為了比較不同養(yǎng)殖環(huán)境下羅非魚腸道菌群結構和相對豐度變化規(guī)律,選取稻田和池塘兩種養(yǎng)殖環(huán)境下的羅非魚為研究對象,定期測定實驗期間的水質指標(溶氧、水溫、pH值和氨氮),取養(yǎng)殖202d的羅非魚,通過16SrRNA高通量測序檢測其腸道微生物,并分析不同養(yǎng)殖環(huán)境下羅非魚腸道菌群的變化規(guī)律。實驗結果表明,養(yǎng)殖水質參數(shù)均在正常范圍內,但不同養(yǎng)殖環(huán)境的水質參數(shù)存在差異,可能會導致羅非魚腸道微生物的結構組成和多樣性發(fā)生變化。在兩種不同養(yǎng)殖環(huán)境下,梭桿菌門(Fusobacteria)、厚壁菌門(Firmicutes)和變形菌門(Proteobacteria)3個菌群相對豐度均較高。藍菌門(Cyanobacteria)、擬桿菌門(Bacteroidetes)和放線菌門(Actinobacteria)物種豐富度存在顯著性差異,其中藍菌門在稻田組的羅非魚腸道菌群中所占比例高于池塘組,而擬桿菌門和放線菌門在池塘組的羅非魚腸道菌群中所占比例高于稻田組;在屬水平下,Cetobacterium,Paeniclostrdium和Romboutsia等菌屬在稻田組羅非魚腸道菌群相對豐度較高,池塘組羅非魚腸道菌群相對豐度較高...

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【文章目錄】：
0 引言
1 材料與方法
    1.1 實驗動物及養(yǎng)殖
    1.2 取樣方法
    1.3 PCR擴增及基因文庫構建
        1.3.1 基因組DNA的提取和PCR擴增
        1.3.2 PCR產物的混樣和純化
        1.3.3 基因文庫構建
    1.4 測序分析
        1.4.1 數(shù)據(jù)處理
        1.4.2 OUTs聚類和物種注釋
2 結果與分析
    2.1 水質變化情況
    2.2 腸道菌群α多樣性分析結果
    2.3 腸道菌群結構
        2.3.1 門水平下的腸道菌群結構
        2.3.2 屬水平下的腸道菌群結構
3 討論
    3.1 水質參數(shù)的影響
    3.2 腸道菌群結構



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