為了利用生物方法控制植物病害,促進(jìn)植物生長,我實(shí)驗(yàn)室從眾多土壤微生物中分離得到兩株具有廣譜抗菌活性的菌株,分別為桔黃假單胞菌JD37和Bacillus velezensis S3-1。這兩株細(xì)菌已在實(shí)驗(yàn)室、溫室和大田得到應(yīng)用,且促生效果明顯。本實(shí)驗(yàn)欲結(jié)合生物信息學(xué)的方法深層次挖掘這兩株生防細(xì)菌的遺傳特性,分析其抗菌代謝機(jī)制,最后將兩株生防菌株聯(lián)合應(yīng)用于土傳病害的修復(fù)實(shí)驗(yàn),為最終復(fù)合改良劑的研制奠定基礎(chǔ)。利用生物信息學(xué)工具挖掘到JD37全基因組中與環(huán)境適應(yīng)能力相關(guān)的滲透壓調(diào)控基因和八類抗生素抗性相關(guān)的基因。然后,通過對(duì)全基因組次級(jí)代謝產(chǎn)物的預(yù)測結(jié)果完成吩嗪-1-羧酸(PCA)和硝吡咯菌素(Prn)的基因簇的相關(guān)注釋。在此過程中比較同屬假單胞菌次級(jí)代謝產(chǎn)物合成基因簇發(fā)現(xiàn)JD37中合成間苯二酚的基因簇,為研究JD37與其他同屬菌株之間的關(guān)系提供信息。此外,通過查找前噬菌體知JD37全基因組中含有1個(gè)不完整的和3個(gè)完整的前噬菌體基因。JD37分析得到的結(jié)果說明其適合用于后期抑病性相關(guān)的實(shí)驗(yàn)。經(jīng)16S rDNA鑒定S3-1與解淀粉芽孢桿菌(Bacillus amyloliquefaciens)F...

【文章頁數(shù)】：66 頁

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
Abstract
第一章 緒論
    1.1 植物病害的研究現(xiàn)狀
        1.1.1 植物病害的介紹
        1.1.2 植物病害的防治
    1.2 生防細(xì)菌的研究背景
        1.2.1 生防假單胞菌及應(yīng)用
        1.2.2 生防芽孢桿菌及應(yīng)用
    1.3 全基因組測序
        1.3.1 DNA測序的發(fā)展
        1.3.2 全基因組研究現(xiàn)狀及應(yīng)用
    1.4 研究目的及意義
第二章 JD37適應(yīng)性及生防作用機(jī)制的生物信息學(xué)分析
    2.1 試驗(yàn)材料
        2.1.1 供試菌株
        2.1.2 供試菌株全基因組信息
        2.1.3 生物信息學(xué)分析軟件
    2.2 試驗(yàn)方法
        2.2.1 與適應(yīng)不利環(huán)境相關(guān)的基因的查找
        2.2.2 基因島、前噬菌體及其相關(guān)功能預(yù)測
        2.2.3 細(xì)菌次級(jí)代謝產(chǎn)物的預(yù)測
        2.2.4 JD37中合成抗生素的相關(guān)基因
    2.3 結(jié)果與分析
        2.3.1 適應(yīng)性相關(guān)作用機(jī)制試驗(yàn)結(jié)果
        2.3.2 基因島及其相關(guān)信息的查找結(jié)果
        2.3.3 前噬菌體基因預(yù)測結(jié)果
        2.3.4 假單胞菌次級(jí)代謝產(chǎn)物合成基因簇預(yù)測及比較分析結(jié)果
        2.3.5 JD37合成抗生素基因簇分析
    2.4 小結(jié)
第三章 S3-1 基因組測序、拼接與序列特征的分析
    3.1 試驗(yàn)材料
        3.1.1 供試菌株
        3.1.2 培養(yǎng)基和材料
        3.1.3 主要試劑
        3.1.4 主要儀器
    3.2 試驗(yàn)方法
        3.2.1 供試菌株的活化
        3.2.2 細(xì)菌總DNA提取
        3.2.3 細(xì)菌總DNA純度檢測
        3.2.4 細(xì)菌 16S rDNA重鑒定和總DNA的測序、拼接與序列遞交
        3.2.5 細(xì)菌全基因組序列功能元件分析
        3.2.6 細(xì)菌全基因組生物信息學(xué)分析
        3.2.7 基因組圈圖繪制
    3.3 結(jié)果與分析
        3.3.1 細(xì)菌總DNA提取與檢測
        3.3.2 細(xì)菌 16S rDNA重鑒定及全基因組測序
        3.3.3 細(xì)菌全基因組序列功能元件分析
        3.3.4 細(xì)菌全基因組生物信息學(xué)分析
    3.4 小結(jié)
第四章 JD37與S3-1 在生物防治中的復(fù)合作用
    4.1 試驗(yàn)材料
        4.1.1 供試菌株
        4.1.2 土壤樣品
        4.1.3 培養(yǎng)基和材料
        4.1.4 主要儀器
    4.2 試驗(yàn)方法
        4.2.1 供試菌株的活化
        4.2.2 番茄灰霉病病菌孢子懸液的制備
        4.2.3 供試菌株對(duì)番茄灰霉病菌抑制效果試驗(yàn)
        4.2.4 供試菌株相容性檢測
        4.2.5 不同培養(yǎng)基對(duì)供試菌株生長的影響
        4.2.6 復(fù)合發(fā)酵生長曲線及抑菌活性
        4.2.7 復(fù)合發(fā)酵液對(duì)土壤中病原真菌數(shù)量的影響
    4.3 結(jié)果與分析
        4.3.1 利用平板對(duì)峙檢測JD37、S3-1 對(duì)番茄灰霉病菌的抑制效果
        4.3.2 JD37和S3-1 相容性檢測結(jié)果
        4.3.3 不同培養(yǎng)基對(duì)復(fù)合發(fā)酵效果的影響
        4.3.4 復(fù)合發(fā)酵生長曲線及抑菌活性
        4.3.5 復(fù)合發(fā)酵液對(duì)土壤中病原真菌數(shù)量的影響
    4.4 小結(jié)
總結(jié)
致謝
參考文獻(xiàn)
主要科研成果



本文編號(hào)：3778831