草基因組重測序數(shù)據(jù)的SNP提取軟件組合比較[J]. 余世洲,曹培健,李澤鋒,林世鋒,張潔,郭玉雙,余婧,任學(xué)良.  煙草科技. 2017(10)

博士論文
[1]斑馬魚早期胚胎發(fā)育過程中的小RNA預(yù)測和分析[D]. 姚元根.華中科技大學(xué) 2014

碩士論文
[1]家蠶大腦中piRNA的鑒定及功能探索[D]. 劉曉.南陽師范學(xué)院 2018
[2]7種榕小蜂的Argonaute蛋白基因的分子進(jìn)化[D]. 黎劍平.河北大學(xué) 2017
[3]灰飛虱體內(nèi)AGO家族的鑒定及其表達(dá)分析[D]. 周燕茹.浙江師范大學(xué) 2015



本文編號(hào)：3037362