利用Roche454GS FLX高通量測序技術，進行鈍吻黃蓋鰈微衛(wèi)星位點篩選，獲得了51486條高質(zhì)量序列，利用MISA進行SSR位點的搜索，共得到5641個微衛(wèi)星位點。采用聚類分析的方法對得到的5641個微衛(wèi)星位點進行類比分析，得到247種多態(tài)性位點，其中完美型占52.22%，非完美型占20.24%，復合型占27.54%，（AC）n、（AG）n兩堿基重復類型的比例是44%，重復次數(shù)在10次以上的占總數(shù)的87.5%。隨機選取11個位點的微衛(wèi)星引物，采用5個野生個體，利用熒光標記和毛細管電泳進行多樣性評價，4個位點偏離Hardy-Weinberg，不同位點得到的等位基因范圍為3⁸，平均等位基因數(shù)目為5。平均觀望雜合度（Ho）、平均期望雜合度（He）以及平均多態(tài)性信息含量（PIC）分別是0.5882、0.7882和0.67。本研究結果不僅表明454GS FLX提供了一種直觀、高效開發(fā)微衛(wèi)星的方法，同時開發(fā)的微衛(wèi)星位點將為鈍吻黃蓋鰈種群多樣性研究、家系識別和種質(zhì)鑒定提供有效的工具。利用17對微衛(wèi)星熒光引物（FAM, HEX, or TAM）分析了來自北朝鮮近海鈍吻黃蓋鰈... 

【文章來源】：上海海洋大學上海市

【文章頁數(shù)】：59 頁

【學位級別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
ABSTRACT
第一章 引言
    1.1 鈍吻黃蓋鰈研究綜述
        1.1.1 鈍吻黃蓋鰈形態(tài)特征
        1.1.2 鈍吻黃蓋鰈生活習性
        1.1.3 鈍吻黃蓋鰈分布概況
        1.1.4 鈍吻黃蓋鰈繁殖和養(yǎng)殖概況
        1.1.5 鈍吻黃蓋鰈研究進展
    1.2 新一代測序技術發(fā)展狀況
        1.2.1 新一代測序技術的特點
        1.2.2 新一代高通量測序技術
        1.2.3 新一代測序技術動植物研究中的應用
    1.3 分子標記
        1.3.1 分子標記的定義、分類及應用
        1.3.2 微衛(wèi)星（SSR）分子標記
        1.3.3 微衛(wèi)星（SSR）分子標記的應用
            1.3.3.1 基因組連鎖圖構建
            1.3.3.2 系譜認證
            1.3.3.3 遺傳多樣性分析
    1.4 微衛(wèi)星的開發(fā)方法
        1.4.1 構建小片段基因組文庫
        1.4.2 通過數(shù)據(jù)庫檢索微衛(wèi)星序列
        1.4.3 利用近緣種的微衛(wèi)星序列
        1.4.4 構建微衛(wèi)星 DNA 富集文庫篩選微衛(wèi)星標記
        1.4.5 Roche 454 開發(fā)方法
    1.5 研究的目的及意義
第二章 基于 Roche 454 GS FLX 的鈍吻黃蓋鰈微衛(wèi)星標記的開發(fā)
    2.1 材料與方法
        2.1.1 樣品來源
        2.1.2 主要試劑和耗材
        2.1.3 鈍吻黃蓋鰈基于 Roche454 GS FLX 微衛(wèi)星富集文庫的構建
            2.1.3.1 DNA 的提取，片段化和連接
            2.1.3.2 SSR 探針的合成，文庫變性
            2.1.3.3 SSR 文庫磁珠富集、清洗及洗脫
            2.1.3.4 SSR 富集及純化
            2.1.3.5 Roche 上機
            2.1.3.6 數(shù)據(jù)分析
            2.3.1.7 多態(tài)性檢測
    2.2 結果
        2.2.1 高通量測序結果
        2.2.2 微衛(wèi)星位點片段分布大小的總體情況
        2.2.3 毛細管電泳熒光標記檢測
        2.2.4 位點多態(tài)性檢測
    2.3 討論
        2.3.1 探針的選擇
        2.3.2 聚類分析
        2.3.3 Roche454 開發(fā)微衛(wèi)星位點的優(yōu)勢
第三章 鈍吻黃蓋鰈野生和養(yǎng)殖群體的遺傳多樣性分析
    3.1 材料與方法
        3.1.1 樣品來源
        3.1.2 主要試劑和耗材
        3.1.3 鈍吻黃蓋鰈微衛(wèi)星位點的合成與擴增
        3.1.4 數(shù)據(jù)分析
    3.2 結果
        3.2.1 DNA 的提取純化及濃度測定
        3.2.2 微衛(wèi)星位點基因分型
        3.2.3 野生和養(yǎng)殖群體的遺傳多樣性
    3.3 討論
        3.3.1 鈍吻黃蓋鰈野生和養(yǎng)殖群體的遺傳多樣性
        3.3.2 哈溫平衡
        3.3.3 群體遺傳結構
        3.3.4 熒光標記毛細管電泳技術
第四章 鈍吻黃蓋鰈微衛(wèi)星位點在近緣物種的通用性研究
    4.1 材料與方法
        4.1.1 樣品來源及 DNA 提取
        4.1.2 試驗方法
        4.1.3 鈍吻黃蓋鰈微衛(wèi)星位點的跨種篩選與多樣性檢測
        4.1.4 數(shù)據(jù)分析
    4.2 結果
        4.2.1 DNA 的提取純化及濃度測定
        4.2.2 鈍吻黃蓋鰈微衛(wèi)星位點對其它物種的通用性
        4.2.3 群體遺傳多樣性
    4.3 討論
第五章 結論
參考文獻
附錄
致謝
發(fā)表學術論文


【參考文獻】：
期刊論文
[1]5個紅鰭東方鲀養(yǎng)殖群體微衛(wèi)星DNA遺傳多態(tài)性分析[J]. 陸麗君,馬愛軍,王新安,岳亮,孟雪松,翟介明,譚林濤,侯仕營.  漁業(yè)科學進展. 2013(04)
[2]利用微衛(wèi)星DNA分子標記分析中華絨螯蟹養(yǎng)殖群體遺傳分化[J]. 熊良偉,李真,馬克異,邱高峰.  農(nóng)業(yè)生物技術學報. 2012(12)
[3]基于高通量測序的紅豆杉EST-SSRs標記研究[J]. 吳瓊,段小群,陳旭,肖培根.  中國中藥雜志. 2012(24)
[4]扁吻魚微衛(wèi)星的篩選及群體多樣性分析[J]. 郝卓然,梁利群,常玉梅,唐然,李世國,任波.  水產(chǎn)學雜志. 2012(03)
[5]半滑舌鰨生長相關基因的微衛(wèi)星及其在種群遺傳結構分析中的應用[J]. 馬騫,林琳,柳淑芳,鐘聲平,莊志猛,蘇永全,唐啟升.  漁業(yè)科學進展. 2012(04)
[6]Genetic diversity and differentiation of masu salmon（Oncorhynchus masou masou） between and within cultured populations inferred from microsatellite DNA analysis[J]. Zhiying JIA1,Yuyong ZHANG1,Shuqiang CHEN1,2,Lianyu SHI1,1.Heilongjiang River Fisheries Research Institute,Chinese Academy of Fishery Sciences,Harbin 150070,China;2.College of Fisheries and Life Science,Shanghai Ocean University,Shanghai 201306,China.  動物學研究. 2012(04)
[7]大口黑鱸微衛(wèi)星DNA指紋圖譜的構建和遺傳結構分析[J]. 樊佳佳,白俊杰,李勝杰,任坤,葉星.  水生生物學報. 2012(04)
[8]大黃魚群體遺傳多樣性的微衛(wèi)星DNA分析[J]. 林能鋒,蘇永全,丁少雄,王軍.  福建農(nóng)業(yè)學報. 2012(07)
[9]Isolation and characterization of polymorphic microsatellite loci in large yellow croaker, Larimichthys crocea[J]. YE Hua 1,2 , REN Peng 2 , ZHAO Guangtai 2 , YUE Genhua 3 , WANG Zhiyong 2 1 Fisheries Breeding and Healthy Cultivation Research Centre, Southwest University, Chongqing 402460, China 2 Key Laboratory of Healthy Mariculture for the East China Sea, Ministry of Agriculture of the P.R.C., Jimei University, Xiamen 361021, China 3 Molecular Population Genetics Group, Temasek Life Sciences Laboratory, 117604 Singapore.  Acta Oceanologica Sinica. 2012(04)
[10]廣東沿海雜色鮑養(yǎng)殖群體遺傳多樣性的微衛(wèi)星分析[J]. 許新,王江勇,姜敬哲,區(qū)又君.  海洋科學進展. 2012(02)

博士論文
[1]長牡蠣的分子標記篩選和遺傳圖譜構建[D]. 李莉.中國科學院研究生院（海洋研究所） 2003

碩士論文
[1]圓斑星鰈（Verasper variegatus）微衛(wèi)星標記的篩選及應用[D]. 王佳實.中國海洋大學 2009



本文編號：3522486