【摘要】：蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)是當(dāng)前計(jì)算生物學(xué)和生物信息學(xué)領(lǐng)域最具代表性和挑戰(zhàn)性的課題之一。隨著計(jì)算機(jī)技術(shù)的快速發(fā)展,過(guò)去二十余年里不斷涌現(xiàn)出各類結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)方法。而自1994年起,每?jī)赡暌粚玫牡鞍踪|(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)大賽(CASP)更是吸引了世界范圍內(nèi)不同背景科學(xué)家的參與,極大促進(jìn)了結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)的發(fā)展,它被譽(yù)為結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)領(lǐng)域的奧林匹克競(jìng)賽。根據(jù)是否使用已知的結(jié)構(gòu)為模板,預(yù)測(cè)方法通常可分為基于模板的方法和免模板(或從頭預(yù)測(cè))的方法兩大類。無(wú)論是哪一類,蛋白質(zhì)能量函數(shù)的設(shè)計(jì)開(kāi)發(fā)都是事關(guān)預(yù)測(cè)方法成敗的核心挑戰(zhàn)。本文聚焦于結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)領(lǐng)域應(yīng)用最廣的基于知識(shí)的能量函數(shù)——統(tǒng)計(jì)勢(shì),詳細(xì)設(shè)計(jì)構(gòu)建了新的基于“原子對(duì)”距離和方位角統(tǒng)計(jì)信息的高性能勢(shì)能函數(shù)。在前期大量測(cè)試研究的基礎(chǔ)上,我們找到了“原子對(duì)”截?cái)嗑嚯x這一關(guān)鍵參數(shù),針對(duì)統(tǒng)計(jì)勢(shì)的天然結(jié)構(gòu)識(shí)別能力和假構(gòu)象排序能力,采用不同的截?cái)嗑嚯x進(jìn)行優(yōu)化,使兩方面性能都獲得了顯著提升。于此同時(shí),我們還根據(jù)不同篩選條件構(gòu)建了若干不同的非冗余結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)集,分別以這些數(shù)據(jù)集為統(tǒng)計(jì)對(duì)象構(gòu)建統(tǒng)計(jì)勢(shì),研究了數(shù)據(jù)集大小、類型對(duì)統(tǒng)計(jì)勢(shì)性能的影響。通過(guò)將統(tǒng)計(jì)勢(shì)應(yīng)用于632個(gè)蛋白質(zhì)假構(gòu)象集,并與若干現(xiàn)有能量函數(shù)進(jìn)行對(duì)比評(píng)估,討論確認(rèn)了本文新開(kāi)發(fā)的統(tǒng)計(jì)勢(shì)在蛋白質(zhì)天然結(jié)構(gòu)識(shí)別和假構(gòu)象排序兩方面的性能優(yōu)勢(shì)。
【學(xué)位授予單位】：華中農(nóng)業(yè)大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2019
【分類號(hào)】：Q51;Q811.4
【圖文】：

蛋白質(zhì)序列/結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)增長(zhǎng)趨勢(shì)

氨基酸結(jié)構(gòu)通式

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3 陳陽(yáng);基于進(jìn)化約束的統(tǒng)計(jì)勢(shì)能設(shè)計(jì)及其在蛋白質(zhì)LOOP建模中的應(yīng)用[D];蘇州大學(xué);2014年

4 鄧海游;蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)中基于原子對(duì)距離分布的統(tǒng)計(jì)勢(shì)研究[D];華中師范大學(xué);2011年

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本文編號(hào)：2714081