懷山藥(Dioscorea oppostia Thunb.)是著名的四大懷藥之一,鐵棍山藥乃是懷山藥中的優(yōu)質(zhì)品種,具有獨(dú)特的營(yíng)養(yǎng)價(jià)值,但是目前市場(chǎng)上山藥品種繁多。從分子水平對(duì)山藥種質(zhì)資源進(jìn)行多樣性研究,有助于山藥種質(zhì)資源的分類和山藥品種的鑒定�；蚪M中存在大量的簡(jiǎn)單重復(fù)序列(Simple Sequence Repeat,SSR),該分子標(biāo)記具有數(shù)目多、多態(tài)性高、共顯性遺傳等特點(diǎn)。本研究基于懷山藥轉(zhuǎn)錄組測(cè)序數(shù)據(jù)采用20種山藥材料對(duì)SSR分子標(biāo)記進(jìn)行開發(fā),并應(yīng)用開發(fā)出的5個(gè)分子標(biāo)記運(yùn)用相關(guān)的生物信息學(xué)軟件對(duì)22種山藥進(jìn)行遺傳多樣性分析。研究結(jié)果如下:1.懷山藥轉(zhuǎn)錄組中SSR的分布懷山藥轉(zhuǎn)錄組中SSR的種類豐富,被檢測(cè)的71739個(gè)Unigene中有17405個(gè)含SSR位點(diǎn)(發(fā)生頻率為24.26%),總SSR位點(diǎn)為22425個(gè)(出現(xiàn)頻率為31.26%),其中單堿基占54.01%、二堿基占23.04%、三堿基占20.90%四堿基以上所占比例較少。以10次重復(fù)的序列數(shù)最多,占26.82%。2.基于懷山藥轉(zhuǎn)錄組的SSR分子標(biāo)記的開發(fā)從轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)中隨機(jī)篩選出100對(duì)SSR引物,對(duì)20個(gè)山藥品種進(jìn)行多...

【文章頁數(shù)】：76 頁

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
ABSTRACT
縮略語表(Abbreviation)
1 前言
    1.1 山藥簡(jiǎn)介及研究概況
    1.2 轉(zhuǎn)錄組學(xué)
    1.3 DNA分子標(biāo)記
    1.4 SSR分子標(biāo)記的開發(fā)與應(yīng)用
        1.4.1 SSR分子標(biāo)記的開發(fā)
        1.4.2 SSR分子標(biāo)記的應(yīng)用
    1.5 DNA分子標(biāo)記在山藥應(yīng)用中的研究進(jìn)展
    1.6 本研究的內(nèi)容、目的和意義
2 材料與方法
    2.1 試驗(yàn)材料
        2.1.1 植物材料
        2.1.2 引物合成
        2.1.3 主要試劑及藥品
        2.1.4 主要儀器設(shè)備
        2.1.5 主要試劑配制
    2.2 試驗(yàn)方法
        2.2.1 懷山藥葉片基因組DNA的提取及檢測(cè)
        2.2.2 懷山藥轉(zhuǎn)錄組SSR序列
        2.2.3 懷山藥的SSR序列擴(kuò)增
        2.2.4 非變形聚丙烯酰胺凝膠電泳
        2.2.5 SSR引物的應(yīng)用
    2.3 數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)分析
        2.3.1 數(shù)據(jù)的采集
        2.3.2 數(shù)據(jù)軟件的分析
3 結(jié)果與分析
    3.1 懷山藥轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的SSR序列的生物信息學(xué)分析
        3.1.1 懷山藥轉(zhuǎn)錄組序列中SSR重復(fù)單元的分布
        3.1.2 懷山藥轉(zhuǎn)錄組序列中SSR基元類型重復(fù)次數(shù)分布
    3.2 懷山藥轉(zhuǎn)錄組SSR分子標(biāo)記的篩選、應(yīng)用及分析
        3.2.1 懷山藥轉(zhuǎn)錄組SSR引物的篩選
        3.2.2 懷山藥SSR分子標(biāo)記的應(yīng)用
        3.2.3 不同山藥品種的聚類分析
        3.2.4 不同山藥品種的遺傳多樣性分析
4 討論
    4.1 基于轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的SSR分子標(biāo)記的開發(fā)
    4.2 懷山藥SSR分布特點(diǎn)
    4.3 不同DNA分子標(biāo)記對(duì)山藥品種聚類分析比較
    4.4 基于SSR分子標(biāo)記的山藥遺傳多樣性分析
5 結(jié)論
參考文獻(xiàn)
致謝
攻讀碩士學(xué)位期間發(fā)表論文及參加的項(xiàng)目



本文編號(hào)：3756248