普通野生稻(Oryza rufipogon Griff.)能為栽培稻遺傳改良提供重要的抗性等位基因資源。然而其基因組高雜合度限制了其測(cè)序準(zhǔn)確性及有利基因在抗性分子育種過(guò)程中的應(yīng)用。為此,本文利用兩份穩(wěn)定的普通野生稻自交系S18和11352及其普通野生稻原種S24為材料,一是對(duì)其主要農(nóng)藝性狀進(jìn)行觀察,同時(shí)對(duì)稻瘟病和褐飛虱抗性進(jìn)行鑒定;二是通過(guò)高通量測(cè)序技術(shù)對(duì)其全基因組進(jìn)行重測(cè)序以挖掘抗性基因變異信息。主要研究結(jié)果如下:(1)農(nóng)藝性狀調(diào)查及抗性鑒定。成熟期農(nóng)藝性狀調(diào)查發(fā)現(xiàn),自交系S18與11352在株高、劍葉長(zhǎng)、劍葉寬、主穗長(zhǎng)、有效穗數(shù)、結(jié)實(shí)率、粒長(zhǎng)、粒寬、總粒重和千粒重等性狀上差異顯著,前者株高和有效穗數(shù)分別為60.24cm和15.08個(gè),后者分別為121.15cm和6.65個(gè)。稻瘟病抗性鑒定結(jié)果表明,S18和11352在參試小種中綜合抗性等級(jí)分別2.0和2.7,均表現(xiàn)為抗病;褐飛虱抗性鑒定結(jié)果顯示,S18和11352分別為抗病(3級(jí))和中抗(5級(jí))。(2)基因組重測(cè)序數(shù)據(jù)評(píng)估篩選及變異分布。將測(cè)序數(shù)據(jù)進(jìn)行了質(zhì)量評(píng)估并剔除了低質(zhì)量的數(shù)據(jù),在S24、S18和11352中分別篩選得到的779...

【文章頁(yè)數(shù)】：91 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
abstract
1 前言
    1.1 植物抗病基因結(jié)構(gòu)及其作用機(jī)理
        1.1.1 植物R蛋白結(jié)構(gòu)與其分類簡(jiǎn)述
        1.1.2 植物抗病基因的作用機(jī)理簡(jiǎn)述
    1.2 水稻中R基因研究進(jìn)展
    1.3 基因組重測(cè)序研究進(jìn)展
        1.3.1 基因組遺傳變異類型簡(jiǎn)述
        1.3.2 重測(cè)序在基因組變異發(fā)掘上的應(yīng)用
    1.4 本研究的目的及意義
2 材料與方法
    2.1 材料
    2.2 方法
        2.2.1 表型數(shù)據(jù)調(diào)查與統(tǒng)計(jì)
        2.2.2 重測(cè)序與數(shù)據(jù)分析流程
        2.2.3 重測(cè)序變異位點(diǎn)驗(yàn)證
3 結(jié)果
    3.1 普通野生稻自交系農(nóng)藝性狀與抗性表現(xiàn)
        3.1.1 S18與11352農(nóng)藝性狀調(diào)查
        3.1.2 S18與11352的稻瘟病及褐飛虱抗性鑒定
        3.1.3 小結(jié)
    3.2 普通野生稻及其自交系全基因組變異特征
        3.2.1 重測(cè)序數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)及測(cè)序質(zhì)量評(píng)估
        3.2.2 單核苷酸多態(tài)性（SNP）變異特征
        3.2.3 插入缺失（InDel）變異特征
        3.2.4 結(jié)構(gòu)變異（SV）特征
        3.2.5 拷貝數(shù)變異（CNV）特征
    3.3 普通野生稻及其自交系變異基因功能注釋及分類
        3.3.1 變異位點(diǎn)驗(yàn)證
        3.3.2 SNP與InDel變異基因功能注釋
        3.3.3 SV變異基因功能注釋
        3.3.4 CNV變異基因功能注釋
    3.4 自交系抗性基因挖掘
        3.4.1 NBS-LRR變異基因分布
        3.4.2 變異基因篩選及功能富集
        3.4.3 抗性相關(guān)基因功能預(yù)測(cè)
4 討論與結(jié)論
    4.1 討論
        4.1.1 野生稻基因組表現(xiàn)出較高的變異多態(tài)性
        4.1.2 結(jié)構(gòu)和拷貝數(shù)變異主要發(fā)生在轉(zhuǎn)座子
        4.1.3 候選基因參與到了免疫過(guò)程中細(xì)胞死亡
    4.2 結(jié)論
致謝
參考文獻(xiàn)
附錄A
附錄B



本文編號(hào)：3858541