【摘要】：研究珊瑚鈣化機制和白化機制對保護和恢復珊瑚礁極其重要。本研究使用PCR和RACE技術擴增了稀杯盔形珊瑚(Galaxea astreata)Gagalaxin mRNA全長;體外原核表達后,通過pull down技術檢測與Galaxin蛋白互作的蛋白,利用生信分析Gagalaxin結合蛋白的功能并推測Gagalaxin的功能;其次,挖掘Gene Expression Omnibus(GEO)數(shù)據(jù)庫中的珊瑚白化過程差異表達基因(DEGs)從而了解高溫對珊瑚白化的影響,利用Protein-protein interaction(PPI)互作圖分析DEGs與Gagalaxin以及Gagalaxin結合蛋白的關系。本文旨在研究珊瑚Gagalaxin基因在珊瑚鈣化和白化過程中的作用。結果如下:1、稀杯盔形珊瑚的Gagalaxin mRNA(GenBank號:MF063014.1)全長1492 bp,包括41 bp 5'UTR,419 bp 3'UTR和1032 bp CDS,共編碼343個氨基酸(AA),富含雙胱氨酸重復序列;預測發(fā)現(xiàn)Gagalaxin蛋白有兩個內(nèi)部重復結構,且該蛋白N端1-22號位置為信號肽區(qū)域;該Gagalaxin的起始密碼子至PolyA內(nèi)存在長度為2100 bp的內(nèi)含子;多序列比對結果顯示,該基因在鹿角和盔形珊瑚屬內(nèi)變異很小而屬間變異較大。2、合成不含信號肽區(qū)域的Gagalaxin序列與GST標簽重組后經(jīng)原核表達成功;采用終濃度為0.5 mM的異丙基硫代半乳糖苷(IPTG)誘導后重組蛋白表達量明顯提高(37℃誘導4 h)。3、Pull down實驗結果顯示,有明顯與Gagalaxin結合的蛋白,8條蛋白條帶質譜中只有2個Gagalaxin結合蛋白能成功與稀杯盔形珊瑚轉錄組匹配,分別為:Suppressor of Mek1(可能來源于單細胞雙鞭毛藻)和Coadhesin-like protein。4、在GSE16151中共檢測出107個DEGs,對照組和輕微白化組之間共檢測出37個DEGs,在對照組和完全白化組之間共檢測出98個DEGs,這些DEGs主要與細胞信號/轉錄,細胞骨架/細胞外基質蛋白,DNA復制/周期/增殖,核糖體相關;Suppressor of Mek1,Gagalaxin和Coadhesin-like蛋白在STRING中沒有匹配成功;DCAF13、DKC1和CCT7蛋白位于蛋白互作網(wǎng)絡圖的關鍵位置。
【圖文】：

圖 2-1 稀杯盔形珊瑚 Gagalaxin mRNA 和氨基酸序列Fig. 2-1 Nucleotide and deduced amino acid sequence of Gagalaxin in G. astreataExPASy 在線分析結果顯示，稀杯盔形珊瑚的 Gagalaxin 基因 CDS 序列的分子量為 34.76217 kDa，理論等電點為 4.95。親水性(GRAVY)的總平均值為 0.859；預測顯示該蛋白 N 端有一段高度疏水區(qū)域，，推測可能是跨膜區(qū)域。

圖 2-1 稀杯盔形珊瑚 Gagalaxin mRNA 和氨基酸序列Fig. 2-1 Nucleotide and deduced amino acid sequence of Gagalaxin in G. astreatPASy 在線分析結果顯示，稀杯盔形珊瑚的 Gagalaxin 基因 CDS 序列的6217 kDa，理論等電點為 4.95。親水性(GRAVY)的總平均值為 0.859；白 N 端有一段高度疏水區(qū)域，推測可能是跨膜區(qū)域。
【學位授予單位】：廣東海洋大學
【學位級別】：碩士
【學位授予年份】：2019
【分類號】：Q953

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1 袁吉貴;稀杯盔形珊瑚Gagalaxin基因的功能分析[D];廣東海洋大學;2019年

本文編號：2642854