甲殼動物是節(jié)肢動物門下僅次于六足亞門包含物種最豐富的一類物種，凡納濱對蝦（Litopenaeus vannamei）則隸屬于甲殼亞門的十足目，是目前海水蝦類中產(chǎn)量最高的單一海水經(jīng)濟養(yǎng)殖物種。目前，大量的研究工作都主要集中在水產(chǎn)養(yǎng)殖、病害防治和遺傳育種等方面，對于對蝦的系統(tǒng)發(fā)生問題以及進化過程中的各種生物學(xué)問題卻少有研究。隨著二代測序技術(shù)的不斷發(fā)展，各種蝦類的基因組和轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)也不斷釋放，這為我們對對蝦的系統(tǒng)發(fā)生學(xué)和進化生物學(xué)問題的研究提供了有力的數(shù)據(jù)支持。本研究論文基于海量基因組和轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)，對凡納濱對蝦在節(jié)肢動物門下的系統(tǒng)發(fā)生和分化時間，以及在甲殼動物亞門下的系統(tǒng)發(fā)生進行了深入分析，并對凡納濱對蝦進化過程中的適應(yīng)性進化進行的深入研究。論文包括以下三個部分：1.凡納濱對蝦的系統(tǒng)發(fā)生地位研究我們從九種節(jié)肢動物的全基因序列中挑選出了19,982個基因家族，并從中找到了85個單拷貝基因用于節(jié)肢動物的系統(tǒng)發(fā)生分析。我們構(gòu)建了一棵非常保守的系統(tǒng)發(fā)生樹，修正了傳統(tǒng)分子系統(tǒng)發(fā)生樹之間產(chǎn)生的爭議，說明這85個單拷貝基因可以作為很好的分子標記用于節(jié)肢動物系統(tǒng)發(fā)生分析。通過對分化時間的估計發(fā)現(xiàn)，甲殼動物的... 

【文章來源】：中國科學(xué)院大學(xué)(中國科學(xué)院海洋研究所)山東省

【文章頁數(shù)】：173 頁

【學(xué)位級別】：博士

【部分圖文】：

006年四種對蝦在中國產(chǎn)量分布

圖 1.2 十足目物種系統(tǒng)發(fā)生樹(Heather D. Bracken,Alicia Toon et al. 2009)*Fig. 1.2 Phylogenetic trees of Decapoda* (A-C) 基于形態(tài)相似性；（D,E）基于形態(tài)支序分析；（F-J）基于分子系統(tǒng)發(fā)生學(xué)分析不僅如此，對蝦屬的亞屬間的系統(tǒng)發(fā)生關(guān)系也存在廣泛的爭議。在 1997 年出版的《枝鰓蝦類科屬一世界對蝦總科和櫻蝦總科蝦類》專著中(Farfante an

圖 2.1 節(jié)肢動物門系統(tǒng)發(fā)生樹及基因家族擴增與缺失數(shù)目Fig. 2.1 Phylogeny of Arthropoda and the gene gain and gene lose statistical2.3.3基因家族擴增與缺失基因家族的擴增和缺失的情況會直接影響到一個物種在漫長的進化歷史上的進化方向。從圖 2.1 上我們可以看出，從節(jié)肢動物的祖先到蛛形綱的分化并沒有發(fā)生多少基因家族的擴增（11 個）和缺失（2 個），說明了蛛形綱在節(jié)肢動物門內(nèi)進化時期較早（約 5.05 億年前）。而蛛形綱發(fā)生基因家族擴增和缺失的情況是在蛛形綱祖先形成之后，圖 2.1 中顯示蜘蛛和蜱蟲之間在很早以前就發(fā)生了分化，而且從蛛形綱的祖先節(jié)點到兩個物種的進化過程中產(chǎn)生了大量的基因家族的擴增和缺失。從昆蟲綱和甲殼動物的祖先節(jié)點到這兩個單系群體的分化并未發(fā)生多少基因家族的擴增（分別為 26 和 196 個），反而是發(fā)生了大量的基因家族的缺失（祖先節(jié)點到昆蟲綱缺失 11,388 個基因家族，而到甲殼動物則缺失了 3,164 個

【參考文獻】：
期刊論文
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