小麥祖先種A組/D組與水稻基因組比較分析
發(fā)布時間:2020-12-26 18:55
為深入研究小麥祖先種烏拉爾圖小麥、粗山羊草的遺傳基礎(chǔ)、分子結(jié)構(gòu)、進化關(guān)系,試驗將水稻基因組作為參考基因組進行Blast全基因組比較分析,篩選出8 259條長度4 kb以上的水稻同源核苷酸序列用circos軟件和mauve軟件作圖。結(jié)果表明,小麥祖先種和水稻中存在大量同源核苷酸序列的同線性和共線性排列;祖先種與水稻基因共線性分析表明,3個物種間存在染色體上的共線性,共線性比例達80%以上,并用基因共線性關(guān)系對小麥祖先種染色體進化進行了闡述。
【文章來源】:山西農(nóng)業(yè)科學. 2019年06期
【文章頁數(shù)】:5 頁
【文章目錄】:
1 材料和方法
1.1 材料
1.2 方法
1.2.1 核苷酸序列全局比對
1.2.2 核苷酸序列局部比對
1.2.3基因比對
2 結(jié)果與分析
2.1 核苷酸序列全局比對
2.2 核苷酸序列局部比對
2.3 基因比對分析
3 結(jié)論與討論
【參考文獻】:
期刊論文
[1]小麥基因組研究現(xiàn)狀與展望[J]. 傅向東,劉倩,李振聲,張愛民,凌宏清,童依平,劉志勇. 中國科學院院刊. 2018(09)
[2]烏拉爾圖小麥PBF基因克隆及其序列分析[J]. 胡喜貴,吳曉軍,姜小苓,王玉泉,李淦,胡鐵柱,茹振鋼. 江蘇農(nóng)業(yè)科學. 2018(13)
[3]無油樟與葡萄、擬南芥、水稻基因組的多倍化及共線性分析[J]. 張嵐,袁敏,王振怡,潘玉欣. 江蘇農(nóng)業(yè)科學. 2018(08)
[4]人工合成小麥農(nóng)藝性狀與SSR標記的關(guān)聯(lián)分析(英文)[J]. 張思妮,王震,趙丹陽,夏雪嬌,翟曉光,張拓,楊二航,丁勤,馬翎健. 農(nóng)業(yè)生物技術(shù)學報. 2018(04)
[5]小麥基因組學研究進展[J]. 劉淑娟,朱艷,張曉軍,李欣,郭慧娟,暢志堅,喬麟軼. 山西農(nóng)業(yè)科學. 2018(03)
[6]“中國春”小麥全基因組中特異SSR標記的發(fā)掘及其分布特征[J]. 崔婷,王長彪,韓斌,趙興華,劉江,任永康,牛瑜琦,唐朝暉. 山西農(nóng)業(yè)科學. 2017(06)
[7]小麥相關(guān)功能基因的全基因組電子定位及基因注釋[J]. 王長彪,韓斌,劉江,崔婷,任永康,趙興華,董艷輝,李亞麗,唐朝暉. 山西農(nóng)業(yè)科學. 2016(07)
[8]小麥及其近緣種基因組測序研究進展與發(fā)展趨勢[J]. 凌宏清. 麥類作物學報. 2016(04)
[9]小麥和水稻auxin基因家族的生物信息學比較分析[J]. 張俊紅,孟成生,張彩英,史崢,王笑穎,李愛麗,馬峙英. 華北農(nóng)學報. 2009(06)
博士論文
[1]水稻基因組序列分析及比較基因組研究[D]. 張玉軍.中國科學院研究生院(上海生命科學研究院) 2003
本文編號:2940279
【文章來源】:山西農(nóng)業(yè)科學. 2019年06期
【文章頁數(shù)】:5 頁
【文章目錄】:
1 材料和方法
1.1 材料
1.2 方法
1.2.1 核苷酸序列全局比對
1.2.2 核苷酸序列局部比對
1.2.3基因比對
2 結(jié)果與分析
2.1 核苷酸序列全局比對
2.2 核苷酸序列局部比對
2.3 基因比對分析
3 結(jié)論與討論
【參考文獻】:
期刊論文
[1]小麥基因組研究現(xiàn)狀與展望[J]. 傅向東,劉倩,李振聲,張愛民,凌宏清,童依平,劉志勇. 中國科學院院刊. 2018(09)
[2]烏拉爾圖小麥PBF基因克隆及其序列分析[J]. 胡喜貴,吳曉軍,姜小苓,王玉泉,李淦,胡鐵柱,茹振鋼. 江蘇農(nóng)業(yè)科學. 2018(13)
[3]無油樟與葡萄、擬南芥、水稻基因組的多倍化及共線性分析[J]. 張嵐,袁敏,王振怡,潘玉欣. 江蘇農(nóng)業(yè)科學. 2018(08)
[4]人工合成小麥農(nóng)藝性狀與SSR標記的關(guān)聯(lián)分析(英文)[J]. 張思妮,王震,趙丹陽,夏雪嬌,翟曉光,張拓,楊二航,丁勤,馬翎健. 農(nóng)業(yè)生物技術(shù)學報. 2018(04)
[5]小麥基因組學研究進展[J]. 劉淑娟,朱艷,張曉軍,李欣,郭慧娟,暢志堅,喬麟軼. 山西農(nóng)業(yè)科學. 2018(03)
[6]“中國春”小麥全基因組中特異SSR標記的發(fā)掘及其分布特征[J]. 崔婷,王長彪,韓斌,趙興華,劉江,任永康,牛瑜琦,唐朝暉. 山西農(nóng)業(yè)科學. 2017(06)
[7]小麥相關(guān)功能基因的全基因組電子定位及基因注釋[J]. 王長彪,韓斌,劉江,崔婷,任永康,趙興華,董艷輝,李亞麗,唐朝暉. 山西農(nóng)業(yè)科學. 2016(07)
[8]小麥及其近緣種基因組測序研究進展與發(fā)展趨勢[J]. 凌宏清. 麥類作物學報. 2016(04)
[9]小麥和水稻auxin基因家族的生物信息學比較分析[J]. 張俊紅,孟成生,張彩英,史崢,王笑穎,李愛麗,馬峙英. 華北農(nóng)學報. 2009(06)
博士論文
[1]水稻基因組序列分析及比較基因組研究[D]. 張玉軍.中國科學院研究生院(上海生命科學研究院) 2003
本文編號:2940279
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