水松(Glyptostrobus pensilis(Staunt.)Koch)是我國一級保護植物,其分子遺傳學研究滯后于其他針葉樹種,目前尚未見SSR分子標記方面的研究和報道。本研究通過對水松轉(zhuǎn)錄組測序,開發(fā)EST-SSR標記位點。利用開發(fā)得到的多態(tài)性位點,對現(xiàn)存水松所有分布區(qū)(中國、越南和老撾)的代表群體進行遺傳變異分析,檢測其遺傳多樣性水平和遺傳結構,了解其種群進化歷史和分化信息。相關研究工作對于掌握水松的瀕危機制,開展種群科學保護具有重要意義。(1)水松轉(zhuǎn)錄組序列組裝后共獲得106 901條Unigene,總長度93.240Mb,平均長度872.240bp。利用MISA軟件挖掘EST-SSR位點,共篩選出12 279個SSR序列,分布在9 597個Unigene上,平均分布距離為1/7.590kb。水松轉(zhuǎn)錄組SSR以三、四核苷酸重復為主。(2)篩選motif大于或等于8的SSR序列,共設計170對引物(其中8對引物由英國愛丁堡皇家植物園提供),其中,130對擴增出清晰條帶,擴增效率為76.47%。16個水松樣本表明,27個位點具有多態(tài)性,多態(tài)性比率為20.76%。所選擇23個位點...

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【學位級別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
ABSTRACT
1 緒論
    1.1 杉科的起源、演化與分布
    1.2 水松概述
        1.2.1 水松地理分布
        1.2.2 水松的生物學特性
        1.2.3 水松的瀕危現(xiàn)狀
    1.3 水松的研究進展
        1.3.1 生理生化研究
        1.3.2 系統(tǒng)發(fā)育地位研究
        1.3.3 地理分布研究
        1.3.4 引種栽培研究
        1.3.5 種群生態(tài)學研究
        1.3.6 水松的遺傳多樣性研究
    1.4 高通量測序技術的應用
        1.4.1 高通量測序技術在全基因組測序中的應用
        1.4.2 高通量測序技術在轉(zhuǎn)錄組中的應用
    1.5 分子標記技術
        1.5.1 SSR分子標記開發(fā)方法
        1.5.2 SSR標記的檢測方法
        1.5.3 EST-SSR分子標記的應用
    1.6 本研究的內(nèi)容、目的與意義
        1.6.1 水松研究存在的問題
        1.6.2 研究目的與意義
        1.6.3 研究內(nèi)容
    1.7 技術路線
2 基于轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的水松EST-SSR標記開發(fā)及篩選
    2.1 實驗材料、試劑和設備
        2.1.1 實驗材料
        2.1.2 實驗試劑及配制
        2.1.3 實驗儀器
    2.2 實驗方法
        2.2.1 轉(zhuǎn)錄組測序
        2.2.2 水松轉(zhuǎn)錄組序列組裝和SSR位點挖掘
        2.2.3 EST-SSR引物設計
        2.2.4 EST-SSR多態(tài)性位點檢測
        2.2.5 數(shù)據(jù)統(tǒng)計與分析
        2.2.6 多態(tài)性位點的有效性評估
    2.3 結果與分析
        2.3.1 水松轉(zhuǎn)錄組序列拼接結果
        2.3.2 SSR位點的數(shù)量與特征
        2.3.3 多態(tài)性位點篩選結果
        2.3.4 多態(tài)性位點的遺傳參數(shù)
        2.3.5 水松多態(tài)性位點的有效性驗證
    2.4 討論
        2.4.1 水松轉(zhuǎn)錄組序列
        2.4.2 水松SSR位點特征
3 水松群體遺傳變異分析
    3.1 實驗材料、試劑及設備
        3.1.1 實驗材料
        3.1.2 主要試劑及儀器
    3.2 實驗方法
        3.2.1 DNA提取
        3.2.2 DNA檢測
        3.2.3 PCR擴增及基因分型
        3.2.4 數(shù)據(jù)統(tǒng)計及分析
    3.3 結果與分析
        3.3.1 水松群體的Hardy-Weinberg平衡檢驗(HWE)
        3.3.2 水松群體遺傳多樣性
        3.3.4 水松群體遺傳分化分析
        3.3.5 水松群體遺傳結構分析
        3.3.6 Mantel檢驗
        3.3.7 瓶頸效應
        3.3.8 群體進化歷史
    3.4 討論
        3.4.1 水松群體遺傳多樣性水平
        3.4.2 水松群體遺傳結構
        3.4.3 群體進化歷史
4 水松群體保護策略
    4.1 水松群體現(xiàn)狀
    4.2 水松瀕危原因分析
        4.2.1 種群個體數(shù)量稀少,更新困難
        4.2.2 遺傳多樣性水平低,強烈遺傳分化
    4.3 水松的保護策略
        4.3.1 加強殘存種群的就地保護
        4.3.2 適當?shù)母蓴_促進種群自然更新
        4.3.3 開展人工繁殖技術與種群回歸自然研究
5 結論與創(chuàng)新點
    5.1 結論
        5.1.1 水松目前現(xiàn)狀
        5.1.2 EST-SSR位點開發(fā)
        5.1.3 群體遺傳變異分析
    5.2 創(chuàng)新點
參考文獻
附錄A
附錄B
附錄C
附錄D
附錄E
附錄F
致謝



本文編號：3792393