花是園林植物的重要觀賞部分,對于花型、花色等性狀的變異改良研究具有極大經(jīng)濟效益,也一直是花發(fā)育研究的熱點。重瓣是一種突變花型,觀賞價值大,關(guān)于其形成分子機理的研究對提高植物觀賞性具有重大意義。矮牽牛既是園林植物中被廣泛應(yīng)用的花壇花卉,也同擬南芥、金魚草一樣是植物花發(fā)育研究的模式植物,因此是研究重瓣性狀的理想材料。本研究結(jié)合前人的研究分析結(jié)果,從正向遺傳學角度出發(fā),通過全基因組重測序構(gòu)建矮牽牛遺傳連鎖圖譜。同時利用分子標記與近等基因系對重瓣基因進行定位,結(jié)合圖譜定位結(jié)果,以期圈定重瓣基因所在區(qū)間,獲得重瓣候選基因。目前獲得的主要研究結(jié)果如下:1.利用原有標記比對到重瓣基因組9條Scaffold,根據(jù)單重瓣矮牽牛重測序及轉(zhuǎn)錄組測序結(jié)果,用IGV軟件對9條Scaffold上注釋的459個基因進行篩選,得到52個在單重瓣中CDS序列存在顯著差異的基因。優(yōu)先對在重測序或轉(zhuǎn)錄組中顯示單瓣完全缺失的基因設(shè)計引物進行差異片段擴增,其中4對引物在單重瓣矮牽牛中擴增出現(xiàn)差異,擴大群體檢測在單重瓣中擴增差異穩(wěn)定存在。同時篩選得到37個在單重瓣中啟動子序列存在顯著差異,并且在重瓣中表達量上調(diào)的基因。2.選取近...

【文章頁數(shù)】：69 頁

【學位級別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
ABSTRACT
縮略詞表
1 前言
    1.1 分子標記技術(shù)
        1.1.1 遺傳標記的發(fā)展
        1.1.2 DNA分子標記
            1.1.2.1 DNA分子標記的分類
            1.1.2.2 SNP標記
        1.1.3 分子標記在觀賞植物中的應(yīng)用現(xiàn)狀
    1.2 植物遺傳圖譜的構(gòu)建
        1.2.1 遺傳圖譜的定義及應(yīng)用
        1.2.2 遺傳圖譜構(gòu)建方法
        1.2.3 基于高通量測序的遺傳圖譜構(gòu)建
        1.2.4 矮牽牛遺傳圖譜構(gòu)建
    1.3 重瓣性研究進展
        1.3.1 重瓣花形成的分子機理
        1.3.2 矮牽牛重瓣性研究現(xiàn)狀
    1.4 本研究的目的和意義
2 材料與方法
    2.1 實驗材料
        2.1.1 近等基因系
        2.1.2 遺傳圖譜構(gòu)建的親本及群體
        2.1.3 試驗試劑
        2.1.4 主要儀器設(shè)備
        2.1.5 所需試劑配方
    2.2 實驗方法
        2.2.1 基因組DNA提取
        2.2.2 差異基因篩選
        2.2.3 與矮牽牛重瓣性狀緊密連鎖分子標記篩選
            2.2.3.1 特異引物設(shè)計
            2.2.3.2 PCR擴增及檢測
            2.2.3.3 共線性分析
        2.2.4 矮牽牛遺傳圖譜構(gòu)建
            2.2.4.1 親本及群體全基因組測序
            2.2.4.2 SNP檢測和基因分型
            2.2.4.3 遺傳圖譜構(gòu)建
            2.2.4.4 重瓣性狀定位
3 結(jié)果與分析
    3.1 差異基因篩選
        3.1.1 結(jié)構(gòu)變異基因篩選
        3.1.2 差異片段擴增
        3.1.3 啟動子差異篩選
    3.2 與矮牽牛重瓣性狀緊密連鎖分子標記的篩選
        3.2.1 近等基因系篩選群體構(gòu)建
        3.2.2 標記檢測結(jié)果
        3.2.3 共線性分析
    3.3 矮牽牛遺傳圖譜構(gòu)建
        3.3.1 作圖群體構(gòu)建及基因組DNA提取
        3.3.2 全基因組重測序
        3.3.3 SNP檢測和基因分型
        3.3.4 遺傳圖譜構(gòu)建
            3.3.4.1 JoinMap4.1 軟件分群及圖譜構(gòu)建
            3.3.4.2 LepMap3 軟件分群及圖譜構(gòu)建
        3.3.5 重瓣性狀定位
4 討論
    4.1 遺傳圖譜構(gòu)建
    4.2 差異基因篩選
    4.3 分子標記檢測
5 總結(jié)與展望
參考文獻
附錄
    附錄 Ⅰ群體Clean Data及比對結(jié)果統(tǒng)計表
    附錄 Ⅱ單重瓣CDS及啟動子差異基因注釋信息
    附錄 Ⅲ差異基因篩選引物序列
    附錄 Ⅳ特異標記引物序列
致謝



本文編號：3762027