菊芋（Helianthus Tuberosus L.）又稱洋姜、鬼子姜,其塊莖富含果聚糖等營養(yǎng)物質(zhì)。通常菊芋塊莖表皮呈白色,而有些品種表皮花青素含量聚集產(chǎn)生有色表型。其中高花青素含量不僅有利于菊芋提高抗逆性能,同時也是一種特殊的分子遺傳標(biāo)記。目前,調(diào)控菊芋塊莖表皮花青素生物合成關(guān)鍵基因未見報道,相關(guān)分子機(jī)制尚不明確。本研究選用QY1（紫色表皮）和QY3（白色表皮）菊芋品種為材料,利用RNA-seq技術(shù)比較分析紫皮菊芋和白皮菊芋表皮中所有轉(zhuǎn)錄本的表達(dá)差異,篩選出控制紫色表皮性狀的候選基因,并進(jìn)行分離克隆及功能驗證,為解析菊芋有色表皮性狀奠定可靠的分子遺傳基礎(chǔ)。主要研究結(jié)果如下:（1）RNA-seq技術(shù)對紫皮菊芋（QY1）和白皮菊芋（QY3）的表皮進(jìn)行測序。對測序得到的Clean data和Raw data進(jìn)行組裝拼接,三次重復(fù)后共獲得50.04GB原始數(shù)據(jù)以及333.72Mb的讀數(shù),拼接得到197769個Unigenes,平均長度1140bp,共注釋到164780個單基因。55354個Unigenes在白、紫皮菊芋中差異表達(dá),其中28113個Unigenes在紫色表皮中表達(dá)量上調(diào),272... 

【文章來源】：青海大學(xué)青海省 211工程院校

【文章頁數(shù)】：87 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【部分圖文】：

花青素的結(jié)構(gòu)

技術(shù)路線

青海大學(xué)碩士學(xué)位論文第2章轉(zhuǎn)錄組測序分析菊芋塊莖表皮花青素合成主效基因13續(xù)表2.1QY1QY3MeanLength877.67908.33GC(%)41.2540.93利用Trinity[99]軟件生成1140110個Contigs，進(jìn)一步組裝得到197769個Unigenes，所有Unigenes平均長度為893nt，n50長度為1327nt（圖2.1）。圖2.1菊芋表皮Unigenes長度分布Figure2.1DistributionofUnigeneslengthinJerusalemartichokepeel2.3.2蛋白注釋與物種分布將Unigenes通過Nr、Nt、Swissprot、KEGG、KOG、Interpro、GO、Intersection等蛋白數(shù)據(jù)庫進(jìn)行蛋白質(zhì)預(yù)測，分別預(yù)測到135623、156164、86140、93090、90093、80626、28732、14792個蛋白，共注釋了164780個蛋白，占197769個Unigenes的83.32%（表2.2）。表2.2Unigenens功能注釋統(tǒng)計表Table2.2SummarystatisticsoffunctionalannotationforUnigenes.ValuesTotalNrNtSwissprotKEGGKOGGOOverallNumber197,769135,623156,16486,14093,09090,09328,732164,780Percentage100%68.58%78.96%43.56%47.07%45.55%14.53%83.32%

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
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博士論文
[1]不同環(huán)境因子調(diào)控茶樹紫色芽葉形成的分子機(jī)制研究[D]. 李智.山東農(nóng)業(yè)大學(xué) 2014
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碩士論文
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本文編號：3588921