【摘要】：巴西橡膠樹是大戟科橡膠樹屬植物,其樹干韌皮部乳管細(xì)胞所產(chǎn)生的膠乳是天然橡膠樹的主要來源。然而,由于我國(guó)植膠區(qū)位于熱帶北緣,受風(fēng)、寒、旱、瘠4大環(huán)境因子的約束,我國(guó)天然膠乳單位產(chǎn)量相比于傳統(tǒng)種植區(qū)要低的多。橡膠樹膠乳再生在排除出后必須在第二次割膠前得到快速再生,才能保證割膠生產(chǎn)連續(xù)進(jìn)行。因此,橡膠樹膠乳再生能力使其高產(chǎn)的生物學(xué)基礎(chǔ)。SnoRNA由于參與rRNA修飾加工,很有可能會(huì)參與膠乳再生的調(diào)控。本研究從橡膠樹中發(fā)掘并驗(yàn)證在膠乳中特異性表達(dá)的snoRNAs,研究其表達(dá)水平對(duì)膠乳再生的作用。主要研究結(jié)果如下:1.對(duì)橡膠樹的膠乳和葉片建立測(cè)序文庫(kù)后,用Pair-end 2×100堿基策略進(jìn)行ncRNA測(cè)序。結(jié)合現(xiàn)有的橡膠樹EST數(shù)據(jù)和基因組數(shù)據(jù)進(jìn)行生物信息學(xué)分析,使用snoScan和snoSeeker軟件預(yù)測(cè)出50個(gè)具有典型C/D家族或H/ACA家族特征且可能在乳管中特異表達(dá)的snoRNAs分子,分別是21個(gè)C/D guide snoRNAs,1 個(gè) C/D orphan snoRNA,1 個(gè) H/ACA guide snoRNA 和 27 個(gè) H/ACA orphan snoRNAs 。2.半定量PCR實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證并篩選其中31個(gè)是乳管特異性表達(dá)snoRNAs,分別是 12 個(gè) C/D guide snoRNAs,1 個(gè) H/ACA guide snoRNA,18 個(gè) H/ACA orphan snoRNAs 。3.比對(duì)擬南芥和其他模式生物上已知的rRNA修飾位點(diǎn),從橡膠樹rRNA序列上查找出潛在的修飾位點(diǎn),并通過軟件預(yù)測(cè)了其中13個(gè)guide snoRNAs的修飾靶位點(diǎn)。4.在橡膠樹雜交群體中分析31個(gè)snoRNAs的表達(dá)量數(shù)據(jù)與單株膠乳產(chǎn)量、TSC/C的相關(guān)性情況,篩選出13個(gè)與這2個(gè)指標(biāo)較為相關(guān)的snoRNAs,分別是3 個(gè) C/D guide snoRNAs,1 個(gè) H/ACA guide snoRNA,9 個(gè) H/ACA orphan snoRNAs。5.Spearman相關(guān)性分析重要相關(guān)snoRNAs的表達(dá)水平對(duì)膠乳再生的影響,發(fā)掘出1個(gè)與膠乳再生重要相關(guān)的snoRNA。這些研究結(jié)果對(duì)于深入研究橡膠樹膠乳代謝和膠乳再生機(jī)制具有重要意義,也為橡膠樹產(chǎn)量早期預(yù)測(cè)和品種早期選擇提供了新的思路。
【學(xué)位授予單位】：海南大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2017
【分類號(hào)】：S794.1
【圖文】：

ｂｏｘ邋ｓｎｏＲＮＡｓ的特征，它的ＣＡＢ邋ｂｏｘ能夠引導(dǎo)端粒＿定位于Ｃａｊａｌ邋ｂｏｄｙ上（Ｔｅｒｎｓ，逡逑Ｍ．邋ａｎｄ邋Ｔｅｒｎｓ，邋Ｒ．，邋２００６）�，F(xiàn)在己知ＳｎｏＲＮＡｓ可能在細(xì)胞內(nèi)的參與的各種過程如逡逑圖５所示。逡逑ｈｏｓｔ－ｇｅｎｅ邐0逡逑—邐ｙ—Ｏ—－ｔ逡逑ｓｎｏＲＮＡ邐—ｎ—：邐＾二一逡逑ｇｅｎｅ邐ａｌｔｅｒｎａｔｉｖｅ邋ｓｐａｃｉｎｇ逡逑＼邋ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎ邐＜邐＿＿＿＿＿＿＿逡逑＾ａｎｄ邋ｓｐｌｉｃｉｎｇ邐／邐一邋一邐、、逡逑…ｌ＇．＂，ｌＡＡＡ邐＾邋ｐｒｏｃｅｓｓｉｎｇ邋ｏｆ邋ｐｒｅ－ｒＲＮＡ邋＼逡逑—、遍…－N＿蓮－ｍｇ財(cái)＇＇逡逑⑨邐／；０ＲＮＰ，逡逑ＣｄＲＮＡ＾＞＾／邋＼邐＼邐＾＾ｕｄｅｏｌｕ＾＾／逡逑＼邐Ｍ邐／邐ｐｒｏｃｅｓｓｉｎｇ邋ｏｆ邋Ｕ１＼逡逑＼邐．／邐ｔ邐＼邐ｌ邋ｅ＝＾＾ｊＵ２，邋Ｕ４邋ａｎｄ邋Ｕ５逡逑Ｘ邋Ｖ＼邐＾ＣｊｎＲＮＡ邋？＾ｎｕｃｌｅ，Ｓ逡逑ｓ邋＼邋Ｃａｊａｌ邋ｂｏｄｙ逡逑＼邐＾＾－－＾ｃｙｔｏｐｌａｓｍ逡逑ｓｄＲＮＡ．．▲廠Ｒ丨ＳＣ邋）邐（了逡逑——＾…邐？邋ｃｅ／／邋ｄｅａｔｈ逡逑ｒｅｇｕｌａｔｉｏｎ邋ｏｆ邋ｔｒａｎｓｌａｔｉｏｎ逡逑圖５邋５１１0１＾＾參與細(xì)胞內(nèi)的各種過程（＞１．八義３丨．，２０１３）逡逑Ｆｉｇ．５邋Ｉｎｖｏｌｖｅｍｅｎｔ邋ｏｆ邋ｓｎｏｌ＾ＮＡｓ邋ｉｎ邋ｖａｒｉｏｕｓ邋ｃｅｌｌｕｌａｒ邋ｐｒｏｃｅｓｓｅｓ逡逑１．４橡膠樹中膠乳再生研究現(xiàn)狀逡逑膠乳是一種從受傷害的乳管細(xì)胞中排出的液體細(xì)胞質(zhì)，它是一種含有各種細(xì)逡逑胞器和粒子的膠體懸浮液。乳管細(xì)胞不僅提供橡膠烴的產(chǎn)物

圖７橡膠樹葉片和膠乳核內(nèi)總ＲＮＡ電泳圖逡逑Ａ．葉片核內(nèi)總ＲＮＡ邋；Ｂ．膠乳核內(nèi)總ＲＮＡ逡逑Ｆｉｇ．７邋Ｅｌｅｃｔｒｏｐｈｏｒｅｔｏｇｒａｍ邋ｏｆ邋ｌｅａｆ邋ａｎｄ邋ｌａｔｅｘ邋ｎｕｃｌｅｕｓ邋ＲＮＡ邋ｆｒｏｍ邋Ｒｕｂｂｅｒ邋ｔｒｅｅ逡逑Ａ．邋Ｔｏｔａｌ邋ｎｕｃｌｅｕｓ邋ＲＮＡ邋ｉｎ邋ｌｅａｆ邋；Ｂ．邋Ｔｏｔａｌ邋ｎｕｃｌｅｕｓ邋ＲＮＡ邋ｉｎ邋ｌａｔｅｘ逡逑丨Ｍ邋ＲＮＡ樣品置于ＮａｎｏＤｒｏｐ２０００超微量分光光度計(jì)，測(cè)定的濃度

Ａ：邋Ｈｂ５．８ＳｒＲＮＡ可能的修飾位點(diǎn)；Ｂ：邋Ｈｂｌ８ＳｒＲＮＡ可能的修飾位點(diǎn)；Ｃ：邋Ｈｂ２８ＳｒＲＮＡ可逡逑能的修飾位點(diǎn)逡逑Ｆｉｇ．８邋Ｔｈｅ邋ｐｕｔａｔｉｖｅ邋ｍｏｄｉｆｉｃａｔｉｏｎ邋ｓｉｔｅ邋ｏｆ邋ｒＲＮＡ邋ｉｎ邋ｒｕｂｂｅｒ邋ｔｒｅｅ．逡逑（ｔｈｅ邋ｍｅｔｈｙｌａｔｉｏｎ邋ｓｉｔｅ邋ｉｓ邋ｉｎｄｉｃａｔｅｄ邋ｉｎ邋ｇｒｅｅｎ；邋ｔｈｅ邋ｐｓｅｕｄｏｕｒｉｄｙｌａｔｉｏｎ邋ｓｉｔｅ邋ｉｓ邋ｉｎｄｉｃａｔｅｄ邋ｉｎ邋ｒｅｄ）逡逑Ａ：邋Ｔｈｅ邋ｐｕｔａｔｉｖｅ邋ｍｏｄｉｆｉｃａｔｉｏｎ邋ｓｉｔｅ邋ｉｎ邋Ｈｂ５．８Ｓ邋ｒＲＮＡ；邋Ｂ：邋Ｔｈｅ邋ｐｕｔａｔｉｖｅ邋ｍｏｄｉｆｉｃａｔｉｏｎ邋ｓｉｔｅ邋ｉｎ邋Ｈｂｌ８Ｓ逡逑ｒＲＮＡ邋；邋Ｃ：邋Ｔｈｅ邋ｐｕｔａｔｉｖｅ邋ｍｏｄｉｆｉｃａｔｉｏｎ邋ｓｉｔｅ邋ｉｎ邋Ｈｂ２８Ｓ邋ｒＲＮＡ．逡逑３．邋２．邋３邋ＳｎｏＲＮＡ邋的發(fā)掘逡逑然后使用ｓｎｏｓｃａｎ程序掃描拼接后的參考轉(zhuǎn)錄組，從中篩選出疑似ｓｎｏＲＮＡ逡逑分子，共得到１１２６９條候選ｓｎｏＲＮＡ分子。使用公開發(fā)表的橡膠樹ＥＳＴ序列和逡逑本實(shí)驗(yàn)室之前獲取的ＥＳＴ序列構(gòu)建ＢＬＡＳＴｎ數(shù)據(jù)，用這些候選ｓｎｏＲＮＡ分子進(jìn)逡逑行ｂｌａｓｔｎ搜索，從中排除轉(zhuǎn)錄組中潛在的ＥＳＴ序列。再對(duì)橡膠樹基因組序列進(jìn)逡逑行ｂｌａｓｔｎ搜索，以排除其它污染序列，共得到候選ｓｎｏＲＮＡ分子１５３８條。逡逑使用ＣＤＳｅｅｋｅｒ搜索拼接后的參考轉(zhuǎn)錄組，共得到疑似Ｃ／Ｄ家族ｓｎｏＲＮＡ分逡逑子邋１１８８邋個(gè)，其中邋ｏｒｐｈａｎ邋Ｃ／Ｄ邋ｓｎｏＲＮＡ邋分子邋６４２邋個(gè)，ｇｕｉｄｅ邋Ｃ／Ｄ邋ｓｎｏＲＮＡ邋分子邋５４６逡逑個(gè)。經(jīng)過ＥＳＴ數(shù)據(jù)庫(kù)比對(duì)和基因組比對(duì)后得到候選Ｃ／Ｄ邋ｓｎｏＲＭ

【參考文獻(xiàn)】

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本文編號(hào)：2771161