文昌魚(yú)作為脊椎動(dòng)物的祖先物種,對(duì)研究脊椎動(dòng)物形態(tài)發(fā)生、發(fā)育和免疫系統(tǒng)的進(jìn)化過(guò)程起到關(guān)鍵作用。隨著大量物種基因組測(cè)序的完成與比較免疫學(xué)的迅速發(fā)展,以及佛羅里達(dá)文昌魚(yú)全基因組測(cè)序的完成,為我們系統(tǒng)的研究脊椎動(dòng)物免疫系統(tǒng)的起源與進(jìn)化提供了物質(zhì)基礎(chǔ)。因此,本論文以文昌魚(yú)EST數(shù)據(jù)庫(kù)（http://rich.yunda.org/test/amphioxusest/）和一些公共數(shù)據(jù)庫(kù)為基礎(chǔ),對(duì)白氏文昌魚(yú)（Branchostoma belcheri）REL、NFAT、GFBI基因的功能與進(jìn)化進(jìn)行研究；并利用比較基因組學(xué)的研究方法對(duì)動(dòng)物TLR信號(hào)通路的起源與進(jìn)化進(jìn)行了詳細(xì)的研究,從而揭示自然選擇在基因復(fù)制、基因結(jié)構(gòu)的改變和結(jié)構(gòu)域變化過(guò)程中的作用。具體工作如下：1、哺乳動(dòng)物核因子活化B細(xì)胞K輕鏈增強(qiáng)子（nuclear factor kappa-light-chain-enhancer of activated B cells,NF-κB）蛋白家族基因是一類非常重要的轉(zhuǎn)錄因子,在信號(hào)傳遞、細(xì)胞凋亡、先天性免疫和適應(yīng)性免疫等過(guò)程中起到關(guān)鍵的作用。我們?cè)诎资衔牟~(yú)基因組中克隆了一個(gè)NF-κB蛋白家族基因（命名... 

【文章來(lái)源】：南京師范大學(xué)江蘇省 211工程院校

【文章頁(yè)數(shù)】：170 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：博士

【文章目錄】：
摘要
Abstract
第一章 緒論
    1.1 文昌魚(yú)概況
    1.2 文昌魚(yú)研究現(xiàn)狀
        1.2.1 文昌魚(yú)發(fā)育過(guò)程研究進(jìn)展
        1.2.2 文昌魚(yú)免疫系統(tǒng)研究進(jìn)展
        1.2.3 文昌魚(yú)在進(jìn)化過(guò)程中的獨(dú)特地位
    1.3 NF-κB、NFAT和TGFBI研究進(jìn)展
        1.3.1 NF-κB研究進(jìn)展
        1.3.2 NFAT在先天性免疫中的作用
        1.3.3 TGFBI蛋白家族研究進(jìn)展
    1.4 TLR信號(hào)通路與網(wǎng)絡(luò)水平進(jìn)化
    1.5 本論文的研究意義
    1.6 本論文的創(chuàng)新點(diǎn)
    1.7 技術(shù)路線
第二章 文昌魚(yú)REL基因的克隆、進(jìn)化及功能研究
    2.1 前言
    2.2 材料、試劑和儀器
        2.2.1 文昌魚(yú)的收集與培養(yǎng)
        2.2.2 實(shí)驗(yàn)試劑
        2.2.3 實(shí)驗(yàn)儀器
    2.3 實(shí)驗(yàn)方法
        2.3.1 白氏文昌魚(yú)AmphiREL基因的cDNA全長(zhǎng)克隆
        2.3.2 文昌魚(yú)急性免疫刺激后檢測(cè)AmphiREL基因的表達(dá)變化
        2.3.3 REL亞家族同源基因的搜索
        2.3.4 序列比對(duì)、系統(tǒng)發(fā)育分析、motif分析和三級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)
        2.3.5 選擇壓力分析
    2.4 結(jié)果和討論
        2.4.1 白氏文昌魚(yú)總RNA的提取
        2.4.2 白氏文昌魚(yú)AmphiREL基因全長(zhǎng)擴(kuò)增
        2.4.3 白氏文昌魚(yú)AmphiREL基因功能驗(yàn)證
        2.4.4 Rel亞家族基因系統(tǒng)發(fā)生關(guān)系和共線性分析
        2.4.5 Rel亞家族蛋白的結(jié)構(gòu)多樣性
        2.4.6 Rel亞家族基因選擇壓力分析
第三章 文昌魚(yú)NFAT基因的克隆、進(jìn)化與功能研究
    3.1 前言
    3.2 材料、試劑和儀器
        3.2.1 文昌魚(yú)的收集與培養(yǎng)
        3.2.2 實(shí)驗(yàn)試劑
        3.2.3 實(shí)驗(yàn)儀器
    3.3 實(shí)驗(yàn)方法
        3.3.1 白氏文昌魚(yú)AmphiNFAT基因全長(zhǎng)的克隆
        3.3.2 文昌魚(yú)急性免疫刺激后檢測(cè)AmphiNFAT基因的表達(dá)變化
        3.3.3 文昌魚(yú)AmphiNFAT基因空間表達(dá)模式分析
        3.3.4 NFAT蛋白家族同源基因的搜索
        3.3.5 多序列比對(duì)、保守motif和系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系分析
        3.3.6 基于密碼子的序列分析
    3.4 實(shí)驗(yàn)結(jié)果
        3.4.1 白氏文昌魚(yú)AmphiNFAT基因全長(zhǎng)擴(kuò)增
        3.4.2 白氏文昌魚(yú)不同組織中AmphiNFAT基因的表達(dá)譜分析
        3.4.3 LPS刺激后白氏文昌魚(yú)AmphiNFAT基因時(shí)間表達(dá)模式分析
        3.4.4 NFAT蛋白家族系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系、保守motif和共線性分析
        3.4.5 NFAT蛋白家族基因選擇壓力分析
    3.5 討論
        3.5.1 NFAT蛋白家族基因從刺胞動(dòng)物門到脊椎動(dòng)物都保守
        3.5.2 NFAT蛋白家族的進(jìn)化歷程
        3.5.3 NFAT蛋白家族能夠參與先天性免疫應(yīng)答過(guò)程
第四章 文昌魚(yú)TGFBI基因的克隆、進(jìn)化與功能研究
    4.1 前言
    4.2 材料、試劑和儀器
        4.2.1 文昌魚(yú)的收集與培養(yǎng)
        4.2.2 實(shí)驗(yàn)試劑
        4.2.3 實(shí)驗(yàn)儀器
    4.3 實(shí)驗(yàn)方法
        4.3.1 白氏文昌魚(yú)AmphiTGFBI基因全長(zhǎng)的克隆
        4.3.2 文昌魚(yú)AmphiTGFBI基因空間表達(dá)模式分析
        4.3.3 TGFBI蛋白家族同源基因的搜索
        4.3.4 多序列比對(duì)、保守motif和系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系分析
        4.3.5 基于密碼子的序列分析
    4.4 實(shí)驗(yàn)結(jié)果
        4.4.1 文昌魚(yú)AmphiTGFBI基因全長(zhǎng)擴(kuò)增
        4.4.2 白氏文昌魚(yú)不同組織中AmphiTGFBI基因表達(dá)模式分析
        4.4.3 TGFBI蛋白家族的系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系、保守motif和基因結(jié)構(gòu)分析
        4.4.4 TGFBI蛋白家族基因選擇壓力分析
    4.5 討論
        4.5.1 TGFBI蛋白家族基因從多孔動(dòng)物到哺乳動(dòng)物是保守的
        4.5.2 TGFBI蛋白家族基因受到的正選擇作用可能與該基因的基因結(jié)構(gòu)有關(guān)
第五章 TLR信號(hào)通路的起源與進(jìn)化研究
    5.1 前言
    5.2 實(shí)驗(yàn)材料和方法
        5.2.1 數(shù)據(jù)收集
        5.2.2 多序列比對(duì)與系統(tǒng)發(fā)育分析
        5.2.3 基于密碼子序列的分析
        5.2.4 多變量分析
    5.3 結(jié)果和討論
        5.3.1 進(jìn)化速率分析
        5.3.2 選擇壓力的大小和網(wǎng)絡(luò)結(jié)構(gòu)
        5.3.3 多變量分析
        5.3.4 NF-κB介導(dǎo)的TLR信號(hào)通路的進(jìn)化和起源
第六章 結(jié)論
附錄
參考文獻(xiàn)
在讀期間發(fā)表的學(xué)術(shù)論文及研究成果
致謝


【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]Identification and expression of amphioxus AmphiSmad1/5/8 and AmphiSmad4[J]. YU XueSong 1,LI JianWei 2,LIU Hui 1,LI XiaoDan 1,CHEN ShangWu 1,ZHANG HongWei 2 & XU AnLong 1 1 State Key Laboratory of Biocontrol,Open Laboratory for Marine Functional Genomics of State High-Tech Development Program,Guangdong Key Laboratory of Pharmaceutical Functional Genes,College of Life Sciences,Sun Yat-Sen University,Guangzhou 510275,China;2 Institute of Developmental Biology,College of Life Sciences,Shandong University,Jinan 250100,China.  Science China（Life Sciences）. 2011(03)
[2]Identification of genes expressed during myocardial development[J]. 陳小圓,陳健宏,張碧琪,梁瑛,梁平.  Chinese Medical Journal. 2003(09)



本文編號(hào)：3477596