【摘要】：同陸生動物一樣,水生動物的腸道中存在著種類繁多的微生物菌群。經過一定的演變過程,腸道微生物與宿主之間形成一個成穩(wěn)定的平衡體系。腸道菌群可參與宿主的營養(yǎng)、發(fā)病和免疫等生理過程,其組成結構與宿主機體的生理及健康有著密切的聯系,進而影響水產養(yǎng)殖的成活率和質量。因此,對于水生動物腸道微生態(tài)區(qū)系的研究具有重要的意義,可為經濟水產動物的健康養(yǎng)殖和防控疾病提供科學依據。本研究以陽澄西湖中華絨螯蟹為研究對象,基于PCR擴增出16S rRNA基因的V3-V4區(qū)片段,采用IlluminaMiSeq高通量測序平臺及生物信息學軟件,探究了性別和規(guī)格對中華絨螯蟹腸道菌群結構的影響,同時對三種不同養(yǎng)殖模式下中華絨螯蟹腸道菌群的結構進行了比較研究。具體研究結果如下:實驗一、性別和規(guī)格對中華絨螯蟹腸道菌群結構的影響1、陽澄西湖中華絨螯蟹腸道菌群主要包括5門9綱21屬。柔膜菌門(Tenericutes)、變形菌門(Proteobacteria)、擬桿菌門(Bacteroidetes)、CK-1C4-19 和厚壁菌門(Firmicutes)構成了中華絨螯蟹腸道菌群的主要結構。柔膜菌門和柔膜菌綱是陽澄西湖中華絨螯蟹腸道菌群第一優(yōu)勢門綱。Mycoplasmataceae_norank和Candidatus_Hepatoplasma 為 A、B和C三組樣品所共有的優(yōu)勢菌屬。2、Alpha多樣性分析表明雄蟹腸道菌群豐富度高于雌蟹,多樣性與之相反,小規(guī)格雄蟹的菌群豐富度和多樣性均高于大規(guī)格雄蟹;統(tǒng)計分析表明各組之間的Alpha多樣性指數差異不顯著(P0.05),即性別和規(guī)格對中華絨螯蟹腸道菌群的豐富度和多樣性未產生顯著影響。3、OTU分布韋恩圖分析和PCA分析表明,A、B和C三組樣品的OTU組成重疊性及相似性較大;Heatmap圖分析表明,不同性別中華絨螯蟹腸道菌群結構較相似,而不同規(guī)格雄蟹的腸道菌群結構存在一定差異性。4、LEfSe分析發(fā)現在不同規(guī)格雄蟹的腸道中存在顯著豐度差異的菌群,大規(guī)格雄蟹的腸道中的特征類群主要來自擬桿菌門和變形菌門,其中擬桿菌門以纖維粘網菌為主,變形菌門以α-變形菌綱的噬纖維菌科和紅桿菌科為主;小規(guī)格雄蟹以放線菌門的庫克菌屬為特征菌群。實驗二、三種不同養(yǎng)殖模式下中華絨螯蟹腸道菌群結構的比較研究1、物種注釋和豐度統(tǒng)計表明,不同養(yǎng)殖環(huán)境下中華絨螯蟹腸道菌群共計7門11個綱23屬。在屬水平,池塘養(yǎng)殖組以Candidatus_Hepatoplasma(33.51±31.62%)、Mycoplasmataceae_norank(18.14±13.65%)和擬桿菌屬(Bacteroides,10.67±10.73%)為;圍網養(yǎng)殖組的優(yōu)勢菌群為Mycoplasmataceae_norank(39.78± 15.32%)和Candidatus_Hepatoplasma(17.34±13.60%);生態(tài)養(yǎng)殖組的優(yōu)勢菌群為 Prolixibacter(19.75±9.25%)、Mycoplasmataceae_norank(14.84±5.56%)、擬桿菌屬(13.32±9.94%)和 Alphaproteobacteria_unclassified(10.26±2.94%)。2、Alpha多樣性分析表明不同養(yǎng)殖模式下中華絨螯蟹腸道菌群的豐富度和多樣性存在差異,表現為生態(tài)養(yǎng)殖組樣本菌群豐富度和多樣性最高,池塘養(yǎng)殖組次之,圍網養(yǎng)殖組最低。但統(tǒng)計分析表明各組之間的Alpha多樣性指數差異不顯著(P0.05),即不同養(yǎng)殖模式下對中華絨螯蟹腸道菌群的豐富度和多樣性差異不顯著。3、養(yǎng)殖模式對中華絨螯蟹腸道菌群的結構具有一定影響。生態(tài)養(yǎng)殖組與池塘養(yǎng)殖組之間,在門、綱和屬三個生物學水平上分別有0、2和4個有顯著豐度差異的菌群;生態(tài)養(yǎng)殖組與圍網養(yǎng)殖組之間,在門、綱和屬三個生物學水平上分別有2、4和5個有顯著豐度差異的菌群;池塘養(yǎng)殖組與圍網養(yǎng)殖組僅在屬水平有1個顯著豐度差異的菌群。推測可能跟其餌料和養(yǎng)殖水體中的微生物有很大關系。
【學位授予單位】：南京農業(yè)大學
【學位級別】：碩士
【學位授予年份】：2016
【分類號】：S917

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本文編號：2747935