藍(lán)莓種質(zhì)資源的DNA條形碼及表型多樣性研究
發(fā)布時(shí)間:2020-10-09 06:05
藍(lán)莓是杜鵑花科(Ericaceae)越橘屬(Vaccinium)多年生木本植物,具有極高的營(yíng)養(yǎng)價(jià)值。本研究運(yùn)用DNA條形碼技術(shù)及表型性狀多樣性對(duì)藍(lán)莓種質(zhì)資源進(jìn)行綜合分析,探究不同品種間的遺傳分化狀況及遺傳多樣性。對(duì)部分品種的8個(gè)條形碼片段(rpoB、psbA-trnH、ycf5、rbcL、rpoC、matK、ITS、ITS2)進(jìn)行擴(kuò)增與測(cè)序,分析擴(kuò)增效率及測(cè)序成功率、品種間和品種內(nèi)遺傳距離、barcoding gap、并對(duì)遺傳距離計(jì)算結(jié)果進(jìn)行Willcoxon檢驗(yàn),利用NJ樹(shù)法對(duì)各藍(lán)莓品種進(jìn)行聚類分析。對(duì)藍(lán)莓不同品種的表型性狀進(jìn)行整理,結(jié)合聚類分析、相關(guān)分析、主成分分析、香農(nóng)-維納多樣性指數(shù)等分析方法及指標(biāo)對(duì)表型遺傳多樣性研究。主要結(jié)論如下:(1)在8個(gè)DNA條形碼中,條形碼ITS與ycf5在所有藍(lán)莓樣本中均無(wú)擴(kuò)增產(chǎn)物。除matK序列擴(kuò)增成功率(96.30%)、測(cè)序成功率(99.04%)相對(duì)較低外,其它5個(gè)條形碼擴(kuò)增與測(cè)序成功率均為100%。各條形碼的變異位點(diǎn)數(shù)依次為:ITS2(11個(gè))matK(4個(gè))rbcL(3個(gè))psbA-trnH(2個(gè))rpoC(1個(gè))rpoB(0個(gè))。各藍(lán)莓品種的品種內(nèi)、品種間遺傳距離較小,介于0.00016-0.00258之間,且品種間遺傳距離大于品種內(nèi)。(2)Barcoding gap分析結(jié)果顯示,各條形碼均未形成明顯的間隔區(qū),但從分布情況看,ITS2、psbA-trnH、matK 3個(gè)條形碼有偏向兩端分布的趨勢(shì),尤其是ITS2。Wilcoxon檢驗(yàn)顯示,條形碼ITS2、psbA-trnH品種間變異較大,條形碼psbA-trnH品種內(nèi)的變異較大。聚類分析結(jié)果表明,條形碼psbA-trnH和rpoC可將藍(lán)莓品種分為2個(gè)類群,條形碼rbcL和matK將藍(lán)莓劃分為3個(gè)類群,條形碼ITS2將藍(lán)莓分為4個(gè)類群。利用條形碼組合可提高藍(lán)莓品種鑒定率,其中ITS2+matK+rpoC+rbcL鑒定成功率最高為20%。(3)主成分分析表明,前4個(gè)主成分方差累計(jì)貢獻(xiàn)率53.477%,其中特征根值大于0.5的有25個(gè)性狀,占調(diào)查指標(biāo)的67.57%,包含樹(shù)形因子、葉形因子、果實(shí)因子,能夠代表藍(lán)莓的表型特征。15個(gè)質(zhì)量性狀,包含55個(gè)變異類型,平均變異類型3.4個(gè),香濃維納指數(shù)在0.32~1.36之間,平均為0.87;22個(gè)數(shù)量性狀中,各性狀間相關(guān)性有差異,或呈正相關(guān),或呈負(fù)相關(guān),變異系數(shù)在4.77%~47.37%之間,單果重量表現(xiàn)出最大的變異,果型指數(shù)表現(xiàn)出最小的變異,香濃維納指數(shù)在0.22~2.06之間,平均為1.80。(4)根據(jù)相關(guān)分析、主成分分析、R型聚類分析結(jié)果,對(duì)37個(gè)測(cè)試性狀進(jìn)行降維處理,最終篩選出25個(gè)遺傳信息豐富的性狀,并做Q型聚類。結(jié)果表明當(dāng)歐式距離Ll=17時(shí),將所有品種劃分為5個(gè)類群,發(fā)現(xiàn)其聚類結(jié)果與栽培生境和栽培類群有相關(guān)性。
【學(xué)位單位】:北華大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】:碩士
【學(xué)位年份】:2019
【中圖分類】:S663.9
【部分圖文】:
但從分布情況看有偏向兩端的趨勢(shì),因此,這些條形碼相對(duì)較適于藍(lán)莓品種的鑒別(見(jiàn)圖2.1)。圖 2.1 藍(lán)莓品種間、品種內(nèi)變異的 Barcoding gapA: ITS2; B: psbA-trnH; C: rbcL; D: rpoC; E: matKFigure.2.1 Barcoding gap analysis of among or within varieties of Blueberry
21續(xù)圖 2.2-2 基于不同條形碼對(duì) 40 個(gè)藍(lán)莓品種構(gòu)建 NJ 樹(shù)Continue Fig.2.2-2 Neighbor-joining(NJ)tree for 44 varieties of blueberry byusing different sequences2.3.7 條形碼組合系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)分析應(yīng)用條形碼組合提高 DNA 條形碼對(duì)藍(lán)莓品種鑒別能力。對(duì)不同條形碼組合進(jìn)行同質(zhì)性檢驗(yàn),結(jié)果表明最佳的條形碼組合為 ITS2+matK+rpoC+rbcL,其檢驗(yàn)P=0.08(>0.05),說(shuō)明該組合適合建樹(shù)與分析(圖 3)。此條形碼組合可將 40
越桔37個(gè)性狀指標(biāo)的R型聚類分析
【學(xué)位單位】:北華大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】:碩士
【學(xué)位年份】:2019
【中圖分類】:S663.9
【部分圖文】:
但從分布情況看有偏向兩端的趨勢(shì),因此,這些條形碼相對(duì)較適于藍(lán)莓品種的鑒別(見(jiàn)圖2.1)。圖 2.1 藍(lán)莓品種間、品種內(nèi)變異的 Barcoding gapA: ITS2; B: psbA-trnH; C: rbcL; D: rpoC; E: matKFigure.2.1 Barcoding gap analysis of among or within varieties of Blueberry
21續(xù)圖 2.2-2 基于不同條形碼對(duì) 40 個(gè)藍(lán)莓品種構(gòu)建 NJ 樹(shù)Continue Fig.2.2-2 Neighbor-joining(NJ)tree for 44 varieties of blueberry byusing different sequences2.3.7 條形碼組合系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)分析應(yīng)用條形碼組合提高 DNA 條形碼對(duì)藍(lán)莓品種鑒別能力。對(duì)不同條形碼組合進(jìn)行同質(zhì)性檢驗(yàn),結(jié)果表明最佳的條形碼組合為 ITS2+matK+rpoC+rbcL,其檢驗(yàn)P=0.08(>0.05),說(shuō)明該組合適合建樹(shù)與分析(圖 3)。此條形碼組合可將 40
越桔37個(gè)性狀指標(biāo)的R型聚類分析
【參考文獻(xiàn)】
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1 劉翼翔;吳永沛;劉光明;曹敏杰;呂業(yè)春;籍保平;;野生藍(lán)莓酚酸成分鑒定及其清除細(xì)胞內(nèi)自由基活性研究[J];中國(guó)食品學(xué)報(bào);2015年12期
2 高健;孟婉Y
本文編號(hào):2833321
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