南方擬微衛(wèi)星標(biāo)記篩選及遺傳多樣性分析
發(fā)布時間:2024-04-16 02:44
南方擬■是一種分布于長江以南各水系的小型經(jīng)濟(jì)魚類,目前僅有野生資源。為查明珠江流域其群體遺傳結(jié)構(gòu)現(xiàn)狀,試驗采用RAD-Seq技術(shù)篩選出36個多態(tài)性微衛(wèi)星標(biāo)記,其中29個為高度多態(tài)性(多態(tài)信息含量>0.50)位點(diǎn),6個為中度多態(tài)性(0.25<多態(tài)信息含量<0.50)位點(diǎn)和1個為低度多態(tài)性(多態(tài)信息含量<0.25)位點(diǎn)。選取6個高度多態(tài)性位點(diǎn)研究珠江流域的北江、桂江、都柳江、融江、左江、右江、黔江及郁江8個江段南方擬■群體的遺傳多樣性和種群分化情況,結(jié)果顯示,共檢測到98.17個等位基因,平均等位基因數(shù)、有效等位基因數(shù)、觀測雜合度、期望雜合度、香農(nóng)指數(shù)和多態(tài)信息含量值分別12.2713、6.0575、0.5389、0.7679、1.8974和0.7379,表明珠江流域南方擬■的遺傳多樣性豐富。6個微衛(wèi)星位點(diǎn)在8個群體中檢測結(jié)果顯示,平均群體間分化系數(shù)為0.1028,表明10.28%的遺傳變異來自于群體間,89.72%的遺傳變異來自于群體內(nèi),屬于中等分化水平;平均群體內(nèi)近交系數(shù)為0.2987,表明群體內(nèi)雜合子缺失嚴(yán)重;基因流為1.0075~4.7308,說明群體間的基...
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本文編號:3956324
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圖1珠江流域8個南方擬群體采樣位點(diǎn)
表1試驗樣品采集信息Tab.1Informationonsamplesintheexperiment采集江段River樣本數(shù)量Sample編號Number北江BJ40BJ01-40桂江GJ39GJ01-39都柳江DLJ40DLJ01-4....
圖2位點(diǎn)NC78毛細(xì)血管電泳分型結(jié)果
36個微衛(wèi)星分子標(biāo)記在南方擬群體中共檢測到2701個擴(kuò)增片段,獲得的微衛(wèi)星擴(kuò)增片段長度為136~363bp,平均為222bp。擴(kuò)增片段主要集中在200~300bp,占比67.57%,其次是在100~200bp,占比29.43%,擴(kuò)增片段大小集中在300bp以內(nèi)的占97%....
圖3微衛(wèi)星片段的頻率分布
微衛(wèi)星位點(diǎn)的遺傳多樣性參數(shù)分析結(jié)果顯示,等位基因數(shù)為3~31,總計374,平均等位基因數(shù)為10.4,NC71和NC76等位基因數(shù)最少,僅有3個等位基因,等位基因數(shù)最多的是NC74,為31,其次是NC57,等位基因數(shù)為23;有效等位基因數(shù)最小的是NC76,其有效等位基因數(shù)為1.2....
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