木麻黃（Casuarina equisetifolia Forst.）是一種原產(chǎn)于熱帶、亞熱帶的典型沿海防護林樹種,其基因組較小,種子數(shù)量較多,很適合作為耐鹽研究的模式樹種。然而,其耐鹽機制尚不清楚。本研究對木麻黃進行了0,100 mM,200 mM鹽脅迫處理和轉(zhuǎn)錄組測序。通過GO分類、KEGG代謝通路及差異基因表達分析確定了CeCIGR1作為耐鹽候選基因并進行了熒光定量PCR驗證。利用根癌農(nóng)桿菌介導(dǎo)的轉(zhuǎn)基因技術(shù)侵染楊樹莖段外植體,對鑒定為陽性的轉(zhuǎn)基因楊樹進行鹽脅迫下的生理指標(biāo)測定。得到的主要結(jié)果如下:一、轉(zhuǎn)錄組測序共得到57850條Unigene,最短的Unigene長度為201 nt,最長13035 nt。在eggNOG數(shù)據(jù)庫中共有55.48%的Unigene被注釋,是六大數(shù)據(jù)庫（Nr、eggNOG、GO、KEGG、Pfam、Swiss-Prot）中注釋程度最高的;GO功能分類占比最高的是細胞組件,占了所有Unigene的33%,KEGG代謝通路注釋有32.8%是新陳代謝通路,占比最高;根據(jù)Nr數(shù)據(jù)庫中蛋白序列相似度對比,發(fā)現(xiàn)有46.63%的蛋白序列與胡桃同源,是與木麻黃親緣關(guān)系的... 

【文章來源】：浙江農(nóng)林大學(xué)浙江省

【文章頁數(shù)】：72 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【部分圖文】：

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木麻黃轉(zhuǎn)錄組特征與耐鹽基因挖掘//www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/)驗證序列質(zhì)量，所有的下析都是基于高質(zhì)量的有效數(shù)據(jù)。2 序列組裝用從頭組裝軟件對所有樣本過濾后得到的有效讀長（Clean Reads）進行從再將所有組裝成的長片段（Contig）組裝成兩端不能再延長的序列，最后進化得到 Unigene。 接下來對得到的 Unigene 進行組裝質(zhì)量的評判，包括ne 的長度、GC 含量和 N50 等。N50 可以作為基因組、轉(zhuǎn)錄組拼接結(jié)果好壞判斷標(biāo)準，指的是將所有組裝出來的結(jié)果按照長度從高到低進行排列后，長度一半時的長度。3 Unigene 功能注釋及分類裝完的 Unigene 并沒有對應(yīng)的功能注釋，所以我們將 Unigene 對照 NCBI、GO、KEGG、Pfam、Swiss-Prot 和 eGGNOG 六個權(quán)威數(shù)據(jù)庫進行注釋。

Unigene長度分布圖

【參考文獻】：
期刊論文
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