【摘要】：半滑舌鰨和星斑川鰈是我國北方沿海區(qū)市場價值較高的鲆鰈魚類。半滑舌鰨是屬于黃渤海特種魚類,也是近10年來開發(fā)的工廠化養(yǎng)殖名貴魚類。星斑川鰈主要分布于北太平洋,在我國黃海的北部深水處才能找到它的蹤跡,其野生資源量非常少。它們與大菱鲆、牙鲆一起已成為我國北方海水魚類養(yǎng)殖業(yè)的主導(dǎo)。本論文從分子遺傳育種的實際需求出發(fā),主要進行了以下三個方面的內(nèi)容:首先對半滑舌鰨真、偽雄魚母系半同胞家系進行了遺傳多樣性分析;然后對星斑川鰈進行了微衛(wèi)星標記開發(fā)并對搜索出的微衛(wèi)星序列進行了特征分析;并對星斑川鰈進行了性別特異微衛(wèi)星標記篩選。主要有以下研究結(jié)果:1.半滑舌鰨真、偽雄魚半同胞家系的遺傳多樣性分析半滑舌鰨養(yǎng)殖群體中存在真雄魚(ZZ)和偽雄魚(ZW)現(xiàn)象,其遺傳特征進行研究,對于半滑舌鰨育種及優(yōu)良苗種培育具有重要的意義。本研究以半滑舌鰨真、偽雄魚群體及母系半同胞家系為研究對象,利用半滑舌鰨22對多態(tài)性微衛(wèi)星標記,對兩組半滑舌鰨真、偽雄魚半同胞家系群體進行了遺傳多樣性分析。結(jié)果顯示:篩選出的22對引物擴增產(chǎn)物均具有多態(tài)性,4個半同胞家系群體中共檢測到232個等位基因,群體平均等位基因數(shù)Na均大于平均有效等位基因數(shù)Ne;平均觀測雜合度Ho均小于平均期望雜合度He;平均多態(tài)信息含量(PIC)分別為0.4566、0.4254、0.5069、0.4795。22個多態(tài)性位點在4個半同胞家系群體中分別有3、3、4和5個位點顯著偏離Hardy-Weinberg平衡。4個半同胞家系群體間的Nei's遺傳距離為0.2101~0.5840,遺傳相似性系數(shù)為0.5577~0.8105。本文研究表明:半滑舌鰨真、偽雄魚半同胞家系間的遺傳相似系數(shù)較高、遺傳距離較小,遺傳多樣性指標相近。2.星斑川鰈微衛(wèi)星序列的開發(fā)及其相關(guān)特征分析本研究利用RAD-seq技術(shù)對星斑川鰈的雌、雄基因池進行了微衛(wèi)星序列的搜索,在長度為89810018 bp的星斑川鰈DNA測序序列中,共找到48185個微衛(wèi)星序列,其中完全型微衛(wèi)星序列共有36804個,其序列總累積長度占所測序長度的0.82%。檢測出的微衛(wèi)星序列中,有單堿基、二堿基、三堿基、四堿基、五堿基和六堿基6種重復(fù)單元類型,在完全型微衛(wèi)星序列中,二堿基重復(fù)類型的微衛(wèi)星序列數(shù)最多,占序列總數(shù)的72.79%,其次是三堿基重復(fù)類型,占序列總數(shù)的10.80%。AC是二堿基重復(fù)類型中微衛(wèi)星序列數(shù)最多的重復(fù)拷貝類別,占二堿基重復(fù)類型序列總數(shù)的76.56%。本論文對星斑川鰈微衛(wèi)星序列的不同重復(fù)單元與相應(yīng)平均拷貝數(shù)進行了相關(guān)分析,結(jié)果顯示,微衛(wèi)星序列重復(fù)單元的長度與平均拷貝數(shù)呈負相關(guān)關(guān)系(r=-0.789),說明隨著微衛(wèi)星序列重復(fù)單元長度的增加,相應(yīng)的拷貝數(shù)在減少。在1~6堿基重復(fù)類型微衛(wèi)星序列的變異系數(shù)統(tǒng)計分析中,二堿基重復(fù)類型微衛(wèi)星序列的變異系數(shù)最大,為0.51。同時,本論文對不同重復(fù)單元微衛(wèi)星中的AT含量進行了統(tǒng)計分析,發(fā)現(xiàn)其含量與相應(yīng)微衛(wèi)星的序列總數(shù)、累積長度以及平均拷貝數(shù)呈正相關(guān)關(guān)系,結(jié)果說明AT含量的增加,三者的數(shù)值均會隨著增加。3.星斑川鰈性別相關(guān)SSR標記的篩選本研究利用分析對比得到的星斑川鰈雌性或雄性特異且重復(fù)次數(shù)大于或等于10的26對微衛(wèi)星引物掃描雌、雄各48個個體的基因組DNA,進行第一次單個體驗證,在雌、雄個體中擴增出差異條帶引物只有1對。用星斑川鰈雌、雄各96個個體進行第二次擴大樣本個體驗證。結(jié)果顯示:引物RAD_PE_through_237042在第二次個體驗證中擴增出的差異條帶的出現(xiàn)頻率在雌、雄個體中具有極顯著差異(p㩳0.01),差異等位基因片段在96個雌性個體中出現(xiàn)了29次,頻率較高,為30.21%;在96個雄性個體中出現(xiàn)了11次,頻率較低,為11.46%。對目的條帶切膠回收、克隆和測序后,通過DNASTAR分析比對,發(fā)現(xiàn)差異片段比無差異片段少了一個AT重復(fù)。由此可知,引物RAD_PE_through_237042的差異片段對星斑川鰈的性別具雌性偏好性,該位點應(yīng)該與星斑川鰈性別決定區(qū)域存在一定關(guān)系。
【學(xué)位授予單位】：上海海洋大學(xué)
【學(xué)位級別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2016
【分類號】：S917.4
【圖文】：

圖 2-1 部分樣本的 DNA 瓊脂糖凝膠電泳結(jié)果Figure 1 DNAagarose gel electrophoresis results of some samplesM：DL2000 DNAMarker；1-9：9 個不同的鰭條樣品提取的基因組 DNAM: DL2000 DNAMarker; 1-9: the genomic DNAwas extracted from nine different ray samples2.2.2 微衛(wèi)星擴增圖譜利用選擇合成的 50 對微衛(wèi)星引物對 4 個半同胞家系群體進行多態(tài)性檢測，其中 22 對引物具有多態(tài)性。其中引物 scaffold0794994 在 4 個半同胞家系群體中的擴增結(jié)果見圖 2-2。從電泳圖可以看出，相同引物偽雄魚個體擴增出的條帶多態(tài)性高于真雄魚。

圖 2-1 部分樣本的 DNA 瓊脂糖凝膠電泳結(jié)果Figure 1 DNAagarose gel electrophoresis results of some samplesM：DL2000 DNAMarker；1-9：9 個不同的鰭條樣品提取的基因組 DNAM: DL2000 DNAMarker; 1-9: the genomic DNAwas extracted from nine different ray samples2.2.2 微衛(wèi)星擴增圖譜利用選擇合成的 50 對微衛(wèi)星引物對 4 個半同胞家系群體進行多態(tài)性檢測，其中 22 對引物具有多態(tài)性。其中引物 scaffold0794994 在 4 個半同胞家系群體中的擴增結(jié)果見圖 2-2。從電泳圖可以看出，相同引物偽雄魚個體擴增出的條帶多態(tài)性高于真雄魚。

圖 4-1 引物 RAD_PE_through_237042 在星斑川鰈雌雄各 48 個個體的第一次單個體驗證。M為 Marker,48♀為 48 個雌性個體，48♂為 48 個雄性個體。白色箭頭所指樣本即為出現(xiàn)差異條帶的樣本。Fig.4-1 Amplification of RAD_PE_through_237042 in 48 individuals of males and females of.Starry flounder4.2.3 差異條帶在雌、雄個體中的擴大驗證將在 星斑川鰈雌、雄各 48 個個 體中擴 增差 異顯著 的微衛(wèi)星 引物RAD_PE_through_237042 在星斑川鰈雌、雄各 96 個個體中進行 PCR 擴增，通過聚 丙 烯 酰 胺 凝 膠 電 泳 檢 測 ， 擴 增 結(jié) 果 見 圖 4-3 。 圖 片 顯 示 引 物RAD_PE_through_237042 在 96 個雌性個體中有 29 個個體擴增出差異條帶，頻率較高為 30.21%；在 96 個雄性個體中有 11 個個體擴增出差異條帶，頻率較低為 11.46%，用 SPSS19.0 軟件對具有差異條帶的 SSR 標記在雌、雄中出現(xiàn)的頻率進行卡方檢驗，得到 P 值為 0.003（小于 0.01）。由此可見，SSR 標記RAD_PE_through_237042 的差異條帶在星斑川鰈雌、雄個體中的比例呈極顯著

【相似文獻】

相關(guān)期刊論文 前7條

1 薛良義;孫升;肖章奎;楊巧一;葉放;童麗娟;;大黃魚肌肉生長抑制素基因微衛(wèi)星序列多態(tài)性分析[J];中國生物化學(xué)與分子生物學(xué)報;2008年10期

2 徐冰;徐義平;鮑寶龍;;草魚MKLN1基因可變剪接和微衛(wèi)星序列的多態(tài)性[J];上海海洋大學(xué)學(xué)報;2011年05期

3 張曉菊;薛良義;林天勢;蔡燦;;磁珠富集法篩選大彈涂魚CA微衛(wèi)星序列[J];生物技術(shù)通報;2011年11期

4 李小白;向林;羅潔;秦德輝;孫崇波;;建蘭轉(zhuǎn)錄本的微衛(wèi)星序列和單核苷酸多態(tài)性信息分析[J];浙江大學(xué)學(xué)報(農(nóng)業(yè)與生命科學(xué)版);2014年04期

5 戚文華;蔣雪梅;肖國生;黃小云;杜聯(lián)明;;牛和綿羊全基因組微衛(wèi)星序列的搜索及其生物信息學(xué)分析[J];畜牧獸醫(yī)學(xué)報;2013年11期

6 楊新道,王傳堂,陳殿緒,張建成,徐建志,劉光臻;查詢GenBank核酸數(shù)據(jù)庫鑒定花生微衛(wèi)星序列(英文)[J];花生學(xué)報;2005年02期

7 ;[J];;年期

相關(guān)會議論文 前1條

1 薛良義;肖章奎;楊巧一;葉放;童麗娟;;大黃魚Myostatin基因微衛(wèi)星序列多態(tài)性分析[A];第二屆中國醫(yī)學(xué)細胞生物學(xué)學(xué)術(shù)大會暨細胞生物學(xué)教學(xué)改革會議論文集[C];2008年

相關(guān)博士學(xué)位論文 前1條

1 趙相艷;微衛(wèi)星序列在生物體基因組中的組成與比較分析[D];湖南大學(xué);2014年

相關(guān)碩士學(xué)位論文 前1條

1 李洪;兩種鲆鰈魚類性別相關(guān)遺傳性狀分析及分子標記開發(fā)與篩選[D];上海海洋大學(xué);2016年

本文編號：2794965