香蕉枯萎病是世界香蕉產(chǎn)業(yè)的毀滅性病害。目前,多數(shù)香蕉轉(zhuǎn)錄組研究樣本均是香蕉幼苗,本論文通過(guò)RNA-Seq技術(shù)研究發(fā)病蕉園中花芽分化期抗病品種寶島蕉和感病品種巴西蕉根部組織之間的轉(zhuǎn)錄組差異,以期獲得與香蕉枯萎病抗性密切相關(guān)的重要基因。分別以幼苗期和花芽期香蕉根系為樣本,運(yùn)用實(shí)時(shí)熒光定量PCR的方法,對(duì)10個(gè)抗病相關(guān)基因進(jìn)行了表達(dá)分析,并探討了其抗病機(jī)理。本研究為豐富現(xiàn)有香蕉轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)庫(kù)、發(fā)掘?qū)殟u蕉抗枯萎病相關(guān)基因及探討寶島蕉抗枯萎病機(jī)理奠定了基礎(chǔ)。主要結(jié)果如下:(1)發(fā)病蕉園巴西蕉和寶島蕉花芽分化期香蕉根樣經(jīng)過(guò)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序,在巴西蕉中得到17773064×2條高質(zhì)量序列,有26917421條高質(zhì)量序列能注釋到香蕉基因組;在寶島蕉中得到20083619×2條高質(zhì)量的序列,有28353810條高質(zhì)量序列能注釋到香蕉基因組。通過(guò)與GO、COG和KEGG數(shù)據(jù)庫(kù)比對(duì),得到25029條序列被注釋到GO的三大分類中,9461條序列被注釋到COG的23個(gè)功能分類中,及10598條序列注釋到290條KEGG通路中。(2)通過(guò)對(duì)巴西蕉和寶島蕉兩個(gè)香蕉樣本的轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行比較分析,我們得到107個(gè)差異表達(dá)基因,其中...

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【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

圖３－１原始數(shù)據(jù)的巧基與質(zhì)貴分布圖??Ｆｉｇ．３－１??

?１７７７３０６４＊２?３，３４１，３３６，０３２??從圖３－１可知，上述所獲得的測(cè)序數(shù)據(jù)達(dá)到后續(xù)的分析要求。對(duì)于雙端測(cè)序數(shù)據(jù)??的評(píng)估結(jié)果如圖３－１所示，由堿基在序列中的分布圖（圖３－１－Ａ）可見(jiàn)，每個(gè)位置上??Ａ、Ｃ、Ｇ、Ｔ在開(kāi)始有所波動(dòng)，之后會(huì)趨于穩(wěn)定。一般情況下Ａ與Ｔ相等....

圖３－２?ＧＯ功化分類??Ｆｉｇ．３－２?ＧＯ?Ｉｎｕｎｃｔｉｏｎ?Ｃｌａｓｓｉｆｉｃａｔｉｏｎ??注：圖中橫坐標(biāo)表示ＧＯ的二級(jí)分類術(shù)語(yǔ)，左邊縱坐標(biāo)表示包含在該二級(jí)分類中的ｉｓｏｇｅｎｅ占總數(shù)的百分比，??

３丄３?ＧＯ功能分類??用ＧＯ數(shù)據(jù)庫(kù)對(duì)測(cè)序得到的基因進(jìn)行基于序列同源性的功能分類，通過(guò)Ｂｌａｓｔｓ?ＧＯ??軟件，可快速得到高質(zhì)量數(shù)據(jù)的ＧＯ分類結(jié)果（圖３－２）。我們對(duì)質(zhì)控后的高質(zhì)量序??列進(jìn)行了?ＧＯ功能注釋，結(jié)果發(fā)現(xiàn)共有２５０２９個(gè)序列被分配到生物過(guò)程（Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ?....

圖3一表達(dá)童(FPKMscores)分?

Ｆｉｇ．３－５?Ｔｈｅ?ｄｉｓｔｒｉｂｕｔｉｏｎ?ｏｆ?ＦＰＫＭ?ｓｃｏｉ＊ｅｓ?ａｎｄ?ｖｉｓｕａｌｉｚａｔｉｏｎ?ｏｆ?ａｖｅｒａｇｅ?ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ?ｌｅｖｅｌ?ｉｎ?ｓａｍｐｌ注；圖中Ａ為寶島蕉樣本，Ｂ為己西蕉樣本。（ａ）表達(dá)量（ＦＰＫＭｓｃｏｒｅｓ）分布圖，橫坐標(biāo)....

圖３－６差異表達(dá)的可視化圖??巧３．３－６?Ｔｈｅ?ｖｉｓｕａｌ?ｍａｐ?ｏｆ?（ＩＨＴｃｒｅｎｔｉａｌｌｙ?ｅｘｐｒｅｓｓｅｄ??注：Ａ為寶島蕉樣本，Ｂ為己西蕉樣本，??

巧３．３－６?Ｔｈｅ?ｖｉｓｕａｌ?ｍａｐ?ｏｆ?（ＩＨＴｃｒｅｎｔｉａｌｌｙ?ｅｘｐｒｅｓｓｅｄ??注：Ａ為寶島蕉樣本，Ｂ為己西蕉樣本，??從表達(dá)量（ＦＰＫＭ?ｓｃｏｒｅｓ）分布圖和樣品平均表達(dá)狀況可視化圖（圖３－５）可見(jiàn)，??己西蕉和寶島蕉根部的兩個(gè)轉(zhuǎn)錄組雖然高度一致，但仍存....

本文編號(hào)：3974784