短蛸（Octopus ocellatus）營養(yǎng)價值豐富,蛋白含量高,具有一定的藥用價值,深受廣大消費者喜愛,因此已成為我國北部沿海最重要的經(jīng)濟種之一。但由于短蛸的苗種供應不穩(wěn)定、抗逆性較差、以及養(yǎng)殖成活率較低,因此目前市面上的多數(shù)短蛸還是依靠海捕獲得。短蛸在養(yǎng)殖過程中容易出現(xiàn)細菌性疾病,尤其是弧菌屬引起的疾病。鰻弧菌（Vibrio anguillarum）是水產(chǎn)養(yǎng)殖業(yè)危害最嚴重的魚貝類病原菌之一,能引起世界范圍內(nèi)的多種淡海水養(yǎng)殖動物感染弧菌病,嚴重危害水產(chǎn)養(yǎng)殖業(yè)。因此,為改善短蛸的現(xiàn)有養(yǎng)殖模式,提高短蛸的種質(zhì)質(zhì)量及成活率,增強短蛸對環(huán)境的抗逆性,本研究中,我們從整體上挖掘和鑒定與免疫系統(tǒng)相關(guān)的基因,分析其在免疫過程中的表達規(guī)律,探討其在免疫應答中發(fā)揮的作用,研究機體對外來病原微生物的應答機理,深入了解機體免疫應答過程中的具體機制,并篩選抗病基因,無論對水產(chǎn)養(yǎng)殖產(chǎn)業(yè)還是疾病防控,都具有十分重要的意義。本研究選取短蛸幼體為實驗材料,通過其對鰻弧菌感染應答的RNA-Seq分析和關(guān)鍵免疫應答基因的挖掘,對機體對該病原體的免疫應答機制有更深入地了解與認識,也為貝類乃至海洋無脊椎動物對鰻弧菌的感染... 

【文章來源】：上海海洋大學上海市

【文章頁數(shù)】：60 頁

【學位級別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
ABSTRACT
引言
第一章 文獻綜述
    1.1 頭足類養(yǎng)殖及其病害
    1.2 鰻弧菌致病特點
    1.3 頭足類免疫學
        1.3.1 頭足類免疫系統(tǒng)組成
        1.3.2 細胞免疫
        1.3.3 體液免疫
            1.3.3.1 凝集素
            1.3.3.2 抗菌肽
            1.3.3.3 溶酶體酶
            1.3.3.4 酚氧化酶
    1.4 RNA-Seq技術(shù)及其在貝類免疫中的應用
        1.4.1 RNA-Seq概述
        1.4.2 轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)在貝類免疫中的應用
    1.5 蛋白互作網(wǎng)絡
    1.6 本研究的創(chuàng)新性和意義
第二章 短蛸幼體在鰻弧菌刺激前后的RNA-Seq分析
    前言
    1 實驗材料
    2 實驗方法
        2.1 鰻弧菌感染短蛸幼體及實驗分組
        2.2 短蛸幼體RNA的提取
        2.3 Total RNA純化
        2.4 Total RNA的反轉(zhuǎn)錄
        2.5 mRNA的純化
        2.6 轉(zhuǎn)錄組文庫構(gòu)建
        2.7 cDNA的純化
        2.8 雙鏈cDNA3’末端加A尾
        2.9 雙鏈cDNA測序接頭添加
        2.10 再次純化cDNA
        2.11 對再純化的cDNA進行PCR擴增
        2.12 純化PCR產(chǎn)物
        2.13 cDNA文庫質(zhì)檢
        2.14 文庫測序
    3 RNA-Seq數(shù)據(jù)分析
        3.1 Raw reads預處理
        3.2 差異基因表達分析
        3.3 DEGs的 GO富集分析
        3.4 DEGs的 KEGG信號通路富集分析
        3.5 DEGs蛋白互作網(wǎng)絡構(gòu)建
        3.6 qRT-PCR驗證分析
    4 實驗結(jié)果
        4.1 短蛸幼體Total RNA的樣品檢測
        4.2 RNA-Seq測序數(shù)據(jù)質(zhì)量評估
        4.3 差異表達基因韋恩圖分析
        4.4 差異基因火山圖分析
        4.5 差異基因的熱圖分析
        4.6 GO注釋和基因功能富集分析
        4.7 KEGG富集分析
        4.8 免疫相關(guān)蛋白互作網(wǎng)絡構(gòu)建和分析
        4.9 qRT-PCR驗證
    5 討論
        5.1 短蛸幼體免疫應答過程中的關(guān)鍵基因和信號通路的功能分析
            （1）ATG家族
            （2）CalM基因
            （3）CREB3L1 基因
            （4）GCLM基因
            （5）cGMP-PKG信號通路分析
            （6）趨化因子信號通路
            （7）Rap1信號通路
            （8）其它關(guān)鍵免疫基因和信號通路
        5.2 小結(jié)
第三章 結(jié)論
參考文獻
致謝
發(fā)表的論文


【參考文獻】：
期刊論文
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本文編號：3156637