鮸魚,屬于石首魚科,是漁業(yè)和水產(chǎn)養(yǎng)殖業(yè)中一種重要的海洋經(jīng)濟魚類。目前由于病原菌和寄生蟲引起的疾病使鮸魚的大規(guī)模養(yǎng)殖受到限制,大大降低了鮸魚的產(chǎn)量和經(jīng)濟價值。鮸魚轉(zhuǎn)錄組和基因組信息的缺乏限制了研究人員對鮸魚的發(fā)病機制和免疫系統(tǒng)的研究。本文中,我們首先構(gòu)建了健康鮸魚的肝臟、脾臟和腎臟的c DNA文庫并使用Illumina公司雙末端測序方法測序,用于鮸魚功能基因的發(fā)掘和分子標記的開發(fā)。為了了解鮸魚感染哈維氏弧菌后的免疫機制和獲得大量高表達的免疫基因,我們分別對健康的鮸魚脾臟（Ctrl）和感染哈維氏弧菌的鮸魚脾臟（Vha）進行了轉(zhuǎn)錄組測序。在本研究中,通過兩次鮸魚轉(zhuǎn)錄組測序分析,我們獲得的主要結(jié)論如下:1.我們利用Illumina Hi Seq 2000高通量技術(shù)平臺對鮸魚肝臟、脾臟和腎臟進行轉(zhuǎn)錄組測序。通過篩選掉低質(zhì)量的raw reads我們共獲得了25,760,602條clean reads,組裝得到69,071條unigenes。采用BLAST相似性比對方法把這些序列比對NT,NR,Swiss-Prot和KEGG數(shù)據(jù)庫,共有45,676條unigenes得到了注釋。有8,423個unig... 

【文章來源】：浙江海洋大學(xué)浙江省

【文章頁數(shù)】：69 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
ABSTRACT
第一章 文獻綜述
    1.1 轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究進展
        1.1.1 轉(zhuǎn)錄組和轉(zhuǎn)錄組學(xué)
        1.1.2 轉(zhuǎn)錄組早期研究技術(shù)
        1.1.3 轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)(RNA-seq)研究進展及應(yīng)用
    1.2 魚類轉(zhuǎn)錄組研究進展
    1.3 分子標記研究進展
        1.3.1 分子標記概述
        1.3.2 SSR分子標記
        1.3.3 SNP分子標記
        1.3.4 SSR與SNP在水產(chǎn)動物中的應(yīng)用
第二章 高通量測序鮸魚轉(zhuǎn)錄組分析及分子標記開發(fā)
    2.1 實驗材料
    2.2 實驗方法
        2.2.1 鮸魚肝臟、脾臟和腎臟的總RNA提取
        2.2.2 cDNA文庫的構(gòu)建和測序
        2.2.3 Clean read數(shù)據(jù)的獲得
        2.2.4 序列拼接組裝
        2.2.5 Unigene基因注釋和功能分類
        2.2.6 SSR及SNP標記位點查找
        2.2.7 SSR多態(tài)性分析
    2.3 結(jié)果與討論
        2.3.1 測序產(chǎn)量統(tǒng)計
        2.3.2 測序數(shù)據(jù)從頭組裝
        2.3.3 組裝結(jié)果的評估和鑒定
        2.3.4 Unigenes功能注釋
        2.3.5 Unigenes的GO功能分類
        2.3.6 Unigenes的COG功能分類
        2.3.7 Unigenes的KEGG代謝通路分析
        2.3.8 免疫相關(guān)基因鑒定
        2.3.9 SSR分子標記分析
        2.3.10 SNP分子標記篩選
    2.4 小結(jié)
第三章 鮸魚感染哈維氏弧菌前后脾臟轉(zhuǎn)錄組分析
    3.1 實驗材料
    3.2 實驗方法
        3.2.1 哈維氏弧菌感染實驗及取樣
        3.2.2 基因定量分析
        3.2.3 基因差異表達分析
    3.3 結(jié)果與討論
        3.3.1 測序產(chǎn)量統(tǒng)計
        3.3.2 序列組裝結(jié)果及生物信息學(xué)分析
        3.3.3 SSR和SNP分子標記篩選
        3.3.4 基因定量分析
        3.3.5 差異表達基因篩選
        3.3.6 差異表達基因表達模式聚類
        3.3.7 差異表達基因GO富集分析
        3.3.8 差異表達基因通路富集分析
        3.3.9 免疫相關(guān)的差異表達基因
    3.4 小結(jié)
結(jié)論
參考文獻
致謝
在讀期間發(fā)表的學(xué)術(shù)論文及研究成果


【參考文獻】：
期刊論文
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碩士論文
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本文編號：3192956