泡桐叢枝病是由植原體引起的一種傳染性病害,不僅給泡桐生產(chǎn)造成巨大的經(jīng)濟(jì)損失,而且也嚴(yán)重影響人們種植泡桐的積極性。泡桐叢枝病是我國林業(yè)生產(chǎn)中亟需解決的問題之一,在過去的40多年中,科研工作者對(duì)泡桐叢枝病和植原體兩方面進(jìn)行了研究,首先,科研人員進(jìn)行大量的生理生化及相關(guān)基因表達(dá)的研究,對(duì)叢枝病植原體也開展了病原的傳播途徑,分類,繁殖方式等研究工作,但是叢枝病的發(fā)病機(jī)理仍不清楚。在本研究中,以白花泡桐、毛泡桐以及雜交種豫雜一號(hào)泡桐的健康苗、叢枝病苗和用15mg·L-1硫酸二甲酯（Dimethyl sulphonate,DMS）甲基劑處理的病苗為實(shí)驗(yàn)材料,成功的構(gòu)建了9個(gè)s RNA文庫（PF、PFI、PFI-D15、PT、PTI、PTI-D15、PTF、PTFI、PTFI-D15）并進(jìn)行了測(cè)序分析。在觀察幼苗形態(tài)變化的同時(shí),從分子生物學(xué)水平研究了植原體侵入對(duì)白花泡桐,豫雜一號(hào)泡桐和毛泡桐基因表達(dá)的影響�，F(xiàn)將結(jié)果歸納如下:（1）對(duì)3個(gè)種泡桐的9個(gè)s RNA文庫進(jìn)行了測(cè)序,每個(gè)樣品均測(cè)到近1千萬條raw reads序列。利用生物信息學(xué)軟件分析后,然后分別得到Validreads（PF）1137862... 

【文章來源】：河南農(nóng)業(yè)大學(xué)河南省

【文章頁數(shù)】：81 頁

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

SmallRNA建庫流程圖

圖 2 測(cè)序數(shù)據(jù)分析流程Figure 2Process of Data analysis.2.5.2 已知 miRNA 和 novel miRNA 及其靶基因的鑒定將保留下來的堿基長度在 18-25nt(植物)的序列比對(duì)各種 RNA 數(shù)據(jù)庫（不包含 miRNA），如 mRNA 、 RFam( 包 含 rRNA, tRNA, snRNA, snoRNA 等 ) 和 重 復(fù) 序 列 數(shù) 據(jù) 庫（http://www.girinst.org/repbase），并進(jìn)行過濾。將上述清理、去除過后所剩余的測(cè)序序列(No Annotation)，通過 Bowtie 比對(duì)到 miRBase21.0 數(shù)據(jù)庫，鑒定泡桐中已知的 miRNA，同時(shí)發(fā)現(xiàn)新的 5p 或者 3p miRNA 序列。其中，比對(duì)到基因組的成熟體序列部分 miRNA 即為已知報(bào)道的 miRNA，而如果檢測(cè)到的序列能夠比對(duì)到已知 miRNA 的對(duì)應(yīng)臂部位則可以被確定為新的 5p 或者 3p miRNA 候選序列。未比對(duì)上的序列，再一次通過 Bowtie 比對(duì)到 miRBase21.0中其它選定物種的前體上，并且比對(duì)上的 miRNA 前體序列通過進(jìn)一步比對(duì)上測(cè)序物種的基因組序列從而鑒定出該類已報(bào)道 miRNA。由于以上兩類鑒定出的 miRNA 都來自 miRBase 數(shù)據(jù)庫已報(bào)道的序列，因而我們定義為已知的 miRNA。除此以外的其它仍未鑒定出的測(cè)序序列則進(jìn)一步通過與基因組比對(duì)，對(duì)于比對(duì)上的序列，則在基因組上相應(yīng)比對(duì)位點(diǎn)，通過堿基數(shù)目延伸 （ 植 物 120nt ） ， 并 采 用 RNAfold 軟 件 (http://rna.tbi.univie.ac.

2.6 miRNA 的差異表達(dá)分析響應(yīng)泡桐叢枝病植原體 miRNA 的鑒定方法參照 Niu et al.（2014）方法進(jìn)行。首先將每個(gè)文庫的 miRNA 的表達(dá)量進(jìn)行歸一化，如果兩個(gè)樣品的某個(gè) miRNAs 基因表達(dá)量為零，則修改為 0.01；并使用 log1.2（Ratio）比較每兩個(gè)文庫共同表達(dá) miRNA 的表達(dá)量差異（具體方案參照?qǐng)D 3），由此獲得響應(yīng)叢枝病的 miRNA。P-value 公式如下：P x y= （NN12） (1)12!!(1) xyNNxyx y！C yyxmin = min0p()yyyyxD yyxmax = maxp()yyyx（N1 和 N2 分別代表在 PF、 PFI 和 PFI-D15（或 PT、PTI 和 PTI-D15; 或 PTF 、 PTFI 和 PTFI-D15） 的總reads數(shù); x和y PF 、PFI和PFI-D1（5或 PT、PTI和PTI-D15; 或PTF、PTFI和PTFI-D15）的總surveyedreads數(shù); C 和 D 被認(rèn)為是 P-value 檢測(cè)可能存在的離散分布）

【參考文獻(xiàn)】：
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碩士論文
[1]植原體侵染對(duì)桑樹miRNAs表達(dá)譜和代謝組的影響研究[D]. 韓雪娟.山東農(nóng)業(yè)大學(xué) 2013
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本文編號(hào)：3421513