泡桐是我國重要的速生用材樹種之一,在我國生態(tài)環(huán)境改善,保障糧食生產(chǎn)安全這方面起著重要的作用。然而,由于泡桐叢枝�。≒aulownia Witches Broom,PaWB）的危害,給泡桐產(chǎn)業(yè)的經(jīng)濟(jì)發(fā)展造成巨大的損失。叢枝病的發(fā)生是由植原體（Paulownia Witches Phytoplasma）引起的毀滅性病害,因?yàn)橹苍w難以體外培養(yǎng),到目前為止叢枝病發(fā)生的分子機(jī)制仍不清楚。植物miRNAs作為一種重要的調(diào)控因子,在轉(zhuǎn)錄后水平調(diào)節(jié)基因的表達(dá)。本研究是國內(nèi)外首次基于泡桐基因組對(duì)白花泡桐、毛泡桐和豫雜一號(hào)泡桐中響應(yīng)叢枝病的mi RNA進(jìn)行研究,通過高通量測(cè)序鑒定出了泡桐中與叢枝病發(fā)生相關(guān)mi RNAs;同時(shí)利用TargetFinder軟件預(yù)測(cè)和降解組分析的方法鑒定響應(yīng)叢枝病相關(guān)miRNA的靶基因。然后采用qRT-PCR方法驗(yàn)證了測(cè)序結(jié)果的準(zhǔn)確性,以及分析了mi RNAs和其靶基因的表達(dá)模式。該研究結(jié)果為全面揭示泡桐叢枝病發(fā)生的分子機(jī)制鑒定了基礎(chǔ),同時(shí)也為植原體病害防治技術(shù)的研究、為泡桐新品種培育研究等方面提供了十分重要的參考價(jià)值。本研究以白花泡桐、毛泡桐以及雜交種豫雜一號(hào)泡桐的健康苗、... 

【文章來源】：河南農(nóng)業(yè)大學(xué)河南省

【文章頁數(shù)】：97 頁

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

技術(shù)路線Fig.2Technologyroadmap

圖 3 Small RNATreuSeq 建庫流程圖Fig. 3 TruSeq experiment process3.4.3 小分子 RNA 的測(cè)序數(shù)據(jù)分析流程miRNA 數(shù)據(jù)分析是由聯(lián)川生物自主開發(fā)的 ACGT101-miR（LC Sciences, Houston, Texas,USA） 軟件進(jìn)行分析，ACGT101-miR （LC Sciences, Houston, Texas, USA）總體的分析流程如下圖 4：

15圖 4 小 RNA 數(shù)據(jù)分析流程Fig. 4 A workflow bioinformatics analysis of small RNA sequencing言之，通過 Illumina FastQC 對(duì)測(cè)序得到的原始序列（raw reads）進(jìn)行數(shù)獲取 Q30 數(shù)據(jù)后，通過一系列數(shù)據(jù)處理，將垃圾序列（3’、5’接頭、污染oyA（N 特征序列）進(jìn)行過濾，接著通過長度篩選，去除堿基長度小于 18n狀況有助于我們對(duì) small RNA 的種類進(jìn)行初步判斷，再將剩余序列比對(duì)各列（不包含 miRNA），如 mRNA、RFam（篩選和去除同 rRNA, scRNA, tRNA 等相關(guān)的序列）和 Repbase（重復(fù)序列，篩選和去除同 repeat 相關(guān)的據(jù)上述步驟過濾后所剩余的測(cè)序序列（NoAnnotation），通過 Bowtie 比對(duì)到庫中，對(duì)于比對(duì)上的序列，進(jìn)一步通過與泡桐基因組比對(duì)，比對(duì)上的序列RNA，比對(duì)不上的序列，則用于預(yù)測(cè)新 miRNA，這些鑒定到的已知 miRN

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
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博士論文
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碩士論文
[1]植原體侵染對(duì)桑樹miRNAs表達(dá)譜和代謝組的影響研究[D]. 韓雪娟.山東農(nóng)業(yè)大學(xué) 2013



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