基于轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)挖掘尿素調(diào)控少孢節(jié)叢孢捕器形成的基因
發(fā)布時(shí)間:2021-04-23 14:36
課題組前期報(bào)道了細(xì)菌在線蟲(chóng)捕食壓力下,通過(guò)快速上調(diào)精氨酸酶產(chǎn)生尿素,誘導(dǎo)少孢節(jié)叢孢產(chǎn)生捕器來(lái)捕食線蟲(chóng)。本論文通過(guò)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序和Real time PCR技術(shù)篩選尿素誘導(dǎo)少孢節(jié)叢孢產(chǎn)生捕器候選基因,初步挖掘尿素誘導(dǎo)少孢節(jié)叢孢產(chǎn)生捕器的基因。通過(guò)對(duì)尿素循環(huán)中精氨酸酶基因Arg1進(jìn)行敲除及回復(fù)突變,鑒定該基因的功能。此外,本論文利用根癌農(nóng)桿菌介導(dǎo)的遺傳轉(zhuǎn)化(ATMT)篩選了少孢節(jié)叢孢中的T-DNA隨機(jī)插入突變體。研究結(jié)果如下:1.通過(guò)對(duì)尿素誘導(dǎo)捕器產(chǎn)生不同時(shí)期的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的分析,發(fā)現(xiàn)與菌絲萌發(fā)M期相比,粘性網(wǎng)形成TⅠ期和成熟TⅡ期的轉(zhuǎn)錄水平發(fā)生了非常顯著的變化。利用DESeq軟件進(jìn)行粘性網(wǎng)與菌絲的差異基因篩選,粘性網(wǎng)形成T1期得到1970個(gè)差異基因,主要集中在RNA降解途徑、丙氨酸,天冬氨酸和谷氨酸代謝及其他氨基酸和抗體的生物合成通路;粘性網(wǎng)形成T2期得到2665個(gè)差異基因,主要集中在氨基酸的生物合成途徑、RNA降解及次級(jí)代謝產(chǎn)物途徑。2.利用基因敲除技術(shù)敲除了少孢節(jié)叢孢中精氨酸酶基因Argl(AOL-s00083g426r)并對(duì)敲除基因進(jìn)行回復(fù)突變,得到兩個(gè)突變株△Arg1-26、△Arg1...
【文章來(lái)源】:云南大學(xué)云南省 211工程院校
【文章頁(yè)數(shù)】:85 頁(yè)
【學(xué)位級(jí)別】:碩士
【文章目錄】:
摘要
Abstract
第一章 文獻(xiàn)綜述
1. 植物病原線蟲(chóng)的危害與防治
2. 捕食線蟲(chóng)真菌的研究
2.1 食線蟲(chóng)真菌的多樣性
2.2 捕食線蟲(chóng)真菌捕器的多樣性
3. 捕食線蟲(chóng)真菌產(chǎn)生捕器的誘導(dǎo)因子
3.1 非氮源相關(guān)因子
3.2 氮源相關(guān)因子
4. 本論文的選題依據(jù)和研究意義
第二章 尿素誘導(dǎo)少孢節(jié)叢孢產(chǎn)生捕器的轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究
1. 前言
2. 實(shí)驗(yàn)材料和儀器
2.1 實(shí)驗(yàn)材料
2.2 實(shí)驗(yàn)培養(yǎng)基
2.3 實(shí)驗(yàn)試劑及儀器
3. 實(shí)驗(yàn)方法
3.1 誘導(dǎo)培養(yǎng)基,誘導(dǎo)濃度及誘導(dǎo)時(shí)間的確定
3.2 高通量測(cè)序樣品的制備
3.3 RNA-Seq
3.4 熒光定量PCR
4. 實(shí)驗(yàn)結(jié)果與分析
4.1 誘導(dǎo)培養(yǎng)基及濃度的篩選
4.2 誘導(dǎo)時(shí)間的確定
4.3 RNA質(zhì)量檢測(cè)
4.4 轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析
4.5 熒光定量結(jié)果
5. 小結(jié)與討論
第三章 少孢節(jié)叢孢中精氨酸酶基因功能的初步研究
1. 前言
2. 實(shí)驗(yàn)材料和方法
2.1 實(shí)驗(yàn)所用菌株和質(zhì)粒
2.2 實(shí)驗(yàn)培養(yǎng)基及相關(guān)緩沖液
2.3 實(shí)驗(yàn)所需試劑及儀器
3. 實(shí)驗(yàn)方法
3.1 基因的序列分析
3.2 基因敲除技術(shù)路線
3.3 引物設(shè)計(jì)
3.4 少孢節(jié)叢孢全基因組DNA的提取
3.5 pCSN44質(zhì)粒的提取
3.6 pRS426質(zhì)粒的提取
3.7 少孢節(jié)叢孢尿素轉(zhuǎn)運(yùn)相關(guān)基因同源重組載體的構(gòu)建
3.8 目的基因全長(zhǎng)片段的制備
3.9 少孢節(jié)叢孢原生質(zhì)體的制備及轉(zhuǎn)化
3.10 少孢節(jié)叢孢相關(guān)基因的回復(fù)突變的研究
4. 實(shí)驗(yàn)結(jié)果
4.1 少孢節(jié)叢孢中相關(guān)基因的序列分析
4.2 基因同源重組載體的制備
4.3 轉(zhuǎn)化子的篩選及PCR驗(yàn)證
4.4 回復(fù)突變的研究
5. 小結(jié)與討論
第四章 少孢節(jié)叢孢突變體庫(kù)的構(gòu)建
1. 前言
2. 實(shí)驗(yàn)材料與儀器
2.1 實(shí)驗(yàn)菌株及質(zhì)粒
2.2 實(shí)驗(yàn)培養(yǎng)基及相關(guān)緩沖液
2.3 實(shí)驗(yàn)所需試劑及儀器
3. 實(shí)驗(yàn)方法
3.1 少孢節(jié)叢孢的活化
3.2 引物設(shè)計(jì)
3.3 載體的構(gòu)建
3.4 農(nóng)桿菌的化學(xué)轉(zhuǎn)化
3.5 突變體的篩選
3.6 共培養(yǎng)條件的篩選
4. 實(shí)驗(yàn)結(jié)果與分析
4.1 載體的構(gòu)建
4.2 農(nóng)桿菌的化學(xué)轉(zhuǎn)化
4.3 突變體的篩選
4.4 轉(zhuǎn)化子的PCR驗(yàn)證
5. 小結(jié)與討論
第五章 少孢節(jié)叢孢野生型菌株與幾株突變株的比較
1. 前言
2. 實(shí)驗(yàn)材料及儀器
2.1 實(shí)驗(yàn)菌株
2.2 主要培養(yǎng)基
2.3 實(shí)驗(yàn)藥品
2.4 實(shí)驗(yàn)儀器
3. 實(shí)驗(yàn)方法
3.1 在不同培養(yǎng)基上生長(zhǎng)速率的比較
3.2 抗逆性的比較
3.3 產(chǎn)孢數(shù)量及形態(tài)的比較
3.4 產(chǎn)捕器能力的比較
4. 實(shí)驗(yàn)結(jié)果
4.1 不同培養(yǎng)基上生長(zhǎng)速率的比較
4.2 抗逆性的比較
4.3 產(chǎn)孢數(shù)量的比較
4.4 產(chǎn)生捕器能力的比較
5. 小結(jié)與討論
5.1 突變株和野生株在生長(zhǎng)速率、抗逆性方面的比較
5.2 產(chǎn)孢比較
5.3 產(chǎn)捕器的比較
全文總結(jié)
附錄
參考文獻(xiàn)
碩士研究生期間科研成果
致謝
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]食線蟲(chóng)真菌資源研究概況[J]. 張穎,李國(guó)紅,張克勤. 菌物學(xué)報(bào). 2011(06)
[2]氨基酸對(duì)少孢節(jié)叢孢菌(Arthrobotrys oligospora)捕食器產(chǎn)生的影響[J]. 鄧長(zhǎng)勝,王瑞,楊曉野,韓海賓,楊蓮茹,劉珍蓮,張曉東. 畜牧獸醫(yī)學(xué)報(bào). 2009(04)
[3]根癌農(nóng)桿菌介導(dǎo)的輪枝鐮孢菌遺傳轉(zhuǎn)化及T-DNA插入突變體的篩選[J]. 趙培寶,周慶新,任愛(ài)芝,李多川. 菌物學(xué)報(bào). 2008(02)
[4]植物寄生線蟲(chóng)分子生物學(xué)和抗線蟲(chóng)基因工程策略的研究進(jìn)展(綜述)[J]. 韓生成,劉清利,孟頌東,楊懷義,田波. 農(nóng)業(yè)生物技術(shù)學(xué)報(bào). 1999(04)
[5]中國(guó)的捕食線蟲(chóng)真菌Ⅳ.捕食蘑菇堆肥線蟲(chóng)的高效菌株篩選及其生物學(xué)特性[J]. 張克勤,何世川,薛旅,周薇. 貴州農(nóng)學(xué)院學(xué)報(bào). 1992(02)
博士論文
[1]細(xì)菌調(diào)控捕食線蟲(chóng)真菌捕殺線蟲(chóng)的分子機(jī)制[D]. 王芯.云南大學(xué) 2015
碩士論文
[1]氨基酸誘導(dǎo)寡孢節(jié)叢孢形成捕食器官的條件和機(jī)制初步研究[D]. 蘇浩.云南大學(xué) 2015
[2]硝酸鹽誘導(dǎo)寡孢節(jié)叢孢產(chǎn)生三維菌網(wǎng)機(jī)制研究[D]. 劉志恒.云南大學(xué) 2015
[3]球孢白僵菌T-DNA插入突變體Mu301的鑒定及分析[D]. 王芯.西南大學(xué) 2010
本文編號(hào):3155506
【文章來(lái)源】:云南大學(xué)云南省 211工程院校
【文章頁(yè)數(shù)】:85 頁(yè)
【學(xué)位級(jí)別】:碩士
【文章目錄】:
摘要
Abstract
第一章 文獻(xiàn)綜述
1. 植物病原線蟲(chóng)的危害與防治
2. 捕食線蟲(chóng)真菌的研究
2.1 食線蟲(chóng)真菌的多樣性
2.2 捕食線蟲(chóng)真菌捕器的多樣性
3. 捕食線蟲(chóng)真菌產(chǎn)生捕器的誘導(dǎo)因子
3.1 非氮源相關(guān)因子
3.2 氮源相關(guān)因子
4. 本論文的選題依據(jù)和研究意義
第二章 尿素誘導(dǎo)少孢節(jié)叢孢產(chǎn)生捕器的轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究
1. 前言
2. 實(shí)驗(yàn)材料和儀器
2.1 實(shí)驗(yàn)材料
2.2 實(shí)驗(yàn)培養(yǎng)基
2.3 實(shí)驗(yàn)試劑及儀器
3. 實(shí)驗(yàn)方法
3.1 誘導(dǎo)培養(yǎng)基,誘導(dǎo)濃度及誘導(dǎo)時(shí)間的確定
3.2 高通量測(cè)序樣品的制備
3.3 RNA-Seq
3.4 熒光定量PCR
4. 實(shí)驗(yàn)結(jié)果與分析
4.1 誘導(dǎo)培養(yǎng)基及濃度的篩選
4.2 誘導(dǎo)時(shí)間的確定
4.3 RNA質(zhì)量檢測(cè)
4.4 轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析
4.5 熒光定量結(jié)果
5. 小結(jié)與討論
第三章 少孢節(jié)叢孢中精氨酸酶基因功能的初步研究
1. 前言
2. 實(shí)驗(yàn)材料和方法
2.1 實(shí)驗(yàn)所用菌株和質(zhì)粒
2.2 實(shí)驗(yàn)培養(yǎng)基及相關(guān)緩沖液
2.3 實(shí)驗(yàn)所需試劑及儀器
3. 實(shí)驗(yàn)方法
3.1 基因的序列分析
3.2 基因敲除技術(shù)路線
3.3 引物設(shè)計(jì)
3.4 少孢節(jié)叢孢全基因組DNA的提取
3.5 pCSN44質(zhì)粒的提取
3.6 pRS426質(zhì)粒的提取
3.7 少孢節(jié)叢孢尿素轉(zhuǎn)運(yùn)相關(guān)基因同源重組載體的構(gòu)建
3.8 目的基因全長(zhǎng)片段的制備
3.9 少孢節(jié)叢孢原生質(zhì)體的制備及轉(zhuǎn)化
3.10 少孢節(jié)叢孢相關(guān)基因的回復(fù)突變的研究
4. 實(shí)驗(yàn)結(jié)果
4.1 少孢節(jié)叢孢中相關(guān)基因的序列分析
4.2 基因同源重組載體的制備
4.3 轉(zhuǎn)化子的篩選及PCR驗(yàn)證
4.4 回復(fù)突變的研究
5. 小結(jié)與討論
第四章 少孢節(jié)叢孢突變體庫(kù)的構(gòu)建
1. 前言
2. 實(shí)驗(yàn)材料與儀器
2.1 實(shí)驗(yàn)菌株及質(zhì)粒
2.2 實(shí)驗(yàn)培養(yǎng)基及相關(guān)緩沖液
2.3 實(shí)驗(yàn)所需試劑及儀器
3. 實(shí)驗(yàn)方法
3.1 少孢節(jié)叢孢的活化
3.2 引物設(shè)計(jì)
3.3 載體的構(gòu)建
3.4 農(nóng)桿菌的化學(xué)轉(zhuǎn)化
3.5 突變體的篩選
3.6 共培養(yǎng)條件的篩選
4. 實(shí)驗(yàn)結(jié)果與分析
4.1 載體的構(gòu)建
4.2 農(nóng)桿菌的化學(xué)轉(zhuǎn)化
4.3 突變體的篩選
4.4 轉(zhuǎn)化子的PCR驗(yàn)證
5. 小結(jié)與討論
第五章 少孢節(jié)叢孢野生型菌株與幾株突變株的比較
1. 前言
2. 實(shí)驗(yàn)材料及儀器
2.1 實(shí)驗(yàn)菌株
2.2 主要培養(yǎng)基
2.3 實(shí)驗(yàn)藥品
2.4 實(shí)驗(yàn)儀器
3. 實(shí)驗(yàn)方法
3.1 在不同培養(yǎng)基上生長(zhǎng)速率的比較
3.2 抗逆性的比較
3.3 產(chǎn)孢數(shù)量及形態(tài)的比較
3.4 產(chǎn)捕器能力的比較
4. 實(shí)驗(yàn)結(jié)果
4.1 不同培養(yǎng)基上生長(zhǎng)速率的比較
4.2 抗逆性的比較
4.3 產(chǎn)孢數(shù)量的比較
4.4 產(chǎn)生捕器能力的比較
5. 小結(jié)與討論
5.1 突變株和野生株在生長(zhǎng)速率、抗逆性方面的比較
5.2 產(chǎn)孢比較
5.3 產(chǎn)捕器的比較
全文總結(jié)
附錄
參考文獻(xiàn)
碩士研究生期間科研成果
致謝
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]食線蟲(chóng)真菌資源研究概況[J]. 張穎,李國(guó)紅,張克勤. 菌物學(xué)報(bào). 2011(06)
[2]氨基酸對(duì)少孢節(jié)叢孢菌(Arthrobotrys oligospora)捕食器產(chǎn)生的影響[J]. 鄧長(zhǎng)勝,王瑞,楊曉野,韓海賓,楊蓮茹,劉珍蓮,張曉東. 畜牧獸醫(yī)學(xué)報(bào). 2009(04)
[3]根癌農(nóng)桿菌介導(dǎo)的輪枝鐮孢菌遺傳轉(zhuǎn)化及T-DNA插入突變體的篩選[J]. 趙培寶,周慶新,任愛(ài)芝,李多川. 菌物學(xué)報(bào). 2008(02)
[4]植物寄生線蟲(chóng)分子生物學(xué)和抗線蟲(chóng)基因工程策略的研究進(jìn)展(綜述)[J]. 韓生成,劉清利,孟頌東,楊懷義,田波. 農(nóng)業(yè)生物技術(shù)學(xué)報(bào). 1999(04)
[5]中國(guó)的捕食線蟲(chóng)真菌Ⅳ.捕食蘑菇堆肥線蟲(chóng)的高效菌株篩選及其生物學(xué)特性[J]. 張克勤,何世川,薛旅,周薇. 貴州農(nóng)學(xué)院學(xué)報(bào). 1992(02)
博士論文
[1]細(xì)菌調(diào)控捕食線蟲(chóng)真菌捕殺線蟲(chóng)的分子機(jī)制[D]. 王芯.云南大學(xué) 2015
碩士論文
[1]氨基酸誘導(dǎo)寡孢節(jié)叢孢形成捕食器官的條件和機(jī)制初步研究[D]. 蘇浩.云南大學(xué) 2015
[2]硝酸鹽誘導(dǎo)寡孢節(jié)叢孢產(chǎn)生三維菌網(wǎng)機(jī)制研究[D]. 劉志恒.云南大學(xué) 2015
[3]球孢白僵菌T-DNA插入突變體Mu301的鑒定及分析[D]. 王芯.西南大學(xué) 2010
本文編號(hào):3155506
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