【摘要】：錦鯉(Cyprinus carpio var.Koi),隸屬鯉科,是鯉魚的一個(gè)變種,因其體色變化豐富多彩,變幻多姿,是一種全球范圍內(nèi)重要的觀賞魚類。其中,紅白錦鯉為最常見品種,本文主要以紅白錦鯉作為主要的研究材料,研究體色差異的分子機(jī)制,本文通過RNA-Seq技術(shù)對(duì)紅白錦鯉的紅皮和白皮兩個(gè)樣本的轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行研究,得到的結(jié)果如下:1.采用雙端100 nt Illumina Hiseq測(cè)序,在紅皮與白皮樣本中分別得到1.03千萬條雙末端序列,以已發(fā)布的鯉魚基因組做參考,由Cufflinks對(duì)測(cè)序reads進(jìn)行比對(duì)、組裝和整合,共得到85,823條組裝后的轉(zhuǎn)錄本,其中81,959(95.3%)條轉(zhuǎn)錄本能夠比對(duì)到參考基因組中,剩余3,846條轉(zhuǎn)錄本在基因組的覆蓋區(qū)域與參考注釋轉(zhuǎn)錄本不一致,這些轉(zhuǎn)錄本來自3,157個(gè)不同的基因區(qū)域,其中437個(gè)比對(duì)到外顯子反義鏈上的基因,2,720個(gè)比對(duì)到基因間隔區(qū)域。2.未比對(duì)到參考基因組的3,157個(gè)基因用Transcoder以及BLASTX進(jìn)行預(yù)測(cè)和比對(duì),預(yù)測(cè)到2,295潛在編碼蛋白的基因,剩余的862個(gè)基因與ENSEMBL中硬骨魚nc RNA數(shù)據(jù)庫(kù)以及NONCODE數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行BLASTN比對(duì),共有143個(gè)基因找到同源的已知nc RNA。3.用Cuffdiff、DESeq和edge R根據(jù)比對(duì)后所得FPKM值,對(duì)轉(zhuǎn)錄本在紅皮與白皮中的表達(dá)量差異進(jìn)行分析,分別得到169,453,1453個(gè)差異基因,共同的差異基因?yàn)?2個(gè),其中52個(gè)在紅皮與白皮中都表達(dá),但表達(dá)存在差異,有2個(gè)在紅皮特異表達(dá),8個(gè)在白皮中特異表達(dá)。通過q RT-PCR對(duì)52個(gè)差異基因在紅皮與白皮中的表達(dá)模式進(jìn)行驗(yàn)證,結(jié)果顯示有3個(gè)基因表達(dá)模式與RNA-Seq不一致,有3個(gè)基因表達(dá)不顯著,有46個(gè)基因表達(dá)與RNA-Seq結(jié)果一致且在紅皮與白皮中的表達(dá)差異顯著。4.對(duì)差異基因用BS-PCR法進(jìn)行甲基化分析,其中錦鯉的gpib基因與klf4a基因甲基化存在差異,gpib在紅皮中甲基化較高為83.98%,在白皮中為68.68%;klf4a在白皮中的甲基化程度較高為95.8%,在紅皮中的甲基化程度為79.8%,這與RNA-Seq結(jié)果和q RT-PCR結(jié)果成反比,說明甲基化可能參與基因的表達(dá)調(diào)控。在本研究中,使用RNA-Seq技術(shù)得到錦鯉紅白皮膚的轉(zhuǎn)錄組序列,得到其體色的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù),并對(duì)紅白體色中表達(dá)差異的基因進(jìn)行注釋和表達(dá)量驗(yàn)證,得到了紅白皮差異基因表達(dá)譜,對(duì)其中兩個(gè)差異基因可能的甲基化修飾進(jìn)行了實(shí)驗(yàn)分析,探究其表觀遺傳機(jī)制,為今后研究其皮膚中的體色機(jī)制提供理論基礎(chǔ)。
【學(xué)位授予單位】：大連海洋大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2015
【分類號(hào)】：S917.4

【參考文獻(xiàn)】

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本文編號(hào)：2677093