【目的】挖掘七彩神仙魚(Symphysodon haraldi)腦組織性別差異基因,為揭示腦組織性別相關(guān)基因調(diào)控繁殖生理機制打下基礎(chǔ)。【方法】利用Illumina HiSeq 6000測序平臺對七彩神仙魚雌、雄腦組織樣本進行轉(zhuǎn)錄組測序分析,經(jīng)過濾和Trinity組裝獲得基因,采用DIAMOND進行功能注釋;并選取NR、GO、KEGG、Pfam、Swiss-Prot和eggNOG等數(shù)據(jù)庫進行比對,篩選出差異表達候選基因;隨機選取6個差異表達基因進行實時熒光定量PCR驗證。【結(jié)果】從構(gòu)建的七彩神仙魚腦組織cDNA文庫測序獲得337190200條原始數(shù)據(jù)(Raw reads),經(jīng)質(zhì)量篩選后獲得34109個基因(平均長度1007.00 bp)和67488個轉(zhuǎn)錄本(平均長度694.00 bp)。經(jīng)生物信息學分析方法篩選,最終獲得85個差異表達基因(61個在雄魚腦組織中高表達,24個在雌魚腦組織中高表達),包括黑色素濃集激素(MCH)、催乳素釋放激素(Prlh)、垂體同源結(jié)構(gòu)域轉(zhuǎn)錄因子2(pitx2)、免疫球蛋白家族成員(DSCAM和IGDCC3)、溶質(zhì)載體(UNC93B1)及醛糖還原酶(AKR1...

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圖1七彩神仙魚轉(zhuǎn)錄組測序獲得基因在GO數(shù)據(jù)庫中的功能注釋結(jié)果

2.2七彩神仙魚雌、雄魚腦組織間的差異表達基因圖2七彩神仙魚轉(zhuǎn)錄組測序獲得基因的KEGG信號通路富集分析結(jié)果

圖2七彩神仙魚轉(zhuǎn)錄組測序獲得基因的KEGG信號通路富集分析結(jié)果

圖1七彩神仙魚轉(zhuǎn)錄組測序獲得基因在GO數(shù)據(jù)庫中的功能注釋結(jié)果依據(jù)雌、雄魚腦組織表達量差異倍數(shù)（log2絕對值）≥1且P≤0.05的標準，篩選七彩神仙魚雌、雄魚腦組織間的差異表達基因，結(jié)果獲得85個差異表達基因。85個差異表達基因在6個樣品中的具體表達情況詳見圖3。與雌魚相比，有....

圖3七彩神仙魚雌、雄魚腦組織間差異表達基因的聚類熱圖

隨機選取6個差異表達基因（Prlh、pitx2、MCH、LMX1A、KBP和CRP），采用實時熒光定量PCR檢測其在七彩神仙魚雌、雄魚腦組織中的表達情況，結(jié)果（圖4）顯示，Prlh、pitx2、MCH、LMX1A和KBP基因在雌魚腦組織中的相對表達量較高，而CRP基因在雄魚腦組織....

圖4部分差異表達基因的實時熒光定量PCR驗證結(jié)果

在七彩神仙魚雄魚腦組織中也存在一些高表達的差異表達基因，包括DSCAM、IGDCC3、UNC93B1、AKR1B1和Nid1等基因。DSCAM是細胞答黏附分子（Ig-CAM）免疫球蛋白家族的成員之一，在果蠅、小鼠及人類的神經(jīng)系統(tǒng)中廣泛表達，具有較高的表達水平，可能在神經(jīng)系統(tǒng)的發(fā)育....

本文編號：3965695