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基于轉錄組和miRNAs分析中華絨螯蟹促雄腺的相關基因及其調控機制

發(fā)布時間:2020-06-30 02:24
【摘要】:中華絨螯蟹俗稱河蟹、大閘蟹,是我國主要的淡水養(yǎng)殖蟹類。在養(yǎng)殖過程中,雄蟹生長快,攻擊性強,容易導致雌蟹死亡;養(yǎng)殖后期雌蟹性早熟會降低商品規(guī)格。單性化養(yǎng)殖是提高中華絨螯蟹養(yǎng)殖效益的有效途徑,因此,有必要開展中華絨螯蟹性別調控機制方面的研究,為實現單性化苗種繁育提供理論基礎。促雄腺是雄性甲殼動物特有的腺體,其分泌的激素為促雄腺激素,具有調控雄性分化、維持雄性第二性征和生長調節(jié)的功能。本研究分別對增殖期和分泌期促雄腺轉錄組和miRNAs進行測序分析,篩選與促雄腺發(fā)育相關的基因,并預測這些基因可能參與的調控通路?寺×酥腥A絨螯蟹促雄腺基因(Es-IAG)的全長序列,并進行了表達分析和干擾研究,為中華絨螯蟹性別分化研究奠定了基礎。利用IlluminaHiseq平臺,對中華絨螯蟹增殖期和分泌期促雄腺進行轉錄組測序,比較轉錄組分析表明,兩個轉錄組共得到72000條基因,其中差異表達基因4027條;GO分析顯示,差異表達基因的功能主要集中在蛋白質的合成和分泌等生物學過程,并富集到轉錄、翻譯及信號轉導的相關通路中;進一步篩選出可能參與精巢發(fā)育及雄性性征維持的相關基因為Es-IAG,TRA-2,Cytochrome p450,SRY,和FTZ-F1;可能參與精子發(fā)生調控的相關基因為Ubiquitin、serpin、CathepsinA和CathepsinD;核糖體通路中44條基因表達顯著上調,2條顯著下調,說明了分泌期促雄腺中促雄腺激素的分泌量增加的原因。有3條基因被注釋為胰島素受體基因,在胰島素信號通路中發(fā)揮重要調控作用,通過不同信號通路參與調控促雄腺細胞的增殖分化、細胞凋亡和蛋白合成。其中,Unigene10231被注釋到卵母細胞成熟與減數分裂通路中,提示可能與卵細胞成熟有關,CL1931.Contig3可能是胰島素樣生長因子的受體,與生長相關。分析了刺激神經的配體受體相互作用通路,在分泌期,褪黑素受體、5-羥基色胺受體1基因的表達量顯著下調,提示5-羥基色胺和章魚胺通過促雄腺調控精巢發(fā)育;章魚胺受體的表達量顯著上調,章魚胺與攻擊、交配行為正相關,提示章魚通過促雄腺調控雄性爭斗和交配行為的機制。利用從轉錄組中獲得的Es-IAG片段,通過RACE技術,克隆Es-IAG基因的全長cDNA序列,并對其進行生物信息學分析,結果發(fā)現,中華絨螯蟹粗雄性激素的氨基酸序列與藍蟹(C.sapdus)的序列一致性最高,為44%,其次是擬穴青蟹(S.paramamosain),相似性達42%。中華絨螯蟹促雄腺激素前體多肽中存在分泌型信號肽,說明該激素為分泌型蛋白,共存在兩個糖基化位點,未發(fā)現跨膜結構域;在促雄腺激素前體多肽的C鏈和A鏈,C鏈和B鏈之間存在典型的R**R蛋白酶酶切位點,提示促雄腺激素前體多肽是在切除C鏈后成為成熟的促雄腺激素的,成熟肽鏈中的6個保守的Cys殘基形成兩個鏈間二硫鍵和一個鏈內二硫鍵,在三維結構上與其它甲殼動物保守位點的一致性,充分說明了甲殼類動物IAG基因的序列結構在關鍵位點的進化上是高度保守的。與其它已報道的甲殼動物促雄腺激素氨基酸序列做系統進化分析,發(fā)現中華絨螯蟹和藍蟹、擬穴青蟹的親緣關系最近,并與果蠅、廄螯蠅聚為一支。利用熒光定量PCR技術,檢測中華絨螯蟹16個連續(xù)發(fā)育時期LAG基因的表達情況,包括受精卵、囊胚期、原腸期、眼點期和心跳期,以及蚤狀幼體、大眼幼體和幼蟹Ⅰ~Ⅴ期雄體,結果發(fā)現,雄性Ⅰ期幼蟹體內Es-IAG基因的表達量顯著升高,外部形態(tài)觀察發(fā)現,Ⅰ期幼蟹開始出現性別相關附肢的分化,預示著Ⅰ期幼蟹階段是中華絨螯蟹性別分化的關鍵期。根據Es-IAG基因序列設計3個SiRNA,干擾扣蟹體內Es-IAG的表達,注射24小時后,利用熒光定量PCR檢測Es-IAG基因的表達情況,其中SiRNA-391的干擾效率達到67%。利用浸泡法干擾大眼幼體中Es-IAG基因的表達,能顯著抑制Ⅰ期幼蟹雄性附肢的發(fā)育。利用HiSeq高通量測序技術,檢測中華絨螯蟹增殖期和分泌期促雄腺中small RNA的表達情況,共篩選出已知miRNA3719條,差異表達的miRNA有2246條,其中1780條在分泌期促雄腺中的表達量顯著下調,466條顯著上調。預測其中Let-7可能參與了精巢的發(fā)育,以Es-IAG為靶基因的miRNA有27個,預測其中miR-197、miR-2443和miRNA-6368可能參與促雄腺的發(fā)育調控;通過GO分析,發(fā)現靶基因富集的生物學功能主要包括生物組分的合成、代謝、信號轉導、細胞部分和綁定等,這些功能與促雄腺的增殖、分泌和調控功能密切相關。差異表達miRNA中,以性別發(fā)育相關基因為靶基因的miRNA,可能是參與性別發(fā)育的關鍵miRNA。共篩選出65個新miRNA,功能主要集中于生理調節(jié)、細胞過程、代謝過程及信號轉導等生物學過程,為進一步揭示中華絨螯蟹性別調控奠定了基礎。
【學位授予單位】:山東農業(yè)大學
【學位級別】:博士
【學位授予年份】:2017
【分類號】:S917.4
【圖文】:

中華絨螯蟹


^邐-Jfc—逡逑1刖g逡逑中華線螯蟹■圖1-1),俗名河蟹,屬甲殼綱,十足目,方蟹科,逡逑絨螯蟹屬,其適應能力強,生長速度快,營養(yǎng)價值高,是我國重要的淡水養(yǎng)殖蟹類。中逡逑華絨螯蟹自然分布于我國渤海、黃海與東海諸岸,自長江口的崇明島到湖北省、浙江省逡逑是我國著名長江水系中華絨螯蟹的主產地,其中以陽澄湖大閘蟹品質最佳,久負盛名。逡逑自上世紀80年代突破中華絨螯蟹人工育苗技術以來,人工養(yǎng)殖區(qū)不斷向內陸擴大,遍逡逑布全國各地(趙乃剛等,1988),目前中華絨螯蟹規(guī);B(yǎng)殖區(qū)主要集中在江蘇、安徽、逡逑湖北等省,2014年,國內總產量達到了邋75萬噸,創(chuàng)歷史新高。經多年實踐積累,中華逡逑絨螯蟹人工養(yǎng)殖技術和產業(yè)化模式日漸成熟,各地根據資源優(yōu)勢逐漸形成了苗種繁育、逡逑扣蟹養(yǎng)殖、成蟹養(yǎng)殖等不同特色的產業(yè)化基地

轉錄組,數據分析,流程,山東農業(yè)大學


邐山東農業(yè)大學博士學位論文算公式如下:逡逑d<v-逡逑p。纾氩汀瑰义希澹蹂澹╁义辖涍^多重檢驗校正后,選擇QvalueS0.05的Pathway定義為在差異表達基因著富集的Pathway。Q-value和FDR類似,都是對p-value的一種校正。某一個假檢驗的Q-value就是FDR的最小值,在這些FDR下該假設檢驗可以被認為是顯的。逡逑比較轉錄組分析流程圖:逡逑

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2 ;Small but influential:the role of microRNAs on gene regulatory network and 3′UTR evolution[J];遺傳學報;2009年01期

3 B.SAILAJA;S.R.VOLETI;D.SUBRAHMANYAM;N.SARLA;V.VISHNU PRASANTH;V.P.BHADANA;S.K.MANGRAUTHIA;;Prediction and Expression Analysis of miRNAs Associated with Heat Stress in Oryza sativa[J];Rice Science;2014年01期

4 羅書芳;崔浪軍;王健;屈生憲;;干旱脅迫下15種丹參miRNAs差異表達分析[J];廣東農業(yè)科學;2013年05期

5 郝力力;李必富;;應用熒光定量PCR對細粒棘球絳蟲miRNAs在蟲體不同發(fā)育階段表達量的研究[J];中國農學通報;2012年26期

6 Liming Ma;Lianghu Qu;;The Function of MicroRNAs in Renal Development and Pathophysiology[J];遺傳學報;2013年04期

7 Gang Wu;;Plant MicroRNAs and Development[J];Journal of Genetics and Genomics;2013年05期

8 Xiang-Shun Cui;Xing-Hui Shen;Shao-Chen Sun;Sun-Wha Cho;Young-Tae Heo;Yong-Kook Kang;Teruhiko Wakayama;Nam-Hyung Kim;;Identifying MicroRNA and mRNA Expression Profiles in Embryonic Stem Cells Derived from Parthenogenetic,Androgenetic and Fertilized Blastocysts[J];遺傳學報;2013年04期

9 葉瑞松;習欠云;束剛;王麗娜;王松波;朱曉彤;高萍;江青艷;張永亮;;GnRH引起豬垂體細胞miRNAs表達譜變化[J];畜牧與獸醫(yī);2012年S1期

10 陶新;徐子偉;;miRNAs對腸道健康的調控作用及機理[J];動物營養(yǎng)學報;2013年09期

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1 ;A potential role for Chlamydomonas miRNAs in response to environmental changes[A];中國遺傳學會植物遺傳和基因組學專業(yè)委員會2009年學術研討會論文摘要匯編[C];2009年

2 Ping Xuan;Maozu Guo;Yangchao Huang;;MaturePred:Efficient Identification of MicroRNAs within Novel Plant Pre-miRNAs[A];第五屆全國生物信息學與系統生物學學術大會論文集[C];2012年

3 Zhen-Dong Xiao;Li-Ting Diao;Jian-Hua Yang;Hui Xu;Mian-Bo Huang;Yong-Jin Deng;Hui Zhou;Liang-Hu Qu;;Systematical identification of cis-elements orchestrating the expressions of miRNAs in humans[A];生命的分子機器及其調控網絡——2012年全國生物化學與分子生物學學術大會摘要集[C];2012年

4 ;Cell-free miRNAs may indicate diagnosis and docetaxel sensitivity of tumor cells in malignant effusions[A];2011醫(yī)學科學前沿論壇第十二屆全國腫瘤藥理與化療學術會議論文集[C];2011年

5 任波;馬迪;李毅;;地高辛標記探針結合化學發(fā)光技術快速靈敏檢測植物總RNA中的miRNAs方法[A];中國植物病理學會2005年學術年會暨植物病理學報創(chuàng)刊50周年紀念會論文摘要集[C];2005年

6 任波;馬迪;李毅;;地高辛標記探針結合化學發(fā)光技術快速靈敏檢測植物總RNA中的miRNAs方法[A];中國植物病理學會2005年學術年會暨植物病理學報創(chuàng)刊50周年紀念會論文集[C];2005年

7 戚鵬;韓金祥;魯艷芹;王傳璽;欒中華;卜范峰;;病毒編碼的miRNAs:基因表達新的調控因子[A];山東省藥學會2006年生化與生物技術藥物學術研討會論文集[C];2006年

8 ;Bioinformatic identification and expression analysis of new microRNAs from Medicago truncatula[A];華東六省一市生物化學與分子生物學會2008年學術交流會論文摘要匯編[C];2008年

9 ;Cell-free miRNAs may indicate diagnosis and docetaxel sensitivity of tumor cells in malignant effusions[A];中華醫(yī)學會腫瘤學分會第七屆全國中青年腫瘤學術會議——中華醫(yī)學會腫瘤學分會“中華腫瘤 明日之星”大型評選活動暨中青年委員全國遴選論文匯編[C];2011年

10 ;miRNAs involved in Tau expression of BMSCs induced neurons[A];中國神經科學學會第九屆全國學術會議暨第五次會員代表大會論文摘要集[C];2011年

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1 江尚;特異性miRNAs與前列腺癌發(fā)病密切相關[N];中國醫(yī)藥報;2007年

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3 A.B.M.Khaldun;[D];中國科學院研究生院(武漢植物園);2015年

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6 陳科;小鼠子宮內膜mRNAs和miRNAs時空表達與胚胎著床的關系及SPOP對基質細胞蛻膜化的影響[D];重慶醫(yī)科大學;2015年

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6 劉帥帥;循環(huán)miRNAs檢測對肝癌診斷價值的meta分析[D];蚌埠醫(yī)學院;2015年

7 王蕊;喉癌相關miRNAs的篩選及其功能的初步研究[D];南華大學;2015年

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