發(fā)布時間：2024-04-26 21:17

　　蘿卜(Raphanussativus L.)是原產(chǎn)于我國的一種重要十字花科根菜類蔬菜作物,具有較高營養(yǎng)和藥用價值。單核苷酸多態(tài)性(SNP)是基因組中特定位點單個核苷酸的變異,SNPs在生物基因組中分布廣泛且數(shù)量巨大,且SNP標記已越來越廣泛地被應用于基因定位、圖位克隆及標記輔助選擇等研究。新一代測序(NGS)技術(shù)可高效獲得大量可信轉(zhuǎn)錄序列,可為SNPs的鑒定及SNP標記大規(guī)模開發(fā)提供可靠序列來源。目前,基于轉(zhuǎn)錄組測序進行SNP標記開發(fā)的方法已成功應用于水稻、小麥、白菜和甘藍等作物的遺傳育種研究中,且較二代分子標記顯示出巨大優(yōu)勢。但該方法在蘿卜中的應用還未見報道,致使蘿卜遺傳育種可用分子標記數(shù)量遠少于其它作物。鑒于此,本研究以蘿卜轉(zhuǎn)錄組測序獲得的大量unigenes為基礎(chǔ),利用生物信息學方法鑒定出大量SNPs,進而根據(jù)SNP位點信息開發(fā)CAPS/dCAPS標記,并應用于蘿卜遺傳多樣性分析和種質(zhì)鑒定。取得主要研究結(jié)果如下:1.將‘NAU-LB’經(jīng)Illumina測序獲得的短序列與參考轉(zhuǎn)錄組進行序列比對,成功檢索到位于 10,775 條 unigenes 上的 56,809 個 SNPs。其...

【文章頁數(shù)】：65 頁

【學位級別】：碩士

【部分圖文】：

圖１－２?ｄＣＡＰＳ標記原理圖??斜體加粗字母代表突變堿基；斜體、加粗、下劃線字母代表引入的錯配堿基??Ｆｉｇ．?１－２?Ｓｃｈｅｍａｔｉｃ?ｉｌｌｕｓｔｒａｔｉｏｎ?ｏｆ?ｔｈｅ?

變的ＳＮＰｓ。ｄＣＡＰＳ標記中，通過在引物中引入一個或多個錯配堿基，而將包含ＳＮＰ??位點的限制性內(nèi)切酶識別位點引入到ＰＣＲ產(chǎn)物中，再利用限制性內(nèi)切酶消化酶切產(chǎn)??物，通過凝膠電泳結(jié)果來判斷ＳＮＰｓ的有無（Ｎｅｆｆ?ｅｔａｌ．，?１９９８）。該標記原理如圖１－２??所示，由于酶的....

圖２－４不同ＣＡＰＳ引物在４個基因型蘿卜中的擴增酶切結(jié)果??

根據(jù)表２－３各限制性內(nèi)切酶出現(xiàn)頻次，結(jié)合各種酶的通用性，對ＳＮＰｓ引起ＩＩＩ、??￡ｃｏＲＩ、／／ａｅｌｌｌ、７＾１、所紅１、Ｕａｌ、＆／１、Ｐ對?Ｉ?和?＜ＳａｃＩ?這?１０?種限制性??內(nèi)切酶識別位點改變的序列設(shè)計ＣＡＰＳ引物。這１０種酶的理論可用次數(shù)如圖２－４所示，??共設(shè)....

圖２－６不同ｄＣＡＰＳ引物在８個基因型蘿卜中的擴增酶切結(jié)果??

ＳＮＰ位點處的堿基不同。為驗證ＣＡＰＳ標記開發(fā)的準確性，共用１０對引物擴增并克??隆測序了?２０條序列，結(jié)果表明，每對組合兩條序列在ＳＮＰ位點處的堿基均不同，部??分測序結(jié)果如圖２－８所示。??■?．?ｊ?．??Ａ?Ｇ?Ｇ?ＡＴ?Ｃ?Ｃ?Ａ?Ａ?Ａ?Ａ?Ｔ?Ｇ?Ａ?Ｇ?Ｃ?Ｃ?Ａ....

圖2-7CAPS引物SNP位點測序結(jié)果

．．?．■丨＜（，＾＾壓?＇??＇＂；，?＇－Ｉ?＂??ＡＢＣ??圖２－６不同ｄＣＡＰＳ引物在８個基因型蘿卜中的擴增酶切結(jié)果??１－８：不同基因型蘿卜；Ａ－Ｃ：＆／Ｉ、Ｍｎｆｌ和ｉｆｏｅｌｌｌ酶切結(jié)果??Ｆｉｇ．?２－６?Ｄｉｇｅｓｔｉｏｎ?ｒｅｓｕｌｔｓ?ｏｆ?ＰＣＲ?ｐｒｏｄ....

本文編號：3964888