發(fā)布時間：2021-02-03 13:48

　　隨著組學技術和生物信息方法的進步,植物基因組學研究取得了快速的發(fā)展。柑橘作為最重要的果樹作物之一,基因組學平臺不斷完善。在此基礎上,對控制重要性狀基因的遺傳定位、基因發(fā)掘和變異機制研究已成為柑橘領域的研究熱點。本研究對代表原始、野生和栽培柑橘進行比較基因組學和群體基因組學分析,解析了柑橘進化過程中的選擇和變異。綜合使用對遺傳群體的集群分離分析法測序（BSA-seq）和自然群體局部區(qū)域關聯(lián)分析方法,對控制柑橘珠心多胚位點進行了遺傳定位,通過繼代保存的夏橙愈傷材料間的比較,解析了離體無性系變異對體細胞胚胎發(fā)生能力的影響。對琯溪蜜柚色澤芽變材料使用基因組、轉(zhuǎn)錄組整合分析,進行柑橘色澤芽變特點和規(guī)律的研究。主要研究結(jié)果如下:1.原始、野生和栽培柑橘的比較基因組和群體基因組分析（1）本實驗室在此課題前已完成了酒餅簕、宜昌橙、枸櫞和柚四個柑橘基因組的從頭組裝和注釋,再結(jié)合已發(fā)表的甜橙和克里曼丁橘兩個基因組,用于柑橘比較基因組分析。酒餅簕屬于原始柑橘,此外的五個柑橘屬于真正柑橘組。其中,宜昌橙是野生柑橘,枸櫞、柚、甜橙和克里曼丁橘都是現(xiàn)代栽培柑橘。通過基因組序列比較發(fā)現(xiàn)真正柑橘組的柑橘物種的基因組大... 

【文章來源】：華中農(nóng)業(yè)大學湖北省 211工程院校 教育部直屬院校

【文章頁數(shù)】：143 頁

【學位級別】：博士

【部分圖文】：

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圖 2-1 原始、野生和栽培柑橘的系統(tǒng)發(fā)生、基因組、果實和種子。(a) 柑橘亞族系統(tǒng)發(fā)生和基因組。星號表示本實驗室從頭組裝的基因組，圓圈表示已發(fā)表的基因組。紫色表示原始柑橘，綠色表示野生柑橘，棕色表示柑橘中的三個基本種。(b) 原始、野生和栽培柑橘的果實和種子的差異。Fig. 2-1 Phylogeny, genomes, fruits and seeds of primitive, wild and cultivated citrus. (a)

圖 2-3 柚相對酒餅簕基因組中特異區(qū)段中的基因的 GO 富集分析。（a）生物學過程水平富集的 GO 類別。（b）分子功能水平富集的 GO 類別。Fig. 2-3 The Gene Ontology enrichment analysis for genes in the unique regions in pummelorsus atalantia. (a) The over-represented GO terms for biological process. (b) The over-representedGO terms for molecular function.通過基因組序列比較和重測序數(shù)據(jù)過濾篩選，檢測出高置信度的 SNV。將酒餅

【參考文獻】：
期刊論文
[1]枳砧紅綿蜜柚嫁接黃化苗的光合特性及其CgSGR基因克隆與表達分析[J]. 何文,王燕,陳清,徐世榮,湯浩茹,潘東明,王小蓉.  西北植物學報. 2018(05)
[2]常綠果樹體細胞胚胎發(fā)生體系研究進展[J]. 司園園,李娟,羅小燕,劉振,陳杰忠,趙春香,張登杰.  熱帶作物學報. 2018(03)
[3]三紅蜜柚體細胞胚胎的誘導[J]. 林亮亮.  浙江農(nóng)業(yè)科學. 2018(02)
[4]利用SSR、SRAP分子標記鑒定桃早熟芽變[J]. 馮濤,劉娟,華夏雪.  江蘇農(nóng)業(yè)科學. 2017(06)
[5]江蘇淮北地區(qū)小麥品種資源籽粒硬度基因等位變異的KASP檢測[J]. 楊子博,顧正中,周羊梅,王安邦,高平中,熊正海,劉暢,蔣學祥,沈業(yè)松.  麥類作物學報. 2017(02)
[6]基于高通量測序的植物群體基因組學研究進展[J]. 王云生.  遺傳. 2016(08)
[7]三紅蜜柚生物學特性及栽培技術[J]. 曾蔚,劉國輝.  現(xiàn)代農(nóng)業(yè)科技. 2016(09)
[8]蜜柚不同砧穗組合苗期嫁接親和性評價[J]. 龔艷箐,祁有恒,伏曉科,楊芮,陳濤,湯浩茹,王小蓉.  熱帶亞熱帶植物學報. 2016(03)
[9]植物關聯(lián)分析方法的研究進展[J]. 馮建英,溫陽俊,張瑾,章元明.  作物學報. 2016(07)
[10]紅肉蜜柚果實品質(zhì)評價及遺傳鑒定[J]. 朱東煌.  東南園藝. 2015(06)

博士論文
[1]柑橘胚胎發(fā)生過程中DNA甲基化/去甲基化研究及SSR標記開發(fā)[D]. 孟海軍.華中農(nóng)業(yè)大學 2006
[2]柑橘體細胞胞質(zhì)遺傳及葉綠體SSR引物開發(fā)研究[D]. 程運江.華中農(nóng)業(yè)大學 2004
[3]用分子標記研究柑橘屬及其近緣屬植物的親緣關系和枳的遺傳多樣性[D]. 龐曉明.華中農(nóng)業(yè)大學 2002
[4]柑桔和蘋果等果樹種質(zhì)資源的離體保存及其遺傳變異[D]. 郝玉金.華中農(nóng)業(yè)大學 2000

碩士論文
[1]玉米體細胞胚胎發(fā)生的轉(zhuǎn)錄組分析及相關基因克隆[D]. 丁美琪.吉林大學 2017
[2]長期繼代的柑橘愈傷組織中轉(zhuǎn)座子激活研究[D]. 許海丹.華中農(nóng)業(yè)大學 2016
[3]琯溪蜜柚色澤突變體類胡蘿卜素代謝特征分析[D]. 張亞卿.華中農(nóng)業(yè)大學 2013
[4]‘紅肉蜜柚’與‘紅綿蜜柚’汁胞差異蛋白質(zhì)組學研究[D]. 伍洋.福建農(nóng)林大學 2013



本文編號：3016612