MHC是主要組織相容性復(fù)合體,其編碼的分子參與抗原呈遞、制約細(xì)胞間相互識(shí)別以及誘導(dǎo)免疫反應(yīng),人類的MHC通常稱為HLA基因。銀屑病是一種免疫介導(dǎo)的遺傳性皮膚疾病,患病周期較長(zhǎng),容易復(fù)發(fā),有些病人可能終生不會(huì)痊愈。該病癥的主要發(fā)病人群為青壯年,而且患病之后對(duì)于患者的身體健康和精神狀況影響比較大。由于HLA的型別可以遺傳,因此可以通過對(duì)HLA的研究來判斷銀屑病的相關(guān)基因型。Sanger測(cè)序技術(shù)對(duì)HLA基因家族分型是目前最準(zhǔn)確、解析度最高的方法,但是測(cè)序成本過高、且通量很低;與此相比,基于區(qū)域捕獲的二代測(cè)序可以實(shí)現(xiàn)其高通量分型,再結(jié)合適當(dāng)?shù)纳镄畔W(xué)分析和統(tǒng)計(jì)學(xué)算法可以實(shí)現(xiàn)其精確分型,是一種理想的技術(shù)手段,但是此技術(shù)對(duì)統(tǒng)計(jì)方法要求很高,不同方法的推斷速度和準(zhǔn)確性差異很大。本實(shí)驗(yàn)通過開發(fā)一種基于二代測(cè)序技術(shù)的HLA分型新算法,利用測(cè)序read深度及一種迭代算法依次對(duì)兩條同源染色體上的單倍型準(zhǔn)確分型。利用國(guó)際千人組基因計(jì)劃中隨機(jī)抽取的100個(gè)人的Sanger測(cè)序HLA分型的結(jié)果作為“金標(biāo)準(zhǔn)”,判斷新方法的準(zhǔn)確性,并與polysolver軟件比較。結(jié)果表明,新算法可以對(duì)HLA區(qū)域的基因進(jìn)行較為準(zhǔn)確... 

【文章來源】：黑龍江八一農(nóng)墾大學(xué)黑龍江省

【文章頁(yè)數(shù)】：58 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【文章目錄】：
英文縮寫表
摘要
Abstract
1.文獻(xiàn)綜述
    1.1 .HLA簡(jiǎn)介
    1.2 .HLA分型技術(shù)
        1.2.1 .利用生物學(xué)實(shí)驗(yàn)進(jìn)行分型
        1.2.2 .基于PCR結(jié)合Sanger測(cè)序技術(shù)的分型
        1.2.3 .基于二代測(cè)序技術(shù)的分型
        1.2.4 .各種分型方法的比較
    1.3 .銀屑病與HLA
        1.3.1 .銀屑病介紹
        1.3.2 .HLA與銀屑病的關(guān)系
    1.4 .研究的目的及意義
2.材料與方法
    2.1 .材料
        2.1.1 .實(shí)驗(yàn)所用數(shù)據(jù)
        2.1.2 .實(shí)驗(yàn)設(shè)備
        2.1.3 .調(diào)試及運(yùn)行環(huán)境配置
    2.2 .實(shí)驗(yàn)方法
        2.2.1 .實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)處理
        2.2.2 .Polysolver軟件算法分析
        2.2.3 .數(shù)據(jù)庫(kù)構(gòu)建
        2.2.4 .序列比對(duì)及構(gòu)建關(guān)系矩陣
        2.2.5 .分型算法構(gòu)建
    2.3 .算法實(shí)現(xiàn)
    2.4 .算法優(yōu)化及測(cè)試
    2.5 .技術(shù)路線
3.結(jié)果與分析
    3.1 .新算法介紹
    3.2 .使用代碼實(shí)現(xiàn)新算法
        3.2.1 .數(shù)據(jù)庫(kù)構(gòu)建
        3.2.2 .初步提取HLA數(shù)據(jù)
        3.2.3 .與嚴(yán)格過濾序列比對(duì)
        3.2.4 .精確比對(duì)
        3.2.5 .生成關(guān)系矩陣
        3.2.6 .迭代算法主體部分
    3.3 .各算法分型結(jié)果比較
        3.3.1 .Polysolver分型
        3.3.2 .優(yōu)化算法分型
        3.3.3 .新算法確定
    3.4 .新算法測(cè)試
        3.4.1 .HLA-A測(cè)試結(jié)果比較分析
        3.4.2 .HLA-B測(cè)試結(jié)果比較分析
        3.4.3 .HLA-C測(cè)試結(jié)果比較分析
        3.4.4 .小結(jié)
4.討論
5.結(jié)論
參考文獻(xiàn)
致謝
個(gè)人簡(jiǎn)歷


【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]尋常型銀屑病疾病活動(dòng)與相關(guān)因子的相關(guān)性研究[J]. 王立紅.  中國(guó)繼續(xù)醫(yī)學(xué)教育. 2018(04)
[2]郭艷幸平衡理論在銀屑病性關(guān)節(jié)炎防治中的應(yīng)用[J]. 王敬威,王振亞,高山,朱小磊,孫乾坤.  中國(guó)中醫(yī)骨傷科雜志. 2018(01)
[3]基于二代測(cè)序技術(shù)的HLA基因分型進(jìn)展[J]. 鄒森,洪坤學(xué).  檢驗(yàn)醫(yī)學(xué)與臨床. 2017(01)
[4]一種新的HLA分型方法的介紹[J]. 張瑞麗,杜國(guó)棟,楊玉梅,李一佳.  生物醫(yī)學(xué)工程與臨床. 2017(01)
[5]中醫(yī)藥對(duì)銀屑病T細(xì)胞相關(guān)免疫學(xué)作用機(jī)制的研究進(jìn)展[J]. 梅沉成,李玲玲,張?jiān)畦?霍春波,曾亞軍,張潤(rùn)田,陳廣山.  中華中醫(yī)藥雜志. 2016(10)
[6]人類白細(xì)胞抗原與銀屑病相關(guān)性研究進(jìn)展[J]. 唐利利,范星,楊森.  國(guó)際皮膚性病學(xué)雜志. 2016 (03)
[7]新疆地區(qū)銀屑病伴發(fā)代謝綜合征的患病率調(diào)查[J]. 馮燕艷,劉俊伶,普雄明.  中國(guó)麻風(fēng)皮膚病雜志. 2016(03)
[8]NGS在HLA基因分型中的應(yīng)用[J]. 鄒義洲,郭靖.  中國(guó)輸血雜志. 2015(10)
[9]銀屑病的流行病學(xué)與危險(xiǎn)因素[J]. 張建中.  實(shí)用醫(yī)院臨床雜志. 2013(01)
[10]紅皮病型銀屑病120例臨床分析[J]. 姚樹蘭,朱紅,劉梅,孫玉魯,楊振海,何春滌.  中國(guó)皮膚性病學(xué)雜志. 2011(10)

博士論文
[1]HLA-Ⅱ基因多態(tài)性與蘭州地區(qū)幽門螺桿菌感染關(guān)聯(lián)研究及Meta分析[D]. 王競(jìng)秋.甘肅農(nóng)業(yè)大學(xué) 2015

碩士論文
[1]尋常型銀屑病及關(guān)節(jié)型銀屑病患者紅細(xì)胞分布寬度的變化及意義[D]. 姜瑩.吉林大學(xué) 2017
[2]無(wú)線體域網(wǎng)中基于人體移動(dòng)性的鏈路可靠性分析[D]. 崔健.北京郵電大學(xué) 2016
[3]HLA-A33分子的體外表達(dá)及鑒定[D]. 王健.山東農(nóng)業(yè)大學(xué) 2011



本文編號(hào)：3447298