【摘要】：現(xiàn)階段研究中能影響DNA條形碼鑒定的主要因素有cox1片段的進(jìn)化速率差異、地域差異、胞內(nèi)共生菌Wolbachia、線粒體假基因-Numts和線粒體異質(zhì)性。本研究選用了15種常見的節(jié)肢動(dòng)物,每個(gè)物種選用的個(gè)體數(shù)都超過了5頭以上,并且每個(gè)物種的個(gè)體都來自于同一個(gè)種群,以此研究種群內(nèi)DNA條形碼的差異,以及DNA條形碼是否可以很好的鑒定物種,是否會(huì)因差異過大而出現(xiàn)隱存種的假象造成生物種類的高估。經(jīng)過研究可以得出以下結(jié)論:一、15個(gè)物種中,黃粉蟲(Tenebrio molitor)和普通卷甲蟲(Armadillidium vulgare)物種內(nèi)的DNA條形碼差異超過了2%,種間最大遺傳距離分別可達(dá)4.0%與6.2%,可能影響DNA條形碼的準(zhǔn)確性,這兩個(gè)物種占所有物種數(shù)的13.3%。二、黃粉蟲種群內(nèi)差異可以排除胞內(nèi)共生菌Wolbachia感染和Numts的影響,但同一母本的不同子代之間卻沒有差異。三、普通卷甲蟲種群內(nèi)差異是由于線粒體異質(zhì)性引起的,在同一個(gè)個(gè)體內(nèi)可檢測到兩種單體型的存在,同時(shí)該蟲的同一母本不同子代之間也有~6%的差異。通過qPCR的方法得到Sanger測序所得序列僅來自于含量較高的單體型,而未反映出低頻次單體型的存在。四、黃粉蟲在線粒體的其他基因上也表現(xiàn)出有不同程度的差異,但整個(gè)線粒體基因組差異小于條形碼序列的差異。
【學(xué)位授予單位】：河北大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2019
【分類號(hào)】：Q963
【圖文】：

第 1 章 序言.1 DNA 條形碼概述.1.1 DNA 條形碼出現(xiàn)的緊迫性地球上豐富多樣的物種，構(gòu)成了豐富多彩的生物圈，但地球上到底有多少物種一我們關(guān)心的話題之一。有研究者認(rèn)為地球上生物物種可以高達(dá)上千萬種，但通過林名法被人們所鑒定的物種卻只有 1.2-1.9 百萬種，仍有絕大部分的物種沒有被人們[1-5]。研究表明在地球上有大約 86%的物種沒有被描述，甚至在海洋中有大約 91%種沒有被描述[3]，如圖 1.1 中是對(duì)海洋和陸地上的不同類的物種進(jìn)行的預(yù)測。因此知物種的發(fā)現(xiàn)和鑒定和對(duì)已知物種的修訂一直是一個(gè)艱巨的任務(wù)，這就需要大量的學(xué)家來完成。

圖 1.2 GenBank 中 11 個(gè)門的 cox1 片段種間的遺傳距離Fig. 1.2 The genetic distance between speciesof cox1 fragments of 11 phylums in GenBank1.1.3 DNA 條形碼片段的選擇Kress 等[11]和 Taberlet 等[12]提出了理想的 DNA 條形碼標(biāo)準(zhǔn)：具有可以區(qū)分物種的足夠變異和分化，同時(shí)種內(nèi)變異必須足夠��；有高度保守的引物設(shè)計(jì)區(qū)以便于設(shè)計(jì)通用引物；片段足夠短，以便于 DNA 提取和 PCR 擴(kuò)增，尤其是對(duì)部分降解的 DNA 的擴(kuò)增；直源基因，無并源和其他外源基因的干擾[13]；得到的序列要易于對(duì)比和分析�，F(xiàn)在人們使用較多的用于種級(jí)水平的分子標(biāo)記主要有線粒體的 cox1[14, 15]、cox2[16]、cytb[14, 17]、nad2[18]、rrnL[19]、rrnS[20]和核基因 ITS[21, 22]等。線粒體 cox1 被認(rèn)為是動(dòng)物 DNA 條形碼首選的靶標(biāo)基因，比其他的分子標(biāo)記基因有很大的優(yōu)勢(shì)。由于 cox1 基因編碼的氨基酸序列的演化速率比較慢，可以區(qū)分出分化時(shí)

河北大學(xué)碩士學(xué)位論文試劑盒或其他方法對(duì)整只樣本或樣本形碼的引物，以提取到的基因組為模去測序公司進(jìn)行測序； (8) 將得到的大于 98%的序列作為最佳匹配序列；間的遺傳距離和構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹。

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