葡萄果實(shí)發(fā)育期性狀的SSR遺傳分析及相關(guān)品質(zhì)性狀的GWAS分析
發(fā)布時(shí)間:2022-12-22 19:37
為尋找控制葡萄果實(shí)發(fā)育期性狀及其他品質(zhì)性狀的基因位點(diǎn),本研究對(duì)‘莎巴珍珠’SSR標(biāo)記在后代衍生品種中的遺傳傳遞情況進(jìn)行分析。并以179個(gè)葡萄品種為材料,基于GBS測(cè)序結(jié)果對(duì)8個(gè)葡萄果實(shí)品質(zhì)性狀進(jìn)行了全基因組關(guān)聯(lián)分析研究。1.對(duì)‘莎巴珍珠’衍生系(‘莎巴珍珠’及其后代32個(gè)衍生品種以及5個(gè)其他親本)進(jìn)行SSR標(biāo)記。選取50對(duì)分布在葡萄19條染色體上的SSR標(biāo)記,對(duì)‘莎巴珍珠’SSR標(biāo)記在其衍生后代中的遺傳傳遞情況進(jìn)行了分析。經(jīng)篩選得到3個(gè)高遺傳穩(wěn)定且遺傳頻率均在80%以上的‘莎巴珍珠’特異SSR標(biāo)記——VVMD5、VVMD32和VMC4F8分別位于16、4和1號(hào)染色體上。注釋發(fā)現(xiàn),其所在區(qū)域基因分別注釋為受體蛋白激酶、未知蛋白和WRKY轉(zhuǎn)錄因子。研究結(jié)果表明,這些基因與‘莎巴珍珠’衍生品種果實(shí)發(fā)育期性狀相關(guān)。2.對(duì)收集到的179份葡萄材料進(jìn)行GBS測(cè)序。經(jīng)篩選共獲得的32,311個(gè)分布于葡萄全基因組的高質(zhì)量SNP標(biāo)記,用于全基因組關(guān)聯(lián)分析(GWAS)。(1)以葡萄果粒顏色的定位結(jié)果為參照選擇最優(yōu)統(tǒng)計(jì)模型——GEMMA,作為本研究GWAS分析的模型對(duì)葡萄果實(shí)品質(zhì)性狀進(jìn)行分析。(2)研究結(jié)果...
【文章頁數(shù)】:66 頁
【學(xué)位級(jí)別】:碩士
【文章目錄】:
摘要
abstract
第1章 前言
1.1 葡萄發(fā)育期性狀QTLs研究
1.2 骨干親本研究
1.2.1 骨干親本遺傳多樣性研究
1.2.2 骨干親本優(yōu)異染色體區(qū)段的追蹤
1.2.3 骨干親本QTL分析
1.3 關(guān)聯(lián)分析
1.3.1 關(guān)聯(lián)分析的優(yōu)勢(shì)
1.3.2 葡萄全基因組關(guān)聯(lián)分析進(jìn)展
1.3.3 GBS-GWAS研究
1.4 研究?jī)?nèi)容及目標(biāo)
第2章 材料方法
2.1 植物材料
2.2 DNA提取
2.3 ‘莎巴珍珠’衍生系研究
2.3.1 SSR標(biāo)記分析
2.3.2 SSR標(biāo)記篩選
2.4 自然群體研究
2.4.1 自然群體的表型
2.4.2 GBS測(cè)序
2.4.3 連鎖不平衡(LD)、群體結(jié)構(gòu)和聚類分析
2.4.4 全基因組關(guān)聯(lián)分析
2.5 標(biāo)記位點(diǎn)基因注釋
第3章 結(jié)果分析
3.1 ‘莎巴珍珠’衍生系研究
3.1.1 ‘莎巴珍珠’衍生系SSR分子標(biāo)記篩選
3.1.2 標(biāo)記位點(diǎn)基因注釋
3.2 自然群體的研究
3.2.1 表型分析
3.2.2 SNP標(biāo)記分析
3.2.3 遺傳結(jié)構(gòu)與連鎖不平衡
3.2.4 全基因組關(guān)聯(lián)分析
3.2.5 標(biāo)記位點(diǎn)附近區(qū)域基因注釋
第4章 討論
4.1 骨干親本及其衍生品種遺傳傳遞分析
4.2 GWAS群體和模型
4.3 果實(shí)性狀的候選基因
第5章 結(jié)論
參考文獻(xiàn)
附錄 Ⅰ179 個(gè)葡萄材料表型數(shù)據(jù)
附錄 Ⅱ ‘莎巴珍珠’衍生系SSR標(biāo)記引物表
附錄 Ⅲ 四種GWAS分析模型Q-Q圖結(jié)果
致謝
攻讀學(xué)位期間的研究成果
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]葡萄果粒形狀簡(jiǎn)化基因組關(guān)聯(lián)分析[J]. 張恒,劉眾杰,樊秀彩,張川,崔力文,劉崇懷,房經(jīng)貴. 園藝學(xué)報(bào). 2017(10)
[2]水稻骨干親本石狩白毛重要基因組位點(diǎn)在衍生品種中的傳遞[J]. 鄒德堂,王允祥,孫健,王敬國(guó),劉化龍,趙宏偉. 東北農(nóng)業(yè)大學(xué)學(xué)報(bào). 2017(02)
[3]早熟四倍體葡萄新品種‘玫香寶’的選育[J]. 唐曉萍,董志剛,李曉梅,譚偉,馬小河,趙旗峰,王敏. 果樹學(xué)報(bào). 2017(01)
[4]水果果肉中總DNA提取方法的比較研究[J]. 齊玲倩,劉秀,丁夢(mèng)璇,劉遠(yuǎn)遠(yuǎn),柯潤(rùn)輝,尹建軍. 食品研究與開發(fā). 2016(05)
[5]甘藍(lán)型油菜育種親本材料遺傳多樣性的SSR分析[J]. 何俊平,張書芬,王建平,文雁成,曹金華,蔡?hào)|芳,趙磊,朱家成. 西南農(nóng)業(yè)學(xué)報(bào). 2015(06)
[6]葡萄早熟新品種——‘慶豐’的選育[J]. 顧紅,樊秀彩,孫海生,姜建福,張穎,劉三軍,魏志峰,劉崇懷. 果樹學(xué)報(bào). 2015(05)
[7]小麥株高相關(guān)性狀與SNP標(biāo)記全基因組關(guān)聯(lián)分析[J]. 陳廣鳳,陳建省,田紀(jì)春. 作物學(xué)報(bào). 2015(10)
[8]葡萄早熟優(yōu)質(zhì)大粒芽變株系“宇選5號(hào)”選育過程及性狀初報(bào)[J]. 金聯(lián)宇. 河北林業(yè)科技. 2014(Z1)
[9]應(yīng)用SSR分子標(biāo)記分析小麥品種(系)的遺傳重組[J]. 李小軍,馮素偉,李淦,董娜,陳向東,宋杰,茹振鋼. 作物學(xué)報(bào). 2013(02)
[10]利用SSR標(biāo)記分析小麥骨干親本阿夫及衍生品種(系)的遺傳多樣性和變化趨勢(shì)[J]. 劉新倫,司清林,李琴琴,王長(zhǎng)有,王亞娟,張宏,吉萬全. 農(nóng)業(yè)生物技術(shù)學(xué)報(bào). 2012(09)
本文編號(hào):3723914
【文章頁數(shù)】:66 頁
【學(xué)位級(jí)別】:碩士
【文章目錄】:
摘要
abstract
第1章 前言
1.1 葡萄發(fā)育期性狀QTLs研究
1.2 骨干親本研究
1.2.1 骨干親本遺傳多樣性研究
1.2.2 骨干親本優(yōu)異染色體區(qū)段的追蹤
1.2.3 骨干親本QTL分析
1.3 關(guān)聯(lián)分析
1.3.1 關(guān)聯(lián)分析的優(yōu)勢(shì)
1.3.2 葡萄全基因組關(guān)聯(lián)分析進(jìn)展
1.3.3 GBS-GWAS研究
1.4 研究?jī)?nèi)容及目標(biāo)
第2章 材料方法
2.1 植物材料
2.2 DNA提取
2.3 ‘莎巴珍珠’衍生系研究
2.3.1 SSR標(biāo)記分析
2.3.2 SSR標(biāo)記篩選
2.4 自然群體研究
2.4.1 自然群體的表型
2.4.2 GBS測(cè)序
2.4.3 連鎖不平衡(LD)、群體結(jié)構(gòu)和聚類分析
2.4.4 全基因組關(guān)聯(lián)分析
2.5 標(biāo)記位點(diǎn)基因注釋
第3章 結(jié)果分析
3.1 ‘莎巴珍珠’衍生系研究
3.1.1 ‘莎巴珍珠’衍生系SSR分子標(biāo)記篩選
3.1.2 標(biāo)記位點(diǎn)基因注釋
3.2 自然群體的研究
3.2.1 表型分析
3.2.2 SNP標(biāo)記分析
3.2.3 遺傳結(jié)構(gòu)與連鎖不平衡
3.2.4 全基因組關(guān)聯(lián)分析
3.2.5 標(biāo)記位點(diǎn)附近區(qū)域基因注釋
第4章 討論
4.1 骨干親本及其衍生品種遺傳傳遞分析
4.2 GWAS群體和模型
4.3 果實(shí)性狀的候選基因
第5章 結(jié)論
參考文獻(xiàn)
附錄 Ⅰ179 個(gè)葡萄材料表型數(shù)據(jù)
附錄 Ⅱ ‘莎巴珍珠’衍生系SSR標(biāo)記引物表
附錄 Ⅲ 四種GWAS分析模型Q-Q圖結(jié)果
致謝
攻讀學(xué)位期間的研究成果
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]葡萄果粒形狀簡(jiǎn)化基因組關(guān)聯(lián)分析[J]. 張恒,劉眾杰,樊秀彩,張川,崔力文,劉崇懷,房經(jīng)貴. 園藝學(xué)報(bào). 2017(10)
[2]水稻骨干親本石狩白毛重要基因組位點(diǎn)在衍生品種中的傳遞[J]. 鄒德堂,王允祥,孫健,王敬國(guó),劉化龍,趙宏偉. 東北農(nóng)業(yè)大學(xué)學(xué)報(bào). 2017(02)
[3]早熟四倍體葡萄新品種‘玫香寶’的選育[J]. 唐曉萍,董志剛,李曉梅,譚偉,馬小河,趙旗峰,王敏. 果樹學(xué)報(bào). 2017(01)
[4]水果果肉中總DNA提取方法的比較研究[J]. 齊玲倩,劉秀,丁夢(mèng)璇,劉遠(yuǎn)遠(yuǎn),柯潤(rùn)輝,尹建軍. 食品研究與開發(fā). 2016(05)
[5]甘藍(lán)型油菜育種親本材料遺傳多樣性的SSR分析[J]. 何俊平,張書芬,王建平,文雁成,曹金華,蔡?hào)|芳,趙磊,朱家成. 西南農(nóng)業(yè)學(xué)報(bào). 2015(06)
[6]葡萄早熟新品種——‘慶豐’的選育[J]. 顧紅,樊秀彩,孫海生,姜建福,張穎,劉三軍,魏志峰,劉崇懷. 果樹學(xué)報(bào). 2015(05)
[7]小麥株高相關(guān)性狀與SNP標(biāo)記全基因組關(guān)聯(lián)分析[J]. 陳廣鳳,陳建省,田紀(jì)春. 作物學(xué)報(bào). 2015(10)
[8]葡萄早熟優(yōu)質(zhì)大粒芽變株系“宇選5號(hào)”選育過程及性狀初報(bào)[J]. 金聯(lián)宇. 河北林業(yè)科技. 2014(Z1)
[9]應(yīng)用SSR分子標(biāo)記分析小麥品種(系)的遺傳重組[J]. 李小軍,馮素偉,李淦,董娜,陳向東,宋杰,茹振鋼. 作物學(xué)報(bào). 2013(02)
[10]利用SSR標(biāo)記分析小麥骨干親本阿夫及衍生品種(系)的遺傳多樣性和變化趨勢(shì)[J]. 劉新倫,司清林,李琴琴,王長(zhǎng)有,王亞娟,張宏,吉萬全. 農(nóng)業(yè)生物技術(shù)學(xué)報(bào). 2012(09)
本文編號(hào):3723914
本文鏈接:http://www.sikaile.net/nykjlw/yylw/3723914.html
最近更新
教材專著