全基因組重測序分析4個毛竹變型的稈形和稈色變異
發(fā)布時間：2021-06-13 22:30
為揭示毛竹重要變型的全基因組突變類型,選取4個有代表性的毛竹變型,采用高通量重測序技術(shù),進行全基因組重測序,測序深度12×。分別提取毛竹4個變型與參考基因組間發(fā)生非同義突變的SNP、CDS區(qū)發(fā)生InDel與SV的基因,比較可以發(fā)現(xiàn),2個稈形變異的竹種圣音竹和厚壁毛竹基因組的變異基因數(shù)目和變異類型相近,而2個稈色變異的竹種黃槽毛竹和黃皮花毛竹基因組的變異數(shù)目和變異類型相近。4個毛竹變型均存在多個基因同時存在多種類型突變。將變異基因與GO、COG、KEGG等功能數(shù)據(jù)庫進行比對、注釋,共獲得1 739個參與細胞壁、細胞膜合成的基因,501個細胞骨架構(gòu)建相關(guān)基因,1 785個轉(zhuǎn)錄因子相關(guān)基因,1 324個信號轉(zhuǎn)導相關(guān)基因,104個赤霉素相關(guān)基因,76個激素代謝相關(guān)基因,1 938個葉綠素合成相關(guān)的基因,73個類胡蘿卜素合成代謝相關(guān)基因和68個花青素合成調(diào)控基因,這些差異基因分別在毛竹稈形和稈色調(diào)控方面起著重要作用。
【文章來源】：華北農(nóng)學報. 2020,35(04)北大核心CSCD
【文章頁數(shù)】：10 頁
【部分圖文】：
變異基因的COG注釋分類圖
圖3 變異基因的COG注釋分類圖將變異基因與GO、COG、KEGG等3個功能數(shù)據(jù)庫進行比對、注釋,共獲得1 739個參與細胞壁和細胞膜合成的基因、501個細胞骨架構(gòu)建相關(guān)基因、1 785個轉(zhuǎn)錄因子、1 324個信號轉(zhuǎn)導、104個赤霉素及76個激素代謝相關(guān)基因、1 938個葉綠素合成相關(guān)的基因、73個類胡蘿卜素合成代謝相關(guān)基因和68個花青素合成調(diào)控基因。
使用BreakDancer進行SV的檢測(表8),圣音竹共檢測到148 682個SV,其中插入3 701個,占總變異2.49%;缺失31 439個,占總變異21.15%;染色體間易位107 945個,占總變異72.60%;染色體內(nèi)部易位4 991個,反轉(zhuǎn)321個,其他285個。黃槽毛竹共檢測到176 960個SV,其中插入17 377個,占總變異9.82%;缺失36 496個,占總變異20.62%;染色體間易位116 941個,占總變異66.08%。黃皮花毛竹共檢測到181 687個SV,其中插入9 498個,占總變異5.23%;缺失37 880個,占總變異20.85%;染色體間易位127 646個,占總變異70.26%。厚壁毛竹共檢測到148 968個SV,其中插入2 481個,占總變異1.67%;缺失30 971個,占總變異20.79%;染色體間易位110 054個,占總變異73.88%。表7 毛竹變型間的InDel統(tǒng)計Tab.7 Summary of InDels detected between variants of Moso bambooo 編號ID R01 R02 R03 R04 R01 0 48 551 47 142 46 349 R02 48 551 0 46 619 47 532 R03 47 142 46 619 0 45 967 R04 46 349 47 532 45 967 0
【參考文獻】：
期刊論文
[1]大豆抗菌核病的全基因組關(guān)聯(lián)研究[J]. 張羽,Fran■ois Belzile. 華北農(nóng)學報. 2020(01)
[2]不同光周期條件下谷子株高的全基因組關(guān)聯(lián)分析[J]. 賈小平,張博,全建章,李劍峰,王永芳,袁璽壘. 華北農(nóng)學報. 2019(04)
[3]基于全基因組重測序的大豆分子標記開發(fā)及籽粒蛋白質(zhì)含量QTL定位[J]. 王嘉,曾召瓊,梁建秋,于曉波,吳海英,張明榮. 中國農(nóng)業(yè)科學. 2019(16)
[4]毛竹TCP基因家族全基因組鑒定與分析[J]. 劉俊,黃容,程占超,李雪平. 基因組學與應用生物學. 2018(12)
[5]矢竹地下莖轉(zhuǎn)錄組測序及節(jié)間生長相關(guān)基因表達分析[J]. 魏強,丁雨龍. 南京林業(yè)大學學報(自然科學版). 2017(05)
[6]毛竹NAC轉(zhuǎn)錄因子家族生物信息學分析[J]. 黎幫勇,胡尚連,曹穎,徐剛. 基因組學與應用生物學. 2015(08)
[7]毛竹細胞色素P450的基因組學分析[J]. 林翩翩,白有煌,周明兵. 植物生理學報. 2014(09)
[8]6種不同變異類型毛竹葉片的生理特性研究[J]. 陳建華,晏存育,王艷梅,張新明,曾翔,曹學優(yōu),賀峭. 中南林業(yè)科技大學學報. 2011(04)
[9]nr數(shù)據(jù)庫分析及其本地化[J]. 鄧泱泱,荔建琦,吳松鋒,朱云平,陳耀文,賀福初. 計算機工程. 2006(05)
碩士論文
[1]毛竹種源及栽培變種遺傳變異的AFLP和ISSR分析[D]. 阮曉賽.浙江林學院 2008
本文編號：3228471
【文章來源】：華北農(nóng)學報. 2020,35(04)北大核心CSCD
【文章頁數(shù)】：10 頁
【部分圖文】：
變異基因的COG注釋分類圖
圖3 變異基因的COG注釋分類圖將變異基因與GO、COG、KEGG等3個功能數(shù)據(jù)庫進行比對、注釋,共獲得1 739個參與細胞壁和細胞膜合成的基因、501個細胞骨架構(gòu)建相關(guān)基因、1 785個轉(zhuǎn)錄因子、1 324個信號轉(zhuǎn)導、104個赤霉素及76個激素代謝相關(guān)基因、1 938個葉綠素合成相關(guān)的基因、73個類胡蘿卜素合成代謝相關(guān)基因和68個花青素合成調(diào)控基因。
使用BreakDancer進行SV的檢測(表8),圣音竹共檢測到148 682個SV,其中插入3 701個,占總變異2.49%;缺失31 439個,占總變異21.15%;染色體間易位107 945個,占總變異72.60%;染色體內(nèi)部易位4 991個,反轉(zhuǎn)321個,其他285個。黃槽毛竹共檢測到176 960個SV,其中插入17 377個,占總變異9.82%;缺失36 496個,占總變異20.62%;染色體間易位116 941個,占總變異66.08%。黃皮花毛竹共檢測到181 687個SV,其中插入9 498個,占總變異5.23%;缺失37 880個,占總變異20.85%;染色體間易位127 646個,占總變異70.26%。厚壁毛竹共檢測到148 968個SV,其中插入2 481個,占總變異1.67%;缺失30 971個,占總變異20.79%;染色體間易位110 054個,占總變異73.88%。表7 毛竹變型間的InDel統(tǒng)計Tab.7 Summary of InDels detected between variants of Moso bambooo 編號ID R01 R02 R03 R04 R01 0 48 551 47 142 46 349 R02 48 551 0 46 619 47 532 R03 47 142 46 619 0 45 967 R04 46 349 47 532 45 967 0
【參考文獻】：
期刊論文
[1]大豆抗菌核病的全基因組關(guān)聯(lián)研究[J]. 張羽,Fran■ois Belzile. 華北農(nóng)學報. 2020(01)
[2]不同光周期條件下谷子株高的全基因組關(guān)聯(lián)分析[J]. 賈小平,張博,全建章,李劍峰,王永芳,袁璽壘. 華北農(nóng)學報. 2019(04)
[3]基于全基因組重測序的大豆分子標記開發(fā)及籽粒蛋白質(zhì)含量QTL定位[J]. 王嘉,曾召瓊,梁建秋,于曉波,吳海英,張明榮. 中國農(nóng)業(yè)科學. 2019(16)
[4]毛竹TCP基因家族全基因組鑒定與分析[J]. 劉俊,黃容,程占超,李雪平. 基因組學與應用生物學. 2018(12)
[5]矢竹地下莖轉(zhuǎn)錄組測序及節(jié)間生長相關(guān)基因表達分析[J]. 魏強,丁雨龍. 南京林業(yè)大學學報(自然科學版). 2017(05)
[6]毛竹NAC轉(zhuǎn)錄因子家族生物信息學分析[J]. 黎幫勇,胡尚連,曹穎,徐剛. 基因組學與應用生物學. 2015(08)
[7]毛竹細胞色素P450的基因組學分析[J]. 林翩翩,白有煌,周明兵. 植物生理學報. 2014(09)
[8]6種不同變異類型毛竹葉片的生理特性研究[J]. 陳建華,晏存育,王艷梅,張新明,曾翔,曹學優(yōu),賀峭. 中南林業(yè)科技大學學報. 2011(04)
[9]nr數(shù)據(jù)庫分析及其本地化[J]. 鄧泱泱,荔建琦,吳松鋒,朱云平,陳耀文,賀福初. 計算機工程. 2006(05)
碩士論文
[1]毛竹種源及栽培變種遺傳變異的AFLP和ISSR分析[D]. 阮曉賽.浙江林學院 2008
本文編號：3228471
本文鏈接：http://www.sikaile.net/nykjlw/lylw/3228471.html
最近更新
教材專著
